Trước đó, từ nguồn tin tố giác tội phạm, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên đã vào cuộc xác minh, thu thập chứng cứ, tài liệu có liên quan vụ việc Công ty CP Pymepharco được UBND tỉnh Phú Yên chấp thuận chủ trương, điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án Trung tâm Kinh doanh dược, mỹ phẩm - dịch vụ y tế Phú Yên từ năm 2005-2007, nhưng không triển khai thực hiện, mà chuyển nhượng đất để hưởng lợi.
Vụ việc khởi đầu từ giữa tháng 9/2007, khi UBND tỉnh Phú Yên ban hành quyết định thu hồi, chuyển mục đích sử dụng thửa đất nêu trên có diện tích 1.183m2 để giao cho Công ty CP Pymepharco triển khai thực hiện dự án trong thời hạn 70 năm. Doanh nghiệp được ưu ái giao đất không thông qua đấu giá với số tiền gần 3,6 tỷ đồng.
Sau khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp “sổ đỏ”, Công ty CP Pymepharco lần lượt thế chấp vay vốn ngân hàng, rồi góp vốn bằng giá trị đất với Công ty CP Xuất nhập khẩu dược Phú Yên để kinh doanh. Hơn 5 năm kể từ khi được giao đất không thông quá đấu giá, Công ty CP Pymepharco không xây dựng một hạng mục nào trên thửa đất số 76, tờ bản đồ số 8, ô phố A2 đường Hùng Vương, phường 5, TP Tuy Hòa như đã “vẽ” ra dự án Trung tâm Kinh doanh dược, mỹ phẩm - dịch vụ y tế Phú Yên.
Từ kết quả kiểm tra dự án này, Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Phú Yên có văn bản kiến nghị UBND tỉnh Phú Yên ban hành quyết định chấm dứt hiệu lực dự án. Thế nhưng với chức trách Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên lúc bấy giờ, ông Phạm Đình Cự không chỉ đạo thực hiện, Sở Tài Nguyên và Môi trường cũng không kiểm tra, thanh tra việc sử dụng đất của chủ đầu tư dự án để kiến nghị thu hồi đất theo quy định pháp luật. Trong khi đó, Công ty CP Pymepharco tích cực tìm kiếm đối tác chuyển nhượng lại thửa đất để hưởng lợi.
Thừa biết dự án dự án Trung tâm Kinh doanh dược, mỹ phẩm - dịch vụ y tế Phú Yên thuộc diện phải thu hồi đất, thế nhưng ngày 30/11/2012, ông Đỗ Duy Vinh, Giám đốc Sở Tài chính vẫn ký văn bản tham mưu, đề xuất để ông Phạm Đình Cự, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên ký thông báo số 13/TB-UBND ngày 7/1/2013, cho phép Công ty CP Pymepharco bán toàn bộ thửa đất tại dự án treo cho Ngân hàng Vietcombank với giá 16 tỷ đồng để tổ chức tín dụng này xây dựng trụ sở làm việc trong thời hạn 50 năm.
Kết quả giám định tư pháp về tài chính cho thấy, hành vi “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, gây thất thoát lãng phí” của các ông Phạm Đình Cự, Đỗ Duy Vinh đã gây thất thoát tài sản nhà nước hơn 10,1 tỷ đồng. Hành vi đó vi phạm các quy định pháp luật của Luật Đất đại 2003, Luật Đầu tư 2005 và quyết định số 1714/QĐ-UBND ngày 18/9/2007 của UBND tỉnh Phú Yên.
Như Báo CAND đã thông tin, trước đó vào chiều 13/9, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên cũng đã tống đạt quyết định khởi tố bị can đối với ông Đỗ Duy Vinh, cựu Giám đốc Sở Tài chính tỉnh Phú Yên về tội danh“Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, gây thất thoát lãng phí” theo khoản 3, điều 219 BLHS.
Hai bị can Đỗ Duy Vinh và Phạm Đình Cự đều bị Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên áp dụng biện pháp ngăn chặn bằng lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú. Các thủ tục tố tụng hình sự đối với hai bị can đều được Viện KSND tỉnh Phú Yên phê chuẩn theo quy định pháp luật.
Cựu Phó Chủ tịch thường trực UBND tỉnh Phú Yên cùng hai đồng phạm được giảm án 
Khởi tố cựu Giám đốc Sở Tài chính tỉnh Phú Yên 
