Nguyên nhân ban đầu được xác định là do từ ngày 7-11 ảnh hưởng của vùng hội tụ trên cao đã làm Lào Cai có mưa trên diện rộng. Ngoài ra, từ trưa 8-11, thêm đợt không khí lạnh mạnh từ phía bắc tràn xuống khiến thời tiết chuyển xấu hơn gây mưa gia tăng về lượng, vùng cao nhiều địa phương xuất hiện mưa vừa, một số nơi mưa to.
Mưa đều khắp khiến các sông suối Lào Cai xảy ra một đợt lũ nhỏ, riêng sông Hồng do có mưa lớn phía thượng nguồn (Trung Quốc) đồng thời, nước từ thượng lưu ào ạt đổ về sinh lũ khá cao trên sông Hồng đoạn chảy qua thành phố Lào Cai.
Tại thời điểm 13h ngày 10-11, trạm thủy văn Lào Cai quan trắc được mức nước lên tới 79,13m; biên độ lũ đạt mức 2,16m. Tuy nhiên trận lũ này còn thua kém xa đợt lũ đã xảy ra vào tháng 11-1986. Hiện lũ trên sông Hồng tại Lào Cai chững lại, sau có xu thế xuống chậm.
Lũ dâng cao bất thường đã làm ngập úng một số diện tích rau xanh của người dân trồng dọc hai bên vùng thấp ven sông.
