Trước diễn biến phức tạp của bão số 3 (Wipha), Cục Hàng không Việt Nam chỉ đạo các đơn vị tổ chức trực 24/24h, thực hiện nghiêm quy trình ứng phó bão, áp thấp nhiệt đới trong hoạt động hàng không dân dụng.
Các cảng hàng không nằm trong vùng ảnh hưởng như Vân Đồn, Nội Bài, Cát Bi… được yêu cầu chủ động kiểm tra, gia cố kết cấu hạ tầng, hệ thống thông tin liên lạc, thoát nước, đồng thời triển khai các phương án phòng ngừa ngập úng, bảo vệ công trình, thiết bị nhằm hạn chế tối đa thiệt hại. Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV), Cảng hàng không quốc tế Vân Đồn chủ trì phối hợp với các đơn vị liên quan rà soát toàn bộ hệ thống, cập nhật thông tin khí tượng, chủ động đề xuất phương án khai thác phù hợp với điều kiện thực tế và sẵn sàng ứng phó tình huống khẩn cấp.
Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam (VATM) được yêu cầu chỉ đạo các cơ sở cung cấp dịch vụ khí tượng hàng không tăng cường giám sát, cung cấp kịp thời bản tin cảnh báo, dự báo thời tiết đến các đơn vị khai thác bay. Các hãng hàng không được yêu cầu theo dõi sát diễn biến bão, điều chỉnh lịch bay khi cần thiết, ưu tiên đảm bảo an toàn cho hành khách và phi hành đoàn.
Cũng trong đêm 20/7, thông tin từ Hãng hàng không Quốc gia Vietnam Airlines cho biết, do ảnh hưởng của cơn bão Wipha, tại khu vực Hongkong (Trung Quốc), Vietnam Airlines Group (gồm Vietnam Airlines, Pacific Airlines và Vasco) sẽ điều chỉnh kế hoạch khai thác một số chuyến bay trong ngày 21/7 nhằm bảo đảm an toàn cho hành khách và phi hành đoàn.
Cụ thể, Vietnam Airlines sẽ huỷ các chuyến bay VN1188, VN1171, VN7188, VN7189, VN7056, VN7057 giữa TP Hồ Chí Minh và Hải Phòng; VN1856, VN1857 giữa TP Hồ Chí Minh và Côn Đảo.
Trong ngày 21/7, Pacific Airlines sẽ điều chỉnh giờ khởi hành sớm hơn so với kế hoạch đối với các chuyến bay BL6440, BL6441 giữa TP Hồ Chí Minh và Hải Phòng, nhằm đảm bảo thời gian cất, hạ cánh tại sân bay Cát Bi trước 12h trưa. Hãng cũng sẽ huỷ các chuyến bay BL6520 và BL6521 trên đường bay này trong ngày. Đối với ngày 22/7, các chuyến bay của Vietnam Airlines Group khai thác tại sân bay Cát Bi sẽ khởi hành sau 12h.
Ngoài ra, nhiều chuyến bay nội địa và quốc tế trong ngày 21-22/7 của Vietnam Airlines Group sẽ bị ảnh hưởng dây chuyền bởi cơn bão Wipha.
Đại diện hãng bay cho hay, Vietnam Airlines Group phải thay đổi lịch khai thác do yếu tố thời tiết bất khả kháng và mong nhận được sự thông cảm từ hành khách. Giờ bay có thể tiếp tục điều chỉnh theo diễn biến của cơn bão. Thông tin cập nhật sẽ được hãng thông báo qua các phương tiện truyền thông và liên hệ trong hồ sơ đặt chỗ của hành khách.
Bên cạnh đó, Vietnam Airlines khuyến cáo hành khách thắt dây an toàn trong suốt chuyến bay, đặc biệt trong điều kiện thời tiết phức tạp. Việc chủ động cài dây an toàn, kể cả khi đèn tín hiệu đã tắt, là biện pháp quan trọng giúp giảm thiểu rủi ro khi máy bay gặp nhiễu động không khí.
Theo Trung tâm Khí tượng Hàng không (Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam - VATM), bão số 3 tiếp tục di chuyển nhanh về phía đất liền với sức gió mạnh cấp 11, giật cấp 14.
Từ đêm 20/7 và sáng 21/7, hoàn lưu bão ảnh hưởng đến phía Đông các phân khu 1, 2, 3 thuộc Vùng thông báo bay Hà Nội (FIR Hà Nội), xuất hiện mây đối lưu, gây mưa rào, dông và hiện tượng thời tiết nguy hiểm.
Từ 21h đến 24h ngày 21/7, tâm bão có khả năng chạm phân khu 2 FIR Hà Nội, cách sân bay Nội Bài khoảng 250km.
Trong ngày 21-22/7, Sân bay Nội Bài có lúc có mưa vừa đến mạnh, có dông, tầm nhìn giảm còn 1,3km, cảnh báo mưa lớn diện rộng. Từ ngày 21-23/7, Đông Bắc, Đồng bằng Bắc Bộ, Thanh Hóa, Nghệ An sẽ có mưa to đến rất to. Lượng mưa phổ biến 200-350mm, có nơi trên 600mm, cảnh báo nguy cơ mưa có cường suất lớn >150mm/3 giờ
An toàn hàng không tiếp tục được duy trì mức độ cao 
Bão số 3 Wipha có khả năng mạnh thêm, cảnh báo gây mưa lớn ở Bắc Bộ 
