Hướng tới lợi ích của người dân, doanh nghiệp (DN); lấy người dân, DN làm trung tâm; lấy sự hài lòng của người dân, DN là thước đo đánh giá chất lượng phục vụ của các đơn vị Hải quan. Trong đó, các nội dung cải cách hành chính phải được tiến hành đồng bộ, thống nhất, có trọng tâm, trọng điểm, phù hợp với điều kiện thực tiễn và góp phần thúc đẩy thực hiện thắng lợi các mục tiêu phát triển của ngành Hải quan.
Theo đó, Kế hoạch tập trung vào 6 nội dung: cải cách thể chế; cải cách thủ tục hành chính; cải cách tổ chức bộ máy hành chính Nhà nước; cải cách chế độ công vụ; cải cách tài chính công và xây dựng, phát triển Chính phủ điện tử, Chính phủ số. Đặc biệt, nội dung trọng tâm cải cách hành chính 5 năm tới là: Cải cách thể chế hải quan, trong đó tập trung xây dựng, hoàn thiện hệ thống thể chế của nền hành chính và nâng cao hiệu lực, hiệu quả tổ chức thi hành pháp luật; xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức chuyên nghiệp, có năng lực, phẩm chất đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ và sự phát triển ngành Hải quan.
Để cụ thể hóa 6 nội dung cải cách hành chính, Tổng cục Hải quan đã đề ra 28 nhiệm vụ trọng tâm trong giai đoạn 2021 - 2025. Có thể nêu một số nhiệm vụ quan trọng như: Tiếp tục nghiên cứu, bổ sung các giải pháp đẩy nhanh thông quan hàng hoá xuất nhập khẩu nhằm hỗ trợ người dân, DN chịu tác động của dịch bệnh COVID-19; Triển khai Chương trình cắt giảm, đơn giản hóa quy định liên quan đến hoạt động kinh doanh giai đoạn 2020 - 2025 theo Nghị quyết số 68/NQ-CP ngày 12/5/2021 của Chính phủ; Hoàn thành kết nối Cổng Thông tin một cửa quốc gia với Cổng Dịch vụ công quốc gia trong năm 2022; trình Thủ tướng Chính phủ ban hành quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu của các Tổng cục Hải quan thay thế Quyết định số 65/2015/QĐ-TTg; Từng bước xây dựng hệ thống kiểm soát nội bộ của cơ quan Hải quan dựa trên kiểm toán hoạt động; Thực hiện lộ trình cắt giảm thuế nhập khẩu của Việt Nam trong các thoả thuận thương mại quốc tế mà Việt Nam là thành viên; Xây dựng Hệ thống Hải quan số tiến tới mô hình Hải quan thông minh....
"Trước mắt, ngành Hải quan sẽ thực hiện chuyển đổi số trong công tác quản lý hải quan; trong năm 2022 sẽ hoàn thành kết nối Cổng Thông tin một cửa quốc gia với Cổng Dịch vụ công quốc gia; xây dựng các kênh tương tác trực tuyến để người dân, DN tham gia, giám sát hoạt động xây dựng, thực thi chính sách, pháp luật của các cơ quan Hải quan", ông Nguyễn Văn Thọ nhấn mạnh.
Trong giai đoạn 2016 - 2020, ngành Hải quan đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ cải cách hành chính. Trong 5 năm liền (từ 2016 đến 2020), Tổng cục Hải quan luôn đứng đầu khối các Tổng cục và tương đương thuộc Bộ Tài chính về chỉ số cải cách hành chính. Quan trọng hơn kết quả cải cách hành chính của ngành Hải quan đã góp phần cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia, bảo đảm yêu cầu quản lý nhà nước về hải quan và tạo thuận lợi cho DN.
Tại Quyết định số 125/QĐ-TTg ngày 26/1/2021, Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen cho Tổng cục Hải quan về những đóng góp trong công tác cải cách thủ tục hành chính nhà nước giai đoạn 2011-2020.
Tổng cục Hải quan phê duyệt Kiến trúc tổng thể hướng tới Hải quan số 
Ngành Hải quan ban hành kế hoạch cải cách hành chính giai đoạn 2021-2025 
