Tuy nhiên, Bộ GTVT cũng tiếp tục thừa nhận, quá trình thực hiện các dự án BOT giao thông còn những hạn chế, vướng mắc, bất cập. Sau khi rà soát lại toàn bộ các dự án đã, đang và sắp triển khai theo hình thức BOT, Bộ GTVT đã dừng 4 dự án đã ký hợp đồng và đang triển khai; dừng 8 dự án đường bộ đã phê duyệt đề xuất, hoặc đang lập báo cáo nghiên cứu khả thi.
Hiện tại, chỉ triển khai kêu gọi đầu tư BOT vào 8 đoạn cao tốc Bắc - Nam phía Đông, giai đoạn 2017-2020. Ngoài ra, Bộ GTVT đã phối hợp với các bộ, ngành, địa phương, nhà đầu tư điều chỉnh vị trí một số trạm thu phí có bất cập; miễn, giảm phí; chỉ đạo các nhà đầu tư công khai thông tin dự án tại trạm thu phí (tổng mức đầu tư, thời gian thu phí, thời điểm thu phí...).
Bộ GTVT cũng chủ động mời Kiểm toán Nhà nước (KTNN) kiểm toán toàn bộ các dự án (đã kiểm toán 67 cuộc tại 60 dự án BOT, BT giao thông). Thực hiện nghiêm kết luận của KTNN, Thanh tra với các vấn đề còn tồn tại, đặc biệt là về xử lý tài chính, xử lý trách nhiệm và quyết toán chi phí đầu tư.
Nhờ đó, bất cập tại các trạm thu phí BOT đã cơ bản được giải quyết, trong đó có cả dự án trên tuyến chính và tuyến tránh. Dù vậy, vẫn còn một số trạm thu phí có tính chất đặc thù, còn gặp khó khăn, vướng mắc… Bộ GTVT đã báo cáo, Chính phủ cũng họp và chỉ đạo xử lý.
