Được sự giúp sức của Bí thư và Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh cùng một số lãnh đạo tỉnh vào thời điểm đó, Nguyễn Thị Thanh Nhàn, Tổng Giám đốc Công ty AIC đã cùng với Đặng Tiên Phong, Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Tổng Công ty Sông Hồng và các đồng phạm đưa nhiều công ty thuộc hệ sinh thái AIC, Tổng Công ty Sông Hồng làm “quân xanh”, “quân đỏ” thông thầu, trúng 6 gói thầu ở các bệnh viện tuyến huyện, gây thiệt hại cho nhà nước gần 49 tỷ đồng.
Theo kết luận điều tra, Trần Văn Tuynh, Giám đốc Ban Quản lý dự án Công trình xây dựng y tế tỉnh Bắc Ninh đã trao đổi, thỏa thuận, thống nhất với Đặng Tiên Phong, Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Tổng Công ty Sông Hồng về việc sau khi có nguồn vốn trái phiếu Chính phủ do Đặng Tiên Phong “ngoại giao”, tác động, được Chính phủ phân bổ về tỉnh Bắc Ninh, sẽ tạo điều kiện cho phía Tổng Công ty Sông Hồng trúng thầu cung cấp thiết bị y tế cho các gói thầu bệnh viện đa khoa huyện trên địa bàn tỉnh.
Các đối tượng đã lên trụ sở UBND tỉnh Bắc Ninh để báo cáo xin ý kiến và được Nguyễn Nhân Chiến, Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh (sau là Bí thư Tỉnh ủy) và Nguyễn Tử Quỳnh, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh (sau là Chủ tịch UBND tỉnh) đồng ý, giao cho Tuynh phối hợp với phía công ty trên tham gia trúng thầu, thực hiện các gói thầu nếu xin được vốn. Thời gian sau, ở cương vị Bí thư Tỉnh ủy và Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh, Nguyễn Nhân Chiến cùng với Nguyễn Tử Quỳnh tiếp tục hỗ trợ giúp đỡ, tạo điều kiện để AIC và Tổng Công ty Sông Hồng “ăn nên làm ra” trong các gói thầu tại Bắc Ninh, đồng thời nhận hàng chục tỷ đồng tiền hối lộ từ Nguyễn Thị Thanh Nhàn và Đặng Tiên Phong…
Cũng trong khoảng thời gian này, Nguyễn Thị Thanh Nhàn, Tổng Giám đốc Công ty AIC đã đặt vấn đề tương tự với Trần Văn Tuynh và lãnh đạo tỉnh Bắc Ninh sẽ tác động lên Trung ương để cấp kinh phí bổ sung nguồn vốn đầu tư cho tỉnh, bù lại AIC sẽ được trúng thầu những gói thầu này.
Để tránh va chạm, Trần Văn Tuynh cùng bàn bạc với những đối tượng có liên quan trong đó có Bí thư Tỉnh ủy Nguyễn Nhân Chiến và Chủ tịch UBND tỉnh Nguyễn Tử Quỳnh, Nguyễn Tiến Nhường, nguyên Phó Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh…thống nhất phân chia đều cho mỗi bên được thực hiện cung cấp thiết bị cho 3 bệnh viện và ưu tiên phía Tổng Công ty Sông Hồng thực hiện trước đối với 3 gói thầu tại Bệnh viện huyện Tiên Du, Quế Võ và Yên Phong; còn phía Công ty AIC sẽ thực hiện các gói thầu ở 3 bệnh viện Lương Tài, Thuận Thành và Gia Bình.
Lý do Bí thư và Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh khi đó cùng với Trần Văn Tuynh để phía Tổng Công ty Sông Hồng thực hiện trước 3 gói thầu trên vì biết Nguyễn Thị Thanh Nhàn có mối quan hệ rất thân thiết với lãnh đạo tỉnh và Trung ương. Nếu để Công ty AIC của Nguyễn Thị Thanh Nhàn thực hiện trước các gói thầu thì các thiết bị tại những bệnh viện sẽ phụ thuộc, chịu sự áp đặt về giá, thông số kỹ thuật, chất lượng hàng hóa của Công ty AIC, từ đó có thể thay đổi thiết bị ảnh hưởng đến danh mục cần đầu tư mua sắm theo nhu cầu của các bệnh viện đã được Sở Y tế phê duyệt trước đó.
Cơ quan CSĐT cũng làm rõ hành vi thông đồng, thỏa thuận, bố trí những công ty “quân xanh” dự thầu để tạo điều kiện cho Công ty Cổ phần Công nghệ Quốc gia, Công ty Cổ phần Công nghệ và Truyền thông Sông Hồng, Liên danh Công ty Intop & Công ty Bông Sen Vàng trúng 3 gói thầu mua sắm thiết bị y tế tại các bệnh viện đa khoa huyện Tiên Du, Yên Phong và Quế Võ. Những công ty này đều nằm trong hệ sinh thái, sân sau của Tổng Công ty Sông Hồng.
Trước khi đấu thầu, Trần Văn Tuynh giao nhân viên dưới quyền chuyển danh mục, cấu hình thiết bị, đơn giá thiết bị có trong hồ sơ mời thầu cho phía Tổng Công ty Sông Hồng để có thông tin liên hệ với các nhà cung cấp, đề nghị được cấp giấy ủy quyền phân phối cho các gói thầu và đưa vào hồ sơ dự thầu theo đúng danh mục đảm bảo các tiêu chí cho bài thầu các đối tượng xây dựng, tạo điều kiện cho Tổng Công ty Sông Hồng trúng thầu.
Ngoài ra, để tránh bị cơ quan chức năng và dư luận phát hiện một công ty trúng nhiều gói thầu trong cùng một thời điểm, các đối tượng đã bàn nhau sử dụng nhiều pháp nhân khác nhau trong hệ sinh thái giấu mặt của Tổng Công ty Sông Hồng tham gia đấu thầu. Chính vì vậy, sau khi Ban Quản lý dự án đăng tải thông báo và phát hành hồ sơ mời thầu, phía Tổng Công ty Sông Hồng đã chỉ đạo những cá nhân là người thân quen, nhân viên cấp dưới đứng tên, điều hành hoạt động của các công ty “quân xanh” tham gia đấu thầu hòng che mắt cơ quan chức năng.
Với những kế hoạch được chuẩn bị chu đáo, lớp lang, nhiều công ty khác tham gia vào đấu thầu các dự án này đều bị bật xới khỏi cuộc đua. Kết quả, các công ty của Tổng Công ty Sông Hồng đã trúng 3 gói thầu tại 3 Bệnh viện Đa khoa huyện Quế Võ, Yên Phong, Tiên Du với tổng giá trị hơn 126 tỷ đồng theo đúng kịch bản đã được nhóm này lên kế hoạch từ trước đó.
Cơ quan CSĐT cũng làm rõ hành vi thông đồng, thỏa thuận phát hành Chứng thư thẩm định giá, bố trí những công ty “quân xanh” dự thầu để Công ty AIC và Công ty Mopha (nằm trong hệ sinh thái của AIC) trúng 3 gói thầu tại các Bệnh viện Đa khoa huyện Gia Bình, Thuận Thành và Lương Tài.
Trên cơ sở "gật đầu" của Nguyễn Nhân Chiến, Nguyễn Tử Quỳnh, cùng "bàn tay nhào nặn" của Trần Văn Tuynh, sự phối hợp chặt chẽ của Nguyễn Thị Thanh Nhàn và các cá nhân trong AIC, công ty thẩm định giá, các đối tượng đã xây dựng những bài thầu hoàn chỉnh, dựng lên những hàng rào kỹ thuật để không cho bất cứ công ty nào có cơ hội trúng thầu ngoài…AIC.
Cũng giống như 3 gói thầu được Tổng Công ty Sông Hồng thực hiện, trước khi tổ chức đấu thầu, các đối tượng thống nhất sử dụng những công ty thuộc “quân xanh” tham gia vào đấu thầu để việc trúng thầu của AIC về mặt hình thức là rất khách quan, có nhiều công ty cùng tham gia minh bạch. Kết quả đúng như kịch bản đã được xây dựng từ trước, AIC trúng cả 3 gói thầu với tổng giá trị lên tới trên 126 tỷ đồng. Từ việc bắt tay với lãnh đạo tỉnh Bắc Ninh khi đó, Nguyễn Thị Thanh Nhàn và phía Tổng Công ty Sông Hồng đã gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền hơn 48 tỷ đồng.
Cơ quan CSĐT cũng cho biết, đối với 3 gói thầu tại bệnh viện đa khoa các huyện Yên Phong, Quế Võ, Tiên Du, đại diện cho các công ty trong hệ sinh thái của Tổng Công ty Sông Hồng đã nộp hơn 22 tỷ đồng để khắc phục hậu quả.
Riêng 3 gói thầu của AIC trúng tại Lương Tài, Gia Bình, Thuận Thành, hiện Nguyễn Thị Thanh Nhàn và đồng phạm bị xét xử trong vụ án khác xảy ra tại các tỉnh Đồng Nai, Quảng Ninh, TP Hồ Chí Minh. Cơ quan CSĐT đã thực hiện tra soát, phong tỏa, kê biên tài sản của Nguyễn Thị Thanh Nhàn và các công ty trong hệ sinh thái AIC để đảm bảo thi hành án, thu hồi tài sản của Nhà nước đối với các vụ án có liên quan.
Về phía bị can Nguyễn Nhân Chiến cũng đã nộp số tiền 14 tỷ đồng để khắc phục hậu quả. Bị can Nguyễn Tử Quỳnh đã nộp số tiền 10,1 tỷ đồng để khắc phục hậu quả vụ án. Các bị can khác cũng nộp lại tiền ở từng mức khác nhau để khắc phục hậu quả. Như vậy, tổng số tiền các bị can đã nộp để khắc phục hậu quả là hơn 51 tỷ đồng.
Cựu Chủ tịch Công ty AIC Nguyễn Thị Thanh Nhàn lãnh án lần thứ ba 
Xét xử vụ án liên quan đến Nguyễn Thị Thanh Nhàn và Công ty AIC 
