Theo đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an (Cục CSĐT tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu) đã làm rõ hành vi của nguyên Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Hoàng Văn Thắng, nguyên Quyền Cục trưởng Cục Quản lý Xây dựng Công trình (Cục QLXDCT) Trần Tố Nghị thỏa thuận, nhận tiền của Công ty Hoàng Dân và các nhà thầu trong liên danh, từ đó chỉ đạo để lãnh đạo các Ban thuộc Bộ NN&PTNT thông đồng, móc ngoặc, vi phạm quy định về đấu thầu, giúp Công ty Hoàng Dân và các nhà thầu trong liên danh trúng thầu tại các dự án bị chậm tiến độ, phải điều chỉnh tổng mức đầu tư nhiều lần, gây thất thoát, lãng phí lớn cho ngân sách Nhà nước (bước đầu xác định gây thiệt hại hơn 234 tỷ đồng).
Các dự án gồm: Dự án Hồ Bản Mồng, tỉnh Nghệ An, do Quản lý Đầu tư & Xây dựng Thủy lợi 4 (Ban 4) làm Chủ đầu tư; Dự án Hồ Bản Lải, tỉnh Lạng Sơn, do Ban Quản lý Đầu tư & Xây dựng Thủy lợi 2 (Ban 2) làm Chủ đầu tư; Dự án Hồ Krông Pách Thượng, tỉnh Đắk Lắk, do Ban Quản lý Đầu tư & Xây dựng Thủy lợi 8 (Ban 8) làm Chủ đầu tư; Dự án Hồ Cánh Tạng, tỉnh Hòa Bình, do Ban Quản lý Đầu tư & Xây dựng Thủy lợi 1 (Ban 1) làm chủ đầu tư.
Trên cơ sở kết quả điều tra, thu thập tài liệu, chứng cứ, ngày 2/1, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã khởi tố vụ án “Nhận hối lộ, Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, xảy ra tại Bộ NN&PTNT, Công ty Hoàng Dân và các đơn vị, địa phương liên quan; đồng thời khởi tố đối với 12 bị can, cụ thể:
Khởi tố 3 bị can về tội “Nhận hối lộ”, quy định tại Điều 354 Bộ luật Hình sự, gồm: Hoàng Văn Thắng, nguyên Thứ trưởng Bộ NN&PTNT; Trần Tố Nghị, nguyên Quyền Cục trưởng Cục QLXDCT; Trần Văn Lăng, nguyên Giám đốc Ban 2;
Khởi tố 9 bị can về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, quy định tại Điều 222 Bộ luật Hình sự, gồm: Nguyễn Đắc Điệp, Phó Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Sông Đà 5; Trần Văn Nhì, Trưởng phòng Kế hoạch thẩm định Ban 8; Phạm Đông Phương, nguyên Phó Giám đốc Ban 2; Nguyễn Văn Dân, Giám đốc Công ty Hoàng Dân; Vũ Đình Thịnh, Phó Giám đốc Công ty Hoàng Dân; Tạ Văn Thuyết, Giám đốc Ban 1; Nguyễn Văn Thuật, Trưởng phòng Kế hoạch thẩm định Ban 1; Lê Văn Hiến, nguyên Giám đốc Ban 8; Mai Quang Vượng, nguyên Phó Giám đốc Ban 8.
Sau khi Viện KSND tối cao phê chuẩn, Cơ quan Bộ Công an đã CSĐT phối hợp với Viện KSND tối cao thực hiện tống đạt các thủ tục tố tụng nêu trên theo đúng quy định của pháp luật.
Hiện, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đang tập trung lực lượng, mở rộng điều tra, làm rõ hành vi vi phạm của các bị can, đối tượng liên quan tại Bộ NN&PTNT và các đơn vị trực thuộc, Công ty Hoàng Dân và các nhà thầu, đơn vị thi công để đề xuất xử lý theo quy định của pháp luật; đồng thời, điều tra, xác minh phục vụ thu hồi triệt để tài sản.
Bộ Công an thông tin về việc khởi tố Thứ trưởng Bộ Y tế Trương Quốc Cường 
