Đây là vụ án tham nhũng, chức vụ có tính chất đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp (giai đoạn 2 vụ án Cục lãnh sự) được lãnh đạo các cấp, ban ngành và dư luận đặc biệt quan tâm. Hành vi của các bị can đã xâm phạm đến hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước đối với việc bảo hộ công dân Việt Nam ở nước ngoài nói chung và trong hoàn cảnh đặc biệt người dân bị mắc kẹt trong đại dịch COVID-19 cần đến sự hỗ trợ của cơ quan chức năng nói riêng; xâm phạm hoạt động đúng đắn của các cơ quan tư pháp, che giấu hành vi phạm tội, gây cản trở quá trình điều tra; làm mất lòng tin của quần chúng nhân dân vào sự lãnh đạo của Đảng, cơ quan quản lý Nhà nước, sự điều hành của Chính phủ. Do đó, cần phải đưa ra truy tố, xét xử nghiêm minh trước pháp luật.
Tại giai đoạn 2 vụ án, Cơ quan ANĐT, Bộ Công an đã điều tra triệt để, khách quan, làm rõ hành vi, phương thức thủ đoạn, bản chất hành vi phạm tội của các bị can, cũng như các dấu hiệu sai phạm khác có liên quan. Đến nay, Cơ quan ANĐT Bộ Công an đã hoàn thành việc điều tra vụ án, làm rõ hành vi phạm tội; đủ căn cứ kết luận và đề nghị truy tố 17 bị can về 4 tội danh gồm Nhận hối lộ; đưa hối lộ; lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ và che giấu tội phạm”.
Trong đó bị can Trần Tùng (SN 1978, nguyên Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên) bị đề nghị truy tố về hai tội danh gồm “Nhận hối lộ” và “ Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
5 bị can bị đề nghị truy tố về hành vi “Nhận hối lộ” gồm: Trần Thị Quyên (SN 1986, Giám đốc Công ty Sen vàng Đất Việt); Lê Thị Phượng (SN 1969, nguyên Chuyên viên Phòng khoa giáo Văn xã, Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương); Nguyễn Văn Văn (SN 1965, nguyên Phó giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam); Lê Ngọc Tường (SN 1979, nguyên Phó giám đốc Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam); Nguyễn Mạnh Trường (SN 1980, nguyên Chuyên viên Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải).
10 bị can bị đề nghị truy tố về hành vi “Đưa hối lộ” gồm: Vũ Hồng Quang (SN 1977, nguyên Phó Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải); Trần Thanh Nhã (SN 1991, trú tại TP Hồ Chí Minh); Vũ Hoàng Dũng (SN 1987, trú tại Hà Nội); Nguyễn Mạnh Cương (SN 1977, trưởng Phòng thương mại điện tử Công ty Cổ phần thương mại hàng không Vietjet); Đặng Nhật Đức (SN 1975, Giám đốc Công ty TNHH Top Agent Japan); Bùi Đăng Khoa (SN 1984, Giám đốc Công ty TNHH một thành viên Du ngoạn thế giới); Trương Thị Mỹ Dung (SN 1972, Giám đốc Công ty TNHH Một thành viên Thương mại Dịch vụ Du lịch Ánh Sao Thiên); Phạm Quốc Thắng (SN 1977, Giám đốc Công ty TNHH PNR); Trần Thị Ngân (SN 1984, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Anna Travel) và Trần Minh Phụng (SN 1970, Giám đốc Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ du lịch và Xây dựng Gia Huy).
Căn cứ vào các tài liệu thu thập được, Cơ quan ANĐT, Bộ Công an đã đề nghị truy tố bị can Nguyễn Xuân Thông (SN 1975, trú tại Hà Nội) về hành vi “Che giấu tội phạm”.
Trước đó, vào ngày 3/4/2023, Cơ quan ANĐT Bộ Công an ra Bản kết luận điều tra số 08/KLĐT-ANĐT-P5 và chuyển hồ sơ vụ án "Đưa hối lộ, nhận hối lộ, môi giới hối lộ; lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; lừa đảo chiếm đoạt tài sản" xảy ra tại Bộ Ngoại giao, Hà Nội và các tỉnh, thành phố (Giai đoạn 1) đến Viện KSNDTC (Vụ 1) đề nghị truy tố 54 bị can trước pháp luật và tách các nội dung liên quan có dấu hiệu sai phạm nhưng chưa được làm rõ ở Giai đoạn 1 để tiếp tục điều tra, xác minh, làm rõ và kết luận ở Giai đoạn 2 vụ án.
Ngày 12/4/2023, Cơ quan ANĐT Bộ Công an ra Quyết định phân công Phó Thủ trưởng Cơ quan điều tra giải quyết nguồn tin về tội phạm số 164/QĐ-ANĐT-P5 đối với các vấn đề tách ra để điều tra, xác minh, làm rõ ở Giai đoạn 2 vụ án.
Ngày 18/4/2023, Viện KSND Tối cao (Vụ 1) ra bản cáo trạng số 3813/CT-VKSTC-V1 đối với vụ án "Nhận hối lộ", "Đưa hối lộ", "Môi giới hối lộ", "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" và "Lừa đảo hiếm đoạt tài sản" xảy ra tại Bộ Ngoại giao và một số Bộ, ngành, địa phương, truy tố 54 bị can trước pháp luật.
Ngày 28/7/2023, TAND TP Hà Nội xét xử sơ thẩm tuyên phạt 54 bị cáo theo tội danh, điều luật, hình phạt tại Bản án hình sự Sơ thẩm số 319/2023-HS-ST; ngày 27/12/2023, TAND Cấp cao tại Hà Nội xét xử phúc thẩm, tuyên phạt 21 bị cáo có kháng cáo theo tội danh, điều luật, hình phạt tại Bản án hình sự thẩm số 984/2023/HS-PT.
Căn cứ kết quả kiểm tra, xác minh, ngày 9/6/2023 Cơ quan ANĐT Bộ Công an ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự về tội "Nhận hối lộ"; ngày 21/9/2023 ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự về tội “Đưa hối lộ”; ngày 23/8, ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; che giấu tội phạm" theo quy định tại Điều 356 và Điều 389 BLHS, xảy ra tại Thái Nguyên và một số tỉnh, thành phố để điều tra theo quy định của pháp luật.
Trước đó, tháng 1/2020, dịch COVID-19 bùng phát ở Trung Quốc và diễn biến phức tạp. Trước tình hình trên, tháng 3/2020, Chính phủ tổ chức 1 chuyến bay giải cứu, đưa 30 công dân Việt Nam từ Vũ Hán (Trung Quốc) về nước. Đến tháng 4/2020, Chính phủ tiếp tục tổ chức một số chuyến bay chỉ thu phí vé máy bay và cách ly tại cơ sở Quân đội (chuyến bay "giải cứu"). Do nhu cầu công dân về nước rất lớn, trong khi việc cách ly và chi phí gặp khó khăn, từ tháng 2/2020 đến 29/4/2021, Chính phủ đã chỉ đạo, giao Tổ công tác 4 Bộ (do Bộ Ngoại giao chủ trì, phối hợp các Bộ Y tế, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Quốc phòng) xây dựng kế hoạch triển khai, báo cáo lãnh đạo Chính phủ (qua Văn phòng Chính phủ) xem xét, quyết định kế hoạch tổ chức các chuyến bay đưa công dân về nước theo tháng/quý; từ tháng 4/2021 đến tháng 1/2022, giao thẩm quyền quyết định phê duyệt các chuyến bay cho Tổ công tác 5 Bộ (Bộ Ngoại giao chủ trì, Bộ Y tế, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Quốc phòng và bổ sung thêm Bộ Công an).
Việc tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước được thực hiện dưới 3 hình thức gồm chuyến bay do Cơ quan Nhà nước phối hợp tố chức đưa công dân về nước cách ly tại cơ sở Quân đội;; song song với các chuyến bay giải cứu, Chính phủ cho phép tổ chức các chuyến bay thí điểm, hình thức trọn gói đón công dân Việt Nam về nước bằng kinh phí tự nguyện của công dân (gọi tắt là chuyến bay Combo) và chuyến bay đơn lẻ, phát sinh đột xuất ngoài kế hoạch…
Lợi dụng chủ trương của Đảng, Nhà nước và chức vụ quyền hạn được giao, một số cá nhân tại UBND các tỉnh, thành phố đã thoả thuận đưa/ nhận hối lộ, làm trái công vụ để tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho các doanh nghiệp đưa công dân về nước cách ly y tế tại các địa phương; trực tiếp hoặc qua trung gian móc nối, thoả thuận với cán bộ thuộc Bộ Y tế đưa hối lộ/ nhận hối lộ với số tiền lớn để có văn bản chấp thuận; xét duyệt cho công dân (khách lẻ) về trên các chuyến bay đơn lẻ; có bị can còn lợi dụng vị trí công tác hướng dẫn, xúi giục người có liên quan khai báo gian dối, che giấu tội phạm, gây cản trở việc điều tra, làm rõ tội phạm của cơ quan chức năng.
Cựu Cục trưởng Cục Lãnh sự khai gì về việc nhận hối lộ vụ “chuyến bay giải cứu”? 
Khởi tố, bắt tạm giam thêm 7 đối tượng trong vụ án Cục Lãnh sự 
