Liên quan đến vụ án này, bị cáo Nguyễn Tuấn Quỳnh (cựu Chủ tịch HĐQT Công ty Long Hưng) bị truy tố về tội “Đưa hối lộ”. Bị cáo Trần Trác Việt Đức (Giám đốc Công ty Bách Khoa Việt) và bị cáo Đỗ Thị Tuyết Nga (Kế toán trưởng Công ty Bách Khoa Việt) bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Phiên tòa dự kiến kéo dài nhiều ngày do Thẩm phán Đặng Mạnh Cẩm Yến làm chủ tọa.
Theo cáo trạng, bị cáo Nguyễn Lộc An đã yêu cầu Công ty Bách Khoa Việt và Công ty Long Hưng phải đưa tiền cho mình “mua nhà to hơn” và đổi lại được cấp phép kinh doanh xăng dầu.
Tại Công ty Bách Khoa Việt, quá trình điều tra xác định, năm 2012, bà Trần Thị Loan Phương, Chủ tịch HĐQT Công ty Bách Khoa Việt do quen biết nên được An nói sẽ giúp kinh doanh xăng dầu.
Đầu năm 2013, bà Phương gọi điện thoại nhờ An giúp công ty mảng xăng dầu, khí đốt và được An hướng dẫn thành lập pháp nhân kinh doanh khí hóa lỏng, thuê cây xăng có sẵn để kinh doanh nhỏ lẻ trước. Hai năm sau, Công ty Bách Khoa Việt xin Bộ Công thương cấp phép làm thương nhân phân phối xăng dầu.
Bộ Công thương cũng lập đoàn kiểm tra, giao An làm trưởng đoàn đi kiểm tra điều kiện thực tế của Công ty Bách Khoa Việt. Thời gian này, bà Phương gặp An tại Nhà khách Bộ Công thương (quận 1, TP Hồ Chí Minh) đưa 200 triệu đồng cho An để nhờ giúp đỡ. Do vậy, doanh nghiệp của bà Phương được xác nhận đủ điều kiện làm thương nhân phân phối xăng dầu.
Tháng 8/2015, bà Phương đến nhà An (Tòa nhà Viglacera, quận Ba Đình, Hà Nội) nhờ giúp Công ty Bách Khoa Việt được làm thương nhân đầu mối kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu và được An đồng ý.
Khi trao đổi, An nói đang có ý định mua một căn nhà to hơn nhưng không đủ tiền và gợi ý bà Phương hỗ trợ tiền mua nhà. Bà Phương hiểu Công ty Bách Khoa Việt đang hoạt động trong lĩnh vực xăng dầu do An phụ trách và sắp tới phải được An giúp đỡ nên mới có thể được nâng cấp lên làm thương nhân đầu mối kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu nên phải đồng ý chi tiền.
Một tháng sau, An gọi điện thoại bảo bà Phương hỗ trợ 9 tỷ đồng để mua nhà, dặn chuyển vào tài khoản vợ mình. Công ty Bách Khoa Việt sau đó làm đúng yêu cầu này.
Đầu năm 2016, bà Phương giao cho ông Đào Chí Kiên (Giám đốc Công ty Bách Khoa Việt) và ông Trần Ngọc Thành (nhân viên pháp chế Công ty Bách Khoa Việt) làm thủ tục hồ sơ xin cấp giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu.
Tuy nhiên, do chưa đủ điều kiện nên An hướng dẫn hợp thức các điều kiện cấp phép. Được An giúp đỡ, Công ty Bách Khoa Việt đã được cấp giấy phép vào năm 2016.
Công ty Bách Khoa Việt sau đó có vi phạm trong việc trích lập, chỉ sử dụng, hạch toán Quỹ Bình ổn giá xăng dầu. Cơ quan điều tra xác định, Công ty Bách Khoa Việt phải nộp hơn 107 tỷ đồng vào ngân sách nhưng đến nay mới nộp 1,6 tỷ đồng. Số tiền chưa nộp là hơn 105 tỷ đồng.
Trong vụ án này, bà Phương có hành vi đưa hối lộ 9 tỷ đồng để doanh nghiệp của mình được cấp phép sai quy định. Tuy nhiên từ khi chưa bị phát giác, bà Phương đã nhận thức sai phạm, chủ động làm đơn tố giác việc An nhận hối lộ và thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, tích cực hợp tác với cơ quan điều tra.
Từ tố giác của bà Phương, cơ quan điều tra đã khởi tố hình sự Nguyễn Lộc An và đồng phạm. Căn cứ Điều 364 Bộ luật Hình sự và Nghị quyết 03/2020 của Hội đồng Thẩm phán TAND tối cao, cơ quan điều tra miễn truy cứu trách nhiệm hình sự đối với với bà Phương.
Sai phạm thứ 2 xảy ra tại Công ty Long Hưng, kết luận điều tra xác định, Công ty Long Hưng kinh doanh mặt hàng dầu FO cho các nhà máy nhiệt điện nhưng là thương nhân phân phối nên không chủ động trong việc nhập khẩu.
Năm 2014, bị cáo Nguyễn Tuấn Quỳnh (Chủ tịch HĐQT Công ty Long Hưng) nhận thấy, để được chủ động trong việc nhập khẩu, kinh doanh dầu FO thì cần được Bộ Công thương cấp giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu nên đã liên hệ và nhờ An hướng dẫn thủ tục.
An trao đổi lại đang tham mưu, đề xuất Bộ Công thương và Chính phủ ban hành nghị định quy định về kinh doanh xăng dầu. Sau khi nghị định được ban hành, Công ty Long Hưng nộp hồ sơ đề nghị đến Bộ Công thương sẽ được An giúp đỡ, tạo điều kiện.
Sau khi Nghị định 83/2014/NĐ-CP của Chính phủ được ban hành, Quỳnh đã nghiên cứu và được An tư vấn, hướng dẫn hoàn thiện hồ sơ nộp cho Bộ Công thương. Trên cơ sở đó, Quỳnh đã trực tiếp liên hệ với các cửa hàng, đại lý để nhờ ký các hợp đồng đại lý với Công ty Long Hưng.
Bộ Công thương sau đó cũng lập đoàn kiểm tra Công ty Long Hưng do An phụ trách. Đoàn chỉ kiểm tra hồ sơ và xác suất một số cửa hàng, đại lý xăng dầu của Công ty Long Hưng nhưng vẫn ký biển bản kiểm tra thực tế đủ điều kiện cấp phép kinh doanh xăng dầu.
Sau đó, Quỳnh gặp An tại Hà Nội và được vị An thông tin đang có nhu cầu mua nhà tại khu đấu giá Vườn Đào (quận Tây Hồ). Khi ăn cơm cùng nhau, An đề nghị Quỳnh hỗ trợ 10 tỷ đồng để thực hiện việc này.
Quỳnh thấy An đã giúp đỡ, tạo điêu kiện cho Công ty Long Hưng và có quyền hạn kiểm tra điều kiện, để nghị thu hồi giấy phép bất kỳ lúc nào nên đồng ý chuyển 10 tỷ đồng vào tài khoản của vợ An.
Sau đó, Quỳnh tâm sự với vợ việc này và bị phản đối nên trao đổi lại và nói, chỉ cho An 5 tỷ đồng còn 5 tỷ đồng cho vay. Do vậy, An đã trả lại 5 tỷ đồng cho Quỳnh.
Cơ quan điều tra tiếp tục đề nghị truy tố 12 bị can trong vụ án xảy ra tại Bộ Công Thương và các tỉnh, thành 
Cựu Phó Vụ trưởng Bộ Công thương lại bị đề nghị truy tố trong vụ án mới 
