Về giải pháp thiết kế thoát nước mặt cầu, báo cáo của Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình giao thông TP Hà Nội cho thấy, theo hồ sơ thiết kế được duyệt, Cầu Vĩnh Tuy giai đoạn 2 được thiết kế thoát nước theo hai mái, riêng đoạn từ trụ T58HL đến trụ T70HL thoát nước một mái, kết hợp với thoát nước dọc. Khoảng cách giữa các lỗ thoát nước đối với các đoạn dốc hai mái là 8m, riêng đoạn bố trí siêu cao một mái là 4,0m đến 5,0m. Ngoài ra, tại dải phân cách giữa làn cơ giới và làn hỗn hợp có bố trí 2 lỗ thoát nước cho mỗi modul dài 3m để tăng khả năng thoát nước ngang.
Ông Đỗ Đình Phan, Phó Giám đốc Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình giao thông Hà Nội khẳng định: Với phương án bố trí như trên, Cầu Vĩnh Tuy giai đoạn 2 đảm bảo khả năng thoát nước theo cường độ mưa và tần suất thiết kế. Tuy nhiên, theo ông Phan, từ thời điểm đưa công trình vào khai thác, với trách nhiệm của chủ đầu tư, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình giao thông TP Hà Nội đã chỉ đạo các nhà thầu thi công thực hiện công tác dọn vệ sinh định kỳ, khơi thông các vị trí lỗ thoát nước mặt cầu.
Vị này cũng thừa nhận, do lượng rác thải thường xuyên quá lớn và chưa kịp thời vệ sinh, xử lý trước khi có mưa nên đã lấp kín các nắp hố thu thoát nước, khi mưa lớn đã xảy ra tình trạng ứ đọng nước trên mặt cầu như thời gian vừa qua (nguyên nhân đọng nước là do các lỗ thoát nước mặt cầu bị bịt kín bởi rác thải).
Mặc dù Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình giao thông đã chỉ đạo nhà thầu trong khi chờ bàn giao phải định kỳ vệ sinh mặt cầu, lỗ thoát nước nhưng việc triển khai trong thời gian qua chưa được kịp thời nên khi mưa lớn xảy ra, tình trạng lỗ thoát nước bị lấp kín bởi rác, túi nilon và mùn bụi.
Trong khi chờ bàn giao công trình cho đơn vị quản lý, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình giao thông sẽ tiếp tục chỉ đạo nhà thầu, tư vấn giám sát thường xuyên kiểm tra và xử lý hạn chế tối đa tình trạng đọng nước như đã xảy ra thời gian qua.
Hà Nội yêu cầu xác định nguyên nhân ngập mặt Cầu Vĩnh Tuy 2 
Một số thay đổi khi lưu thông qua cầu Vĩnh Tuy 
