Sơ bộ tổng mức đầu tư dự án khoảng 67,34 tỷ USD, nguồn vốn từ ngân sách trung ương, vốn góp của các địa phương, vốn vay có chi phí thấp và ít ràng buộc. Để dự án được triển khai đúng kế hoạch, Chính phủ đề xuất 19 chính sách đặc thù.
Nhà thầu ưu tiên sử dụng sản phẩm Việt Nam
Theo kinh nghiệm quốc tế, để phát triển công nghiệp đường sắt đòi hỏi các quốc gia phải làm chủ công nghệ lõi, có nền công nghiệp phụ trợ phát triển và nguồn vốn lớn để mua công nghệ, đầu tư cơ sở vật chất. Để tạo động lực cho doanh nghiệp trong nước tham gia vào thị trường công nghiệp đường sắt, cần có cam kết từ Chính phủ cũng như cơ chế đảm bảo đầu ra cho sản phẩm. Tuy nhiên, doanh nghiệp trong nước mới tham gia thị trường nên giá thành khó có thể cạnh tranh sản phẩm cùng loại trên thế giới. Nhằm giải bài toán trên, Chính phủ đề xuất danh mục sản phẩm công nghiệp đường sắt, công nghiệp hỗ trợ phục vụ dự án thuộc nhóm đặt hàng cho tổ chức, doanh nghiệp Việt Nam...
Trong nhóm chính sách huy động nguồn lực, Chính phủ đề xuất quá trình thực hiện dự án, Thủ tướng được quyết định sử dụng các nguồn vốn như: Trái phiếu Chính phủ, vốn ODA, vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài, có chi phí khoản vay thấp hơn khoản vay trong nước và ít điều kiện ràng buộc. Dự án sẽ được bố trí đủ vốn qua nhiều kỳ kế hoạch đầu tư công trung hạn phù hợp với tiến độ thực hiện. Thủ tướng quyết định điều chỉnh kế hoạch đầu tư công trung hạn và hàng năm vốn ngân sách trung ương giữa các bộ, cơ quan trung ương và địa phương trong trường hợp không thay đổi tổng mức vốn trung hạn và hàng năm đã được Quốc hội quyết định.
Trường hợp cần thiết, Chính phủ trình Quốc hội quyết định điều chỉnh chỉ tiêu bội chi ngân sách, nghĩa vụ trả nợ trực tiếp của Chính phủ để huy động vốn cho dự án.
Theo báo cáo nghiên cứu tiền khả thi, chi phí giải phóng mặt bằng khoảng 5,9 tỷ USD sẽ từ ngân sách trung ương. Để giảm gánh nặng cho ngân sách, Chính phủ đề xuất nguồn thu từ quỹ đất vùng phụ cận nhà ga nộp vào ngân sách trung ương 50%, còn lại chính quyền cấp tỉnh được giữ lại 50%. Để khai thác giá trị quỹ đất vùng phụ cận các ga đường sắt tốc độ cao, Chính phủ đề xuất cho phép UBND cấp tỉnh được điều chỉnh chức năng sử dụng các khu đất trong vùng phụ cận ga, điều chỉnh cục bộ quy hoạch mà không phải làm thủ tục điều chỉnh cục bộ đồ án quy hoạch đã được phê duyệt. Các địa phương cũng được quyết định chỉ tiêu quy hoạch kiến trúc, hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội, yêu cầu về không gian và sử dụng đất khác với các quy định tại quy chuẩn kỹ thuật về quy hoạch xây dựng.
Địa phương được điều chỉnh khai thác mỏ vật liệu
Dự án đường sắt tốc độ cao cần lượng lớn vật liệu xây dựng từ các mỏ được cấp phép, đang hoạt động, hoặc tạm đóng chưa gia hạn giấy phép. Rút kinh nghiệm dự án đường bộ cao tốc Bắc-Nam gặp khó do thiếu nguồn vật liệu, để giảm thủ tục khai thác mỏ, Chính phủ đề xuất với mỏ đã được cấp phép, đang hoạt động, UBND cấp tỉnh được điều chỉnh trữ lượng khai thác, gia hạn thời gian khai thác, nâng công suất theo nhu cầu của dự án mà không phải lập dự án đầu tư điều chỉnh, không phải lập báo cáo đánh giá tác động môi trường, không phải làm thủ tục xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường. Nếu mỏ có trong hồ sơ khảo sát vật liệu, nhưng chưa được cấp phép khai thác, UBND cấp tỉnh quyết định bổ sung vào quy hoạch thăm dò, khai thác, sử dụng khoáng sản của địa phương, tổ chức thu hồi đất... để khai thác theo yêu cầu dự án.
Ngoài ra, Chính phủ còn đưa ra một số chính sách đặc thù như: Để phòng, chống tham nhũng, tiêu cực thì thành lập tổ thẩm định kiểm tra công tác lựa chọn nhà thầu với sự tham gia của đại diện các Bộ Quốc phòng, Công an, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Giao thông Vận tải, Thanh tra Chính phủ, Kiểm toán Nhà nước. Cùng với đó, các cơ chế thủ tục di dời hạ tầng kỹ thuật cũng được đề xuất để giảm thời gian giải phóng mặt bằng; chính sách về hỗ trợ đào tạo nhân lực; chuyển đổi mục đích sử dụng rừng; nhà ga đường sắt không cần thi tuyển phương án kiến trúc...
Tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc-Nam dài khoảng 1.541km, hướng tuyến tiếp cận trung tâm kinh tế của các địa phương sẽ tạo cơ hội để tái cơ cấu không gian phát triển kinh tế, kết nối nhanh, liên thông các đô thị lớn, tái cấu trúc hệ thống các đô thị, phân bổ lại dân cư, tạo động lực tăng trưởng.
Về lựa chọn phương án kiến trúc nhà ga thuộc Dự án, theo đánh giá trường hợp thi tuyển rộng rãi sẽ dẫn đến thời gian chuẩn bị, thực hiện lập phương án kiến trúc và đánh giá kéo dài; nếu thi tuyển mà không có phương án đáp ứng được yêu cầu theo Quy chế thì phải thực hiện quy trình tổ chức thi tuyển lại dẫn đến rất mất thời gian. Để đảm bảo phù hợp với tính chất của nhà ga đường sắt tốc độ cao, các yếu tố về công năng cũng như thẩm mỹ phải được tính toán trên cơ sở đảm bảo hiệu quả kinh tế, xã hội cũng như tiến độ của Dự án, nên việc đề xuất chính sách không thi tuyển kiến trúc đối với nhà ga đường sắt tốc độ cao là cần thiết và phù hợp. Để giải quyết vấn đề trên, đề xuất cơ chế, chính sách cụ thể như công trình nhà ga đường sắt tốc độ cao không thuộc đối tượng phải thi tuyển phương án kiến trúc.
Làm rõ phương án huy động và khả năng cân đối vốn Dự án đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam 
Dự án đường sắt tốc độ cao trục Bắc-Nam: Huy động nguồn lực trong nước, vốn đầu tư công, không rơi vào bẫy nợ 
