Thời kỳ thanh tra từ thời điểm bắt đầu thực hiện việc cổ phần hóa đến thời điểm thoái hết vốn nhà nước tại Tổng công ty Vận tải thủy (nay là Tổng công ty Vận tải thủy-CTCP).
Theo đó, tháng 12/2011, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước thuộc Bộ Giao thông vận tải, trong đó có việc cổ phần hóa Tổng công ty Vận tải thủy (VIVASO). Từ tháng 6/2014 đến tháng 3/2016, Bộ Giao thông vận tải thực hiện 2 lần thoái vốn Nhà nước tại Tổng công ty Vận tải thủy-CTCP.
Theo đó, từ tháng 4/2016 đến nay, Tổng công ty Vận tải thủy-CTCP không còn vốn Nhà nước đầu tư và hoạt động theo mô hình công ty cổ phần được quy định tại Luật Doanh nghiệp năm 2014.
Về việc xây dựng phương án cổ phần hóa, kết luận thanh tra nêu rõ, trước khi xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa, VIVASO phải thực hiện việc xác nhận, đối chiếu công nợ và phải được khách nợ, chủ nợ ký biên bản nhưng trong hồ sơ xác định giá trị doanh nghiệp VIVASO xác nhận, đối chiếu cả những khoản công nợ khi chưa được khách nợ, chủ nợ ký biên bản đối chiếu là vi phạm quy định Thông tư số 202/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Cảng Hà Nội không theo dõi khoản công nợ phải thu của Công ty TNHH Sao Nam Sông Hồng trên sổ sách kế toán với số tiền hơn 16 tỷ đồng là vi phạm quy định Luật kế toán, dẫn đến việc xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa, thoái vốn sai mất vốn nhà nước với số tiền hơn 16 tỷ đồng cần phải được xử lý theo quy định.
Việc xác nhận đối chiếu cả những khoản công nợ khi chưa được khách nợ, chủ nợ ký biên bản đối chiếu thuộc trách nhiệm VIVASO; xác định giá trị doanh nghiệp thiếu vốn, mất vốn Nhà nước hơn 16 tỷ đồng thuộc trách nhiệm Cảng Hà Nội, VIVASO.
Việc kiểm kê đối với cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc, Thanh tra Chính phủ cho rằng Bộ Giao thông vận tải phê duyệt dự án Phát triển giao thông vận tải khu vực đồng bằng Bắc Bộ nhưng không có phương án bồi thường giải phóng mặt bằng, phương án khai thác sử dụng của dự án.
Công ty hợp danh Kiểm toán Việt Nam, VIVASO thực hiện kiểm kê, phân loại tài sản, thiếu danh mục cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc (Dự án Phát triển giao thông vận tải khu vực đồng bằng Bắc Bộ- Dự án WB6); chưa xử lý dứt điểm tài sản đối với quyền sử dụng đất, vi phạm Thông tư số 202/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Ban chỉ đạo cổ phần hóa, Bộ Giao thông vận tải trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hóa nhưng thiếu trách nhiệm không phát hiện hoặc cố tình không báo cáo Thủ tướng Chính phủ việc không thể đồng thời thực hiện cổ phần hóa VIVASO và Công ty TNHH MTV Vận tải và Xếp dỡ đường thủy nội địa với việc đầu tư nâng cấp cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc bằng nguồn vốn WB6 (trong khi việc cổ phần hóa VIVASO và việc thực hiện dự án WB6 đều do Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo và quản lý).
Tổng công ty Vận tải thủy-CTCP khi chưa được cấp có thẩm quyền cho phép đã tự ý khai thác, sử dụng một phần cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc (trong giai đoạn 2015-2020) là vi phạm Luật Xây dựng, cần phải được cơ quan chức năng xem xét, xử lý, thu về ngân sách nhà nước khoản lợi nhuận thu được. Tuy nhiên, cơ quan thanh tra cho rằng khi xem xét cần xét đến các tài sản này đều nằm trên đất do VIVASO quản lý.
Những việc nêu trên đã dẫn đến hậu quả là phương án cổ phần hóa của VIVASO thiếu chính xác, tài sản cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc đã hoàn thành từ năm 2015 nhưng đến nay chưa được bàn giao đưa vào khai thác, sử dụng theo quy định, nguy cơ lãng phí vốn đầu tư với số tiền gần 135 tỷ đồng khi không đưa vào sử dụng.
Kết luận thanh tra cũng nêu rõ, để xảy ra tồn tại và hậu quả nêu trên thuộc trách nhiệm của Ban quản lý dự án, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải khi thực hiện đầu tư xây dựng (không có phương án bồi thường giải phóng mặt bằng, phương án khai thác sử dụng của dự án); VIVASO, Tổ giúp việc, đơn vị tư vấn, Ban chỉ đạo cổ phần hóa, Bộ Giao thông vận tải khi thực hiện kiểm kê, phân loại tài sản và báo cáo Thủ tướng Chính phủ về phương án cổ phần hóa không đúng quy định.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tưởng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công an, Viện KSND Tối cao tiếp nhận hồ sơ về nội dung cổ phần hóa đối với các tài sản hình thành từ việc sử dụng nguồn vốn WB6 (cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc) với tổng giá trị đầu tư gần 135 tỷ đồng và việc xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa, thoái vốn sai mất vốn Nhà nước tại cảng Hà Nội với số tiền trên 16 tỷ đồng để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Chuyển hồ sơ sai phạm trong mua sắm trang thiết bị y tế phòng, chống dịch COVID-19 sang Bộ Công an 
Thanh tra Chính phủ “điểm mặt” hàng loạt sai phạm tại các dự án du lịch ở Thừa Thiên-Huế 
