Cáo trạng của Viện KSND tối cao truy tố hai cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế) là Nguyễn Thanh Thanh, Trần Việt Nga cùng 53 bị cáo khác là cựu cán bộ, chuyên viên Cục An toàn thực phẩm và các giám đốc, cá nhân doanh nghiệp về tội “Đưa hối lộ” và tội “Nhận hối lộ”.
Đối với hành vi đưa hối lộ, Nguyễn Năng Mạnh là Chủ tịch HĐQT Công ty cổ phần MediaUSA, đồng thời sở hữu Nhà máy dược phẩm MediPhar và Nhà máy dược phẩm MediaUSA. Từ năm 2016, Mạnh đã thành lập và điều hành nhiều công ty để hợp thức hành vi sản xuất, buôn bán thực phẩm chức năng giả.
Kết quả điều tra xác định, Mạnh dùng thủ đoạn in trên bao bì, nhãn mác sản phẩm thể hiện nhập khẩu từ Mỹ, châu Âu nhưng thực tế chủ yếu được nhập từ Trung Quốc và mua trôi nổi trên thị trường. Về chỉ tiêu chất lượng, nhiều sản phẩm chức năng chức chỉ đạt dưới 30% so với công bố.
Năm 2020, công ty của Mạnh xin cấp giấy chứng nhận GMP (văn bản xác nhận đảm bảo chất lượng và an toàn sản phẩm) để đi vào sản xuất. Nhằm đẩy nhanh tiến độ được thẩm định, cấp giấy chứng nhận, Mạnh móc nối với Trưởng đoàn thẩm định là bị can Cao Văn Trung (cựu Phó trưởng Phòng Giám sát ngộ độc, Cục An toàn thực phẩm).
Hai bên thống nhất, Mạnh phải thông qua Trung đưa cho bị can Nguyễn Thanh Phong (cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm) 20 triệu đồng và bị can Nguyễn Hùng Long (cựu Phó Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm) 10 triệu đồng để được tạo điều kiện, xếp lịch thẩm định Nhà máy MediaUSA và Nhà máy MediPhar trong thời gian sớm nhất.
Sau khi Cục An toàn thực phẩm có quyết định thành lập đoàn kiểm tra thẩm định nhà máy, Mạnh đã đưa cho Trung tổng số 120 triệu đồng trong 4 lần, từ tháng 6/2020 đến tháng 11/2024. Nhận tiền, Trung cũng chia thành 4 lần theo các đợt và đưa cho Nguyễn Hùng Long 40 triệu đồng và Nguyễn Thanh Phong 80 triệu đồng.
Ngoài chi tiền đặt lịch thẩm định, Mạnh còn nhiều lần chi cho đoàn kiểm tra của Cục An toàn thực phẩm trong việc thẩm định, thẩm định lại các nhà máy.
Theo đó, tháng 6 và tháng 10/2020, đoàn kiểm tra tiến hành thẩm định tại Nhà máy MediaUSA và Nhà máy MediPhar sau đó kết luận “còn một số tồn tại”. Đoàn kiểm tra yêu cầu công ty của Mạnh phải khắc phục và báo cáo kết quả bằng văn bản gửi đến Cục An toàn thực phẩm trong thời gian 90 ngày.
Tại Nhà máy MediaUSA, Mạnh đã đưa cho đoàn kiểm tra 165 triệu đồng được đóng trong các phong bì. Trong đó, 50 triệu đồng cho Nguyễn Thanh Phong, 30 triệu đồng cho 30 triệu đồng cho Nguyễn Hùng Long, 10 triệu đồng cho Trưởng phòng giám sát ngộ độc thực phẩm Phạm Văn Hinh…
Tại Nhà máy MediPhar, Mạnh cũng đóng phong bì tổng số 180 triệu đồng để chia cho đoàn kiểm tra trên.
Ngoài ra, khi hậu kiểm nhà máy và sản phẩm của Công ty MediPhar, Mạnh cũng chi tiền để mọi việc được trót lọt. Ngày 9/11/2022, đoàn kiểm tra hậu kiểm tại Nhà máy MediPhar lập biên bản do phát hiện lỗi nên Mạnh đề xuất chi 200 triệu đồng để được bỏ qua.
Trong các phong bì đóng sẵn, Mạnh đưa Nguyễn Thanh Phong 50 triệu đồng; đưa Nguyễn Hùng Long 30 triệu đồng; đưa Phạm Văn Hinh 10 triệu đồng; đưa các thành viên khác trong đoàn 80 triệu đồng. Do đã nhận phong bì nên đoàn kiểm tra lập biên bản về việc, đã kiểm tra thực tế cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm bảo vệ sức khỏe. Đoàn không lấy mẫu do không có sản phẩm trong kho và không có kiến nghị gì.
Cáo trạng xác định, Nguyễn Năng Mạnh đã chi tổng cộng hơn một tỷ đồng cho đoàn kiểm tra của Cục An toàn thực phẩm. Trong đó, Nguyễn Thanh Phong nhận 330 triệu đồng, Nguyễn Hùng Long nhận 190 triệu đồng, Cao Văn Trung nhận 150 triệu đồng, 17 thành viên trong đoàn kiểm tra chia nhau 345 triệu đồng và phần còn lại là của một số người khác.
Ngoài ra, Mạnh còn bị cáo buộc đã đưa hối lộ 2,3 tỷ đồng cho nhiều cá nhân của Cục An toàn thực phẩm khi gửi hồ sơ cấp giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm. Tổng cộng, Mạnh đã đưa hối lộ tổng số tiền hơn 3,4 tỷ đồng cho các cựu lãnh đạo, cán bộ của Cục An toàn thực phẩm.
Cơ quan tố tụng xác định, quá trình giải quyết vụ án “Đưa hối lộ” và “Nhận hối lộ” xảy ra tại Cục An toàn thực phẩm, Nguyễn Năng Mạnh đã bị khởi tố trong vụ án sản xuất hàng giả là thực phẩm. Vì thế hành vi đưa hối lộ của Nguyễn Năng Mạnh trong vụ án này sẽ được xem xét, xử lý trong vụ án sản xuất hàng giả là thực phẩm mà Mạnh đã bị khởi tố.
Truy tố hai cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm trong vụ án đưa và nhận hối lộ hơn 107 tỷ đồng 
Đề nghị truy tố hai cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm Bộ Y tế 
