Bốn Phó Trưởng ban gồm Thứ trưởng Nguyễn Danh Huy (Phó Trưởng ban Thường trực), cùng các Thứ trưởng Nguyễn Văn Sinh, Bùi Xuân Dũng và Phạm Minh Hà.
Thành viên Ban Chỉ đạo là lãnh đạo cấp vụ, cục thuộc Bộ Xây dựng như: Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Kế hoạch – Tài chính, Vụ Khoa học công nghệ, môi trường và Vật liệu xây dựng, Vụ Vận tải và An toàn giao thông, Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Pháp chế, Vụ Quy hoạch – Kiến trúc, Cục Kinh tế – Quản lý đầu tư xây dựng, Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Giám định nhà nước về chất lượng công trình xây dựng, Cục Kết cấu hạ tầng xây dựng, Cục Phát triển đô thị và Ban Quản lý dự án Đường sắt. Ngoài ra còn có Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng công ty Đường sắt Việt Nam.
Theo quyết định, Trưởng ban có thẩm quyền thay đổi, bổ sung nhân sự Ban Chỉ đạo trong quá trình hoạt động.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo toàn diện quá trình nghiên cứu, triển khai, giải quyết các vấn đề liên quan nhằm bảo đảm tiến độ, chất lượng các dự án đường sắt do Bộ Xây dựng thực hiện. Đồng thời, chỉ đạo Ban Quản lý dự án Đường sắt và các đơn vị liên quan tổ chức triển khai theo chức năng, nhiệm vụ được giao; phối hợp trong tham mưu, đề xuất các giải pháp kỹ thuật và tổ chức thực hiện; kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện theo đúng chủ trương đầu tư và quyết định phê duyệt.
Bộ Xây dựng cũng thành lập bốn tổ giúp việc cho Ban chỉ đạo. Cụ thể, Tổ Thường trực đặt tại Cục Kinh tế – Quản lý đầu tư xây dựng, do Thứ trưởng Nguyễn Danh Huy làm tổ trưởng. Tổ Thường trực chịu trách nhiệm tham mưu tổ chức hoạt động chung của Ban Chỉ đạo, xây dựng kế hoạch, chuẩn bị nội dung các cuộc họp và tổng hợp báo cáo.
Tổ Chuyên gia đặt tại Cục Đường sắt Việt Nam, do Thứ trưởng Phạm Minh Hà làm tổ trưởng, gồm các nhóm chuyên ngành như vận tải, kết cấu hạ tầng, phương tiện, thông tin – tín hiệu, điều khiển và điện sức kéo. Tổ có nhiệm vụ tư vấn kỹ thuật, công nghệ, tiêu chuẩn, quy chuẩn cho Ban Chỉ đạo.
Tổ Phát triển nguồn nhân lực đặt tại Vụ Tổ chức cán bộ, do Thứ trưởng Nguyễn Văn Sinh làm tổ trưởng. Tổ có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất các giải pháp liên quan tới đào tạo, phát triển nguồn nhân lực thực hiện các dự án; điều phối các hoạt động đào tạo phục vụ phát triển nguồn nhân lực các dự án.
Tổ Thể chế đặt tại Vụ Pháp chế, do Thứ trưởng Bùi Xuân Dũng làm tổ trưởng, phụ trách nghiên cứu, tư vấn về chính sách, pháp luật và thể chế liên quan đến quá trình triển khai dự án.
Lập nghiên cứu tiền khả thi 6 dự án đường sắt quốc gia 
Phát triển mạng lưới đường sắt quốc gia: Kết nối phải đồng bộ, khắc phục các bất cập về quy hoạch 
