Các bị cáo còn lại là giám đốc doanh nghiệp và các cá nhân bị truy tố về tội “Đưa hối lộ”. Cáo trạng của Viện KSND tối cao cáo buộc các bị cáo trong vụ án này đã lợi dụng những bất cập của Nghị định 15/CP của Chính phủ để trục lợi trong hoạt động cấp phép công bố sản phẩm, xác nhận nội dung quảng cáo và chứng nhận GMP, với tổng số tiền đưa và nhận hối lộ hơn 107 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, Cục An toàn thực phẩm thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Y tế quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về lĩnh vực an toàn thực phẩm thuộc trách nhiệm của Bộ Y tế được phân công quản lý trong phạm vi cả nước.
Tuy nhiên, trong thời gian từ năm 2018 đến năm 2025, lợi dụng các quy định pháp luật, một số cá nhân là lãnh đạo, nguyên lãnh đạo và một số chuyên viên, cán bộ tại các đơn vị chuyên môn thuộc Cục An toàn thực phẩm cùng một số cá nhân, doanh nghiệp đã có hành vi đưa hối lộ và nhận hối lộ trong hoạt động thẩm định cấp giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm; thẩm định giấy xác nhận nội dung quảng cáo; thẩm định, hậu kiểm, cấp giấy chứng nhận GMP.
Đối với việc thẩm xét hồ sơ cấp giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm, Nghị định 15/CP quy định: Tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh thực phẩm bảo vệ sức khỏe, phụ gia thực phẩm hỗn hợp có công dụng mới, phụ gia thực phẩm chưa có trong danh mục phụ gia được phép sử dụng trong thực phẩm do Bộ trưởng Bộ Y tế quy định phải đăng ký bản công bố sản phẩm tại Bộ Y tế.
Tuy nhiên, do Nghị định 15/CP mới ban hành, có nhiều nội dung mới gây khó khăn cho các cá nhân, doanh nghiệp trong quá trình hoàn thiện hồ sơ, nhất là các yêu cầu liên quan đến cung cấp tài liệu khoa học chứng minh công dụng, liều dùng của sản phẩm.
Lợi dụng những khó khăn, bất cập nêu trên, các chuyên viên, lãnh đạo đơn vị chuyên môn tại Cục An toàn thực phẩm được phân công gồm: Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm; Phòng Quản lý tiêu chuẩn và kiểm nghiệm; Trung tâm ứng dụng và đào tạo an toàn thực phẩm đã nhiều lần gửi văn bản yêu cầu các cá nhân, doanh nghiệp sửa đổi, bổ sung hồ sơ với nội dung chung chung, khó hiểu, kéo dài thời hạn cấp giấy tiếp nhận.
Để hoàn thiện hồ sơ và sớm được cấp giấy tiếp nhận, một số cá nhân, doanh nghiệp làm dịch vụ đã thỏa thuận, thống nhất với chuyên viên của Cục An toàn thực phẩm về việc đưa tiền chi ngoài cho chuyên viên sau khi được cấp Giấy tiếp nhận với mức trung bình từ 5 đến 10 triệu đồng một hồ sơ (tùy từng thời điểm và từng loại hồ sơ).
Việc đưa, nhận tiền như trên được các chuyên viên báo cáo với các Trưởng phòng và Giám đốc Trung tâm gồm: Phạm Văn Hinh, Lê Hoàng, Đinh Quang Minh để báo cáo Nguyễn Thanh Phong (cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm), Nguyễn Hùng Long (cựu Phó Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm) và Đỗ Hữu Tuấn (cựu Phó Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm) biết và đồng ý với chủ trương nhận tiền của các cá nhân, doanh nghiệp và thống nhất cơ chế chia cho lãnh đạo cục, lãnh đạo đơn vị chuyên môn và chuyên viên.
Đối với việc thẩm xét hồ sơ cấp giấy xác nhận nội dung quảng cáo, Nghị định 15/CP quy định: “Tổ chức, cá nhân có sản phẩm quảng cáo là thực phẩm bảo vệ sức khỏe, thực phẩm dinh dưỡng y học, thực phẩm dùng cho chế độ ăn đặc biệt, sản phẩm dinh dưỡng dùng cho trẻ đến 36 tháng tuổi không thuộc trường hợp cấm quảng cáo, phải đăng ký nội dung quảng cáo với cơ quan cấp giấy tiếp nhận bản đăng ký công bố sản phẩm trước khi quảng cáo”.
Nhiệm vụ thẩm xét hồ sơ cấp giấy xác nhận nội dung quảng cáo được lãnh đạo Cục An toàn thực phẩm giao cho Phòng giám sát và truyền thông thẩm định, tham mưu.
Từ tháng 8/2018, sau khi được Nguyễn Thanh Phong phân công ký cấp giấy xác nhận, Trần Việt Nga (khi đó là Phó Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm) đã chỉ đạo Trần Thị Thu Liễu (khi đó là Phó trưởng Phòng phụ trách phòng) quán triệt với các chuyên viên trong phòng về cơ chế thu tiền chi ngoài mức phí nộp theo quy định của các cá nhân, doanh nghiệp để chuyển cho Nga ít nhất 2 triệu đồng một hồ sơ.
Từ đó, các chuyên viên đã trao đổi đề nghị các cá nhân, doanh nghiệp nộp hồ sơ xác nhận quảng cáo phải chi với mức trung bình từ 4 đến 9 triệu đồng một hồ sơ để được hướng dẫn, tạo điều kiện cấp giấy xác nhận.
Nghị định 15/CP quy định: Kể từ ngày 1/7/2019, các cơ sở sản xuất thực phẩm bảo vệ sức khỏe phải áp dụng thực hành sản xuất tốt (GMP) thực phẩm bảo vệ sức khỏe theo hướng dẫn của Bộ Y tế. Phòng giám sát và truyền thông được phân công là đơn vị đầu mối thực hiện cấp, đình chỉ, thu hồi giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với các cơ sở sản xuất kinh doanh thực phẩm và giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đạt yêu cầu thực hành sản xuất tốt thực phẩm bảo vệ sức khỏe.
Để nhà máy được hoạt động sản xuất, kinh doanh thực phẩm bảo vệ sức khỏe, trong thời gian từ năm 2020 đến năm 2024, Nguyễn Năng Mạnh (Giám đốc điều hành Công ty MediPhar, Công ty MediUSA) đã thỏa thuận và đưa tiền cho Cao Văn Trung (khi đó là Trưởng phòng giám sát và truyền thông) để Trung đưa cho Nguyễn Thanh Phong, Nguyễn Hùng Long với mục đích nhờ Phong và Long tạo điều kiện, xếp lịch thẩm định sớm, bỏ qua một số tồn tại của công ty để cấp GMP cho 2 nhà máy do Mạnh điều hành đi vào hoạt động.
Ngoài ra, trước khi GMP hết hạn (3 năm kể từ ngày cấp), Mạnh tiếp tục đặt vấn đề và đưa tiền cho Trung để Trung nhờ Phong và Long sớm thẩm định lại, bỏ qua các sai phạm, thiếu sót của nhà máy trong quá trình thẩm định lại, hậu kiểm để cấp lại GMP.
Lợi dụng nhiệm vụ, quyền hạn trong 3 lĩnh vực trên, trong thời gian từ năm 2018 đến năm 2024, Nguyễn Thanh Phong cùng 33 bị cáo là cựu lãnh đạo, cán bộ, chuyên viên của Cục An toàn thực phẩm và một số cá nhân liên quan đã có hành vi nhận hối lộ của 21 bị can là các cá nhân, doanh nghiệp.
Trong đó, tổng số tiền nhận hối lộ trong hoạt động cấp giấy tiếp nhận là hơn 93,7 tỷ đồng; cấp giấy xác nhận là hơn 12,7 tỷ đồng và cấp GMP là hơn 1 tỷ đồng.
Cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong bị cáo buộc chiếm đoạt 44 tỷ đồng khi cấp phép hồ sơ công bố sản phẩm. Cựu Cục trưởng Trần Việt Nga bị cáo buộc cố ý “ngâm hồ sơ” để buộc người xin cấp phép phải chi tiền cho mình để chiếm đoạt hơn 8 tỷ đồng…
Cơ quan điều tra kiến nghị khắc phục kẽ hở, tránh để lạm quyền như trong vụ án tại Cục An toàn thực phẩm 
Đề nghị truy tố hai cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm Bộ Y tế 
