Trong số 9 bị cáo hầu tòa, 5 bị cáo nguyên là cán bộ, lãnh đạo của Bộ Y tế, gồm: Cao Minh Quang (SN 1956, cựu Thứ trưởng Bộ Y tế, cựu Trưởng ban chỉ đạo giải quyết những vấn đề liên quan đến thuốc Tamiflu, nguyên liệu và thuốc Oseltamivir), Dương Huy Liệu (SN 1948, cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính - Bộ Y tế), Nguyễn Nam Liên (SN 1970, cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính - Bộ Y tế, Phó trưởng Ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế), Phạm Thị Minh Nga (SN 1972, cựu chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính - Bộ Y tế, cựu Kế toán trưởng Ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế), Nguyễn Việt Hùng (SN 1956, cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược - Bộ Y tế) bị truy tố về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
4 bị cáo còn lại gồm: Lương Văn Hóa (SN 1957, cựu Tổng Giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Thanh Tòng (SN 1959, cựu Phó Tổng Giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Văn Thanh Hải (SN 1967, cựu Kế toán trưởng Công ty Dược phẩm Cửu Long), Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (SN 1952, cựu Giám đốc Chi nhánh TP Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty Dược phẩm Cửu Long) bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Cáo trạng của Viện KSND tối cao xác định, thực hiện kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir phòng, chống dịch cúm A(H5N1) tại Việt Nam của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở thông báo giá thành sản xuất thuốc Oseltamivir của Bộ Tài chính, Bộ Y tế giao kế hoạch và đặt hàng Công ty Dược phẩm Cửu Long sản xuất thuốc Oseltamivir từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu theo hình thức ký và thực hiện các Hợp đồng kinh tế.
Theo quy định của pháp luật về quản lý giá hàng hóa, dịch vụ do Nhà nước đặt hàng sản xuất bằng nguồn ngân sách Nhà nước, Công ty Dược phẩm Cửu Long phải chấp hành cơ chế quản lý giá và các mức giá do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định.
Quá trình thực hiện kế hoạch sản xuất thuốc, Công ty Dược phẩm Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu. Với động cơ vụ lợi, Lương Văn Hóa đã lợi dụng, chức vụ quyền hạn chỉ đạo Nguyễn Thanh Tòng và Nguyễn Văn Thanh Hải hạch toán trái nguyên tắc kế toán; chỉ đạo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa lập thư giãn nợ để che giấu việc kiểm tra, thanh tra; đồng thời chỉ đạo Nguyễn Thanh Tòng, Nguyễn Văn Thanh Hải, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa hợp thức hồ sơ thanh toán che giấu nhằm giữ lại số tiền giảm giá mua nguyên liệu 3.848.000 USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng) để sử dụng, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Dương Huy Liệu, Nguyễn Nam Liên và Phạm Thị Minh Nga được giao nhiệm vụ ký kết, theo dõi việc thực hiện, thanh quyết toán hợp đồng sản xuất thuốc giữa Bộ Y tế và Công ty Dược phẩm Cửu Long, quá trình thực hiện hợp đồng và khi thanh lý hợp đồng đã không xem xét, kiểm tra việc thực hiện điều khoản đàm phán, giảm giá mua nguyên liệu được quy định trong hợp đồng (không kiểm tra chứng từ thanh toán mua nguyên liệu; không yêu cầu báo cáo việc thực hiện điều khoản đàm phán giảm giá).
Cựu Thứ trưởng Cao Minh Quang được giao nhiệm vụ chỉ đạo định kỳ kiểm tra, đánh giá, tổng hợp tình hình mua, bảo quản, sử dụng thuốc Tamiflu, nguyên liệu Oseltamivir và sản xuất thuốc dự trữ theo Quyết định số 92/QĐ-BYT ngày 11/1/2008, nhưng thiếu trách nhiệm không thực hiện đầy đủ nhiệm vụ được giao, không chỉ đạo kiểm tra để làm rõ số tiền 3.848.000 USD Công ty Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán cho nhà cung cấp nguyên liệu nên không phát hiện được Công ty Dược phẩm Cửu Long đã giữ lại gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Bị cáo Nguyễn Việt Hùng được giao nhiệm vụ Trưởng đoàn kiểm tra liên ngành kiểm tra tình hình mua, bảo quản, sử dụng thuốc Tamiflu, nguyên liệu Oseltamivir và sản xuất thuốc dự trữ nhưng không chỉ đạo kiểm tra trực tiếp sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, việc quản lý, sử dụng, hạch toán đối với số tiền 3.848.000 USD; không kiểm tra làm rõ về thư giãn nợ nên không phát hiện việc Công ty Dược phẩm Cửu Long tạo lập thư giãn nợ là nhằm che giấu với Bộ Y tế về việc giữ lại số tiền 3.848.000 USD.
Sau khi Bộ Tài chính có văn bản số 32/BTC-HCSN kiến nghị Bộ Y tế tiếp tục kiểm tra, Nguyễn Việt Hùng được phân công tổng hợp ý kiến liên ngành để làm rõ số tiền 3.848.000 USD do Công ty Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán cho nhà cung cấp nguyên liệu, nhưng Nguyễn Việt Hùng chỉ căn cứ theo báo cáo của Công ty Dược phẩm Cửu Long, không tổng hợp ý kiến của tổ công tác liên ngành cùng các đơn vị liên quan để làm rõ và đề xuất tiếp tục kiểm tra mà tham mưu cho bị cáo Cao Minh Quang ký ban hành Báo cáo số 20/BC-BYT ngày 29/4/2009 để báo cáo Thủ tướng Chính phủ không phù hợp với kiến nghị của Bộ Tài chính. Hành vi nêu trên của các bị cáo đã thiếu trách nhiệm trong thực hiện trách nhiệm, quyền hạn được giao dẫn đến thiệt hại cho Nhà nước với số tiền 3.848.000 USD.
Viện KSND tối cao xác định, bị cáo Cao Minh Quang có trách nhiệm kiểm tra việc chấp hành cơ chế quản lý giá đối với các doanh nghiệp sản xuất thuốc theo đơn đặt hàng của Bộ Y tế. Sau khi kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, bị cáo Cao Minh Quang biết Công ty Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán số tiền 3.848.000 USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo tiếp tục kiểm tra, làm rõ. Sau đó, Bộ Tài chính có Công văn số 32/BTC-HCSN ngày 11/2/2009 đề nghị Bộ Y tế tiếp tục kiểm tra làm rõ bản chất số tiền Công ty Dược phẩm Cửu Long chậm trả nhà cung cấp nguyên liệu hay đã được giảm giá để có biện pháp thu hồi cho Nhà nước, nhưng bị cáo Cao Minh Quang không thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ được giao, gây thiệt hại cho Nhà nước với số tiền 3.848.000 USD.
Phiên tòa dự kiến diễn ra trong 5 ngày.
Những lời khai về cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang tại Toà 
Bắt cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang liên quan vụ "ỉm" hơn 3,8 triệu USD 
