Tuy nhiên, theo một đại diện BXMĐ mới, những ngày qua số lượng đầu xe khách vào hoạt động tại bến mới chỉ đạt gần 200 xe và đang có dấu hiệu giảm dần. Trong khi đó, những ngày gần đây doanh nghiệp vận tải khách liên tỉnh đua nhau đăng ký vào hoạt động tại các bến xe liên tỉnh tại Thành phố như Bến xe Ngã tư Ga, Bến xe An Sương.
Để ngăn chặn tình trạng xe khách bỏ BXMĐ mới, đồng loạt dịch chuyển vào sát khu vực trung tâm để hoạt động, chủ đầu tư BXMĐ mới là Tổng Công ty cơ khí giao thông vận tải Sài Gòn đã phải có văn bản đề nghị Sở Giao thông Vận tải ngưng cho phép doanh nghiệp vận tải đăng ký thêm xe chạy các tuyến hiện hữu hoặc chạy trên tuyến mới ở những bến xe khách liên tỉnh khác của Thành phố.
Nguyên nhân dẫn đến tình trạng doanh nghiệp vận tải, nhà xe đồng loạt bỏ BXMĐ mới dù bến xe này được đầu tư hơn nghìn tỷ đồng và được quy hoạch là bến xe hiện đại nhất cả nước là do vấn đề kết nối vận tải hành khách công cộng từ khu vực trung tâm đến BXMĐ mới còn hạn chế. Ngoài ra hiện nhiều doanh nghiệp vận tải khách, nhà xe không có xe dưới 16 chỗ để trung chuyển hành khách, hàng hóa từ bến cũ ra bến mới cũng khiến nhiều nhà xe bỏ bến.
Trong khi tuyến xe buýt từ BXMĐ cũ ra BXMĐ mới chưa có, thì đề nghị cho phép BXMĐ cũ được liên kết với đơn vị vận tải hoặc đầu tư xe 16 chỗ trung chuyển khách từ bến cũ ra bến mới chưa được đáp ứng. Thực trạng trên đang gây rối loạn trật tự vận tải khách liên tỉnh bằng đường bộ tại TP Hồ Chí Minh. Đồng thời mục tiêu hạn chế xe khách vào khu vực trung tâm Thành phố không đạt khi thực hiện di dời BXMĐ ra vùng ven.
Xung quanh chuyện di dời Bến xe Miền Đông 
Chính thức đưa Bến xe Miền Đông mới vào hoạt động 
