Hệ thống trường chuyên THPT hiện nay gồm trường chuyên thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học. Mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có ít nhất một trường THPT chuyên. Tuy nhiên, hiện vẫn còn tình trạng một số trường chuyên mở các lớp chuyên, lớp chất lượng cao hoặc lớp cận chuyên dành cho học sinh không đủ điểm trúng tuyển vào lớp chuyên.
Nhiều ý kiến cho rằng, mặc dù các lớp không chuyên trong trường chuyên đã đáp ứng nhu cầu học tập của một bộ phận học sinh và đặc biệt là thỏa mãn tâm lý “đề cao trường chuyên” của phụ huynh nhưng việc tồn tại các lớp không chuyên là không đúng với tôn chỉ, mục tiêu của trường chuyên. Đó là chưa kể, văn hóa nhà trường phải đề cao tính bình đẳng, công bằng trong khi đó, học sinh các lớp không chuyên thường bị định kiến “học sinh hạng hai”, không ít học sinh phải chịu áp lực, mặc cảm khi học các lớp không chuyên.
Ngoài ra, chương trình của lớp chuyên là chương trình riêng, có những chính sách về chế độ học hành, học sinh chuyên thì được hưởng, còn học sinh lớp không chuyên sẽ không được hưởng. Do vậy, việc tồn tại cả lớp chuyên và không chuyên sẽ tạo ra “hai chế độ trong một trường”.
Ông Trần Trung Hiếu, giáo viên Trường THPT chuyên Phan Bội Châu (Nghệ An) nêu quan điểm: Đã là trường chuyên thì không nên, không được tổ chức lớp không chuyên trong trường chuyên. Nếu tồn tại các lớp không chuyên trong các trường chuyên sẽ tạo cơ hội cho nhiều học sinh với học lực chưa đủ giỏi vẫn có thể vào học trường chuyên nhưng không đáp ứng được yêu cầu của trường chuyên, điều này sẽ làm ảnh hưởng đến chất lượng của trường chuyên. Quan trọng hơn, trường chuyên có đặc thù riêng biệt, được sự đầu tư từ nguồn ngân sách Nhà nước. Vậy thì, những đối tượng thụ hưởng nguồn ngân sách đó, bao gồm cả giáo viên và học sinh trường chuyên cần phải được sử dụng đúng.
Còn theo ông Trần Văn Hưng, Hiệu trưởng Trường THPT chuyên Thái Nguyên, mục tiêu, nhiệm vụ, quyền hạn của trường chuyên đã quy định rõ, nếu mở lớp không chuyên sẽ mâu thuẫn với quy định này. Hiện nay, một số địa phương có mở lớp không chuyên trong trường chuyên nhằm khai thác cơ sở vật chất, đội ngũ giáo viên. Tuy nhiên, trên thực tế các tỉnh, thành hiện nay, rất nhiều trường học có điều kiện cơ sở vật chất, đội ngũ nhà giáo tốt nên không nhất thiết phải mở lớp không chuyên trong trường chuyên chỉ để tận dụng các lợi thế này.
Nhiều phụ huynh cũng cho rằng, việc Bộ GD&ĐT dự kiến bỏ lớp không chuyên trong trường chuyên là cần thiết. Theo quan điểm của các phụ huynh này, hệ thống trường chuyên cấp 3 sẽ đào tạo ra những tinh hoa tri thức cho đất nước. Do vậy, trường chuyên chỉ nên tập trung cho các lớp chuyên và hoạt động theo đúng tôn chỉ, sứ mệnh của mình. Nếu vẫn duy trì lớp không chuyên, lớp cận chuyên và chất lượng cao trong trường chuyên sẽ rất dễ biến tướng, nếu không cẩn thận có thể trở thành nơi “vé vét” hoặc ngoại giao, tạo sự bất bình đẳng không đáng có trong môi trường đặc thù như giáo dục.
Bên cạnh việc ủng hộ chủ trương xoá lớp không chuyên trong trường chuyên, hiện cũng có một số ý kiến đề xuất cần thay đổi mô hình và triết lý đào tạo của trường chuyên chứ không phải chỉ là câu chuyện xoá lớp không chuyên. Ông Đinh Đức Hiền, giáo viên tại hệ thống giáo dục HOCMAI (Hà Nội) cho rằng, trường chuyên phải thực sự là môi trường đào tạo tinh hoa theo đúng nghĩa chứ không phải nơi đào tạo "gà nòi" như nhiều đơn vị đang thực hiện.
“Trong chương trình giáo dục phổ thông mới, học sinh cần và được phát triển toàn diện về năng lực, phẩm chất. Trường chuyên bên cạnh việc phát hiện, bồi dưỡng những tinh hoa về lĩnh vực cụ thể thì cũng không thể đứng ngoài cuộc xu thế giáo dục để học sinh trở thành công dân toàn cầu. Do đó, thay vì xoá bỏ lớp không chuyên, hãy nghiên cứu, phát triển để nó trở thành mô hình chuẩn không chuyên chất lượng cao và hội nhập”-ông Đinh Đức Hiền nêu ý kiến.
Không “chạy theo thành tích” trong xây dựng và phát triển trường chuyên 
Sẽ có đánh giá, tổng kết về mô hình trường chuyên vào cuối 2020 
