Trong bản kết luận trước đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đề nghị truy tố bị can Nguyễn Đức Chung về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Đây là vụ án thứ 4, bị can Nguyễn Đức Chung bị khởi tố.
Trước đó, cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung đã bị tuyên phạt ba bản án với tổng hình phạt 12 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước” và tội “Lợi chụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Trong vụ án nâng giá cây xanh, bị can Vũ Kiên Trung (cựu Chủ tịch HĐQT Công ty TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội), Nguyễn Xuân Hanh (cựu Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội), Nguyễn Tuấn Nghĩa (Giám đốc Công ty TNHH Phát triển vì nhân dân) và 11 bị can khác bị đề nghị truy tố về các tội: “Buôn lậu” , “Vi phạm quy định về quản lý sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí”, “In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước” và “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Cơ quan CSĐT Bộ Công an xác định, bị can Nguyễn Đức Chung khi giữ cương vị Chủ tịch UBND TP Hà Nội đã trực tiếp can thiệp, chỉ đạo xuyên suốt quá trình trồng mới, chăm sóc, cắt tỉa cây xanh trên địa bàn thành phố. Đầu năm 2016, bị can Nguyễn Đức Chung yêu cầu tạm dừng việc đấu thầu tại các quận, huyện của thành phố và thu gọn đầu mối trồng cây xanh về Sở Xây dựng Hà Nội.
Bị can Nguyễn Đức Chung do thân thiết với Bùi Văn Mận (Giám đốc Công ty Sinh Thái Xanh) nên tháng 3/2016, khi Bùi Văn Mận đang trốn nợ tại tỉnh Lâm Đồng, bị can Nguyễn Đức Chung đã gọi điện cho Bùi Văn Mận ra Hà Nội để làm cây xanh. Sau đó, bị can Nguyễn Đức Chung chỉ đạo để Giám đốc Sở Xây dựng Hà Nội và các đơn vị liên quan đặt hàng trực tiếp với công ty của Bùi Văn Mận.
Sau đó, các bị can thuộc Công ty Công viên cây xanh, Công ty Sinh Thái Xanh, Ban Duy tu các công trình kỹ thuật đô thị thuộc Sở Xây dựng Hà Nội, Công ty VVFC và VFS đã thông đồng với nhau để nâng khống giá cây xanh, ban hành chứng thư thẩm định giá bằng với giá đã được nâng khống.
Cơ quan CSĐT Bộ Công an xác định, sai phạm của các bị can đã tạo điều kiện cho Công ty Công viên cây xanh và Công ty Sinh Thái Xanh chiếm đoạt, thu lời bất chính, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 34,7 tỷ đồng.
Theo kết luận điều tra, bị can Nguyễn Đức Chung với tư cách là Chủ tịch UBND TP Hà Nội, là lãnh đạo cao cấp, không những không đảm bảo tính công minh, liêm chính, vì động cơ cá nhân đã lợi dụng chức vụ quyền hạn áp đặt, chỉ đạo cấp dưới thực hiện sai trái các quy định của pháp luật. Việc “ra văn bản một đằng, chỉ đạo miệng một nẻo” của bị can Nguyễn Đức Chung nhằm che dấu hành vi phạm tội của mình.
Xin “giảm nhẹ trách nhiệm hình sự”, bị cáo Nguyễn Đức Chung được giảm 1 năm tù 
Bị cáo Nguyễn Đức Chung được đề nghị chấp nhận một phần kháng cáo 
