Trong đó, 3 cựu Phó Giám đốc Sở có đơn kháng cáo gồm: Trần Tùng (cựu Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên), Nguyễn Văn Văn (cựu Phó Giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam) và Lê Ngọc Tường (cựu Phó Giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam).
Những bị cáo khác có đơn kháng cáo gồm: Trần Thị Quyên (Giám đốc Công ty Sen Vàng Đất Việt), Đặng Nhật Đức (Giám đốc Công ty Top Agent Japan), Nguyễn Mạnh Cương (cựu Trưởng phòng thương mại điện tử Công ty cổ phần thương mại Hàng không Vietjet), Bùi Đăng Khoa (Giám đốc Công ty Du ngoạn thế giới), Phạm Quốc Thắng (Giám đốc Công ty TNHH PNR), Trương Thị Mỹ Dung (Giám đốc Công ty thương mại dịch vụ du lịch Ánh Sao Thiên)...
Tại phần thủ tục, thư ký phiên tòa cho biết, bị cáo Bùi Đăng Khoa là người duy nhất trong số 11 bị cáo vắng mặt tại phiên toà. Đại diện Viện kiểm sát nêu quan điểm, bị cáo Khoa đã có đơn xin xét xử vắng mặt vì lý do sức khoẻ, kèm theo đó là hồ sơ bệnh án của bị cáo. Xét thấy bị cáo Khoa đã có lời khai tại giai đoạn điều tra và tại phiên xét xử sơ thẩm, nên đại diện Viện kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử xét xử bình thường.
Tại tòa, thư ký thông báo bị cáo Bùi Đăng Khoa, Giám đốc Công ty TNHH Du ngoạn thế giới, vắng mặt vì lý do sức khỏe. Luật sư của ông Khoa cho hay vị này xin xử vắng mặt, đã có người bào chữa nên đảm bảo quyền lợi của mình.
Đại diện Viện kiểm sát cho rằng bị cáo Khoa có lời khai tại giai đoạn điều tra, tòa sơ thẩm nên việc vắng mặt không ảnh hưởng. HĐXX chấp nhận quan điểm này và tiếp tục làm việc.
Cũng trong phần thủ tục, Hội đồng xét xử thông báo, có 4 bị cáo không thuê luật sư nên tòa mời một luật sư thuộc Đoàn Luật sư TP Hà Nội tham dự phiên tòa để bào chữa chỉ định để đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp cho 4 bị cáo. Tuy nhiên, cả 4 bị cáo đều từ chối luật sư chỉ định và cho biết, họ sẽ tự bào chữa cho mình.
Theo bản án sơ thẩm, khi dịch COVID-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ đã chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước để phòng chống dịch.
Lợi dụng chủ trương trên cùng chức vụ, quyền hạn được giao, một số bị cáo công tác tại UBND các tỉnh, thành phố, các bộ, ngành đã thỏa thuận đưa hối lộ, nhận hối lộ, làm trái công vụ để tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho các doanh nghiệp đưa công dân về nước cách ly y tế tại địa phương.
Các bị cáo thực hiện trực tiếp hoặc qua trung gian “móc nối, thỏa thuận với cán bộ thuộc Bộ Y tế đưa hối lộ, nhận hối lộ với số tiền lớn để có văn bản chấp thuận, xét duyệt cho công dân (khách lẻ) về trên các chuyến bay đơn lẻ.
Trong đó, cựu Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên Trần Tùng đã 3 lần nhận hối lộ với tổng số tiền hơn 4,4 tỷ đồng và lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, làm trái công vụ để tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Thái Nguyên trong việc thực hiện 7 chuyến bay, hưởng lợi số tiền hơn 3,2 tỷ đồng.
Bị cáo Vũ Hồng Quang (cựu Phó trưởng Phòng Vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam) đã đưa hối lộ hơn 7,4 tỷ đồng cho Phạm Trung Kiên (cựu Thư ký lãnh đạo Bộ Y tế) để có được văn bản chấp thuận cho 624 công dân về nước. Qua đây, Quang hưởng lợi bất hợp pháp hơn 19 tỷ đồng.
Trong vụ án này, bị cáo Nguyễn Xuân Thông (cựu cán bộ công an) đã lợi dụng chức vụ của mình để can thiệp quá trình điều tra hoặc hướng dẫn tội phạm khai báo. Bị cáo Thông phạm tội “che giấu tội phạm” nhưng được hưởng hưởng án treo nên không kháng cáo.
Các bị cáo khác trong vụ án “chuyến bay giải cứu” giai đoạn 2 cũng chịu cáo buộc tham gia đưa hối lộ, nhận hối lộ để có được giấy phép tổ chức các “chuyến bay giải cứu”, qua đó thu tiền từ công dân về nước, hưởng lợi bất hợp pháp.
Theo kế hoạch, phiên tòa diễn ra nhiều ngày.
Ba cựu Phó Giám đốc Sở trong vụ “chuyến bay giải cứu” giai đoạn 2 xin giảm nhẹ hình phạt 
Xét xử 17 bị cáo trong vụ chuyến bay giải cứu, giai đoạn 2: Đại diện Cục Hàng không Việt Nam vắng mặt 
