Theo đề xuất của Bộ Giao thông Vận tải, dự án đường sắt tốc độ cao Bắc Nam dài 1.545 km, tốc độ thiết kế 350 km/h, khai thác tối đa 320 km/h. Tổng mức đầu tư dự kiến 58,7 tỷ USD, trong đó giai đoạn 1 đến 2032 đầu tư hai đoạn Hà Nội - Vinh, TP Hồ Chí Minh - Nha Trang, giai đoạn 2 đến 2050 xây dựng tiếp đoạn còn lại.
Sau khi thẩm tra, liên danh tư vấn nhấn mạnh đến vấn đề tài chính. Cụ thể, đơn vị này cho rằng phương án Bộ Giao thông Vận tải đề xuất khai thác 91 đôi tàu mỗi ngày đêm thì đến năm 2050 mới đảm nhận được 81 triệu hành khách, không đạt mục tiêu của quy hoạch là 103 triệu. Điều này dẫn đến rủi ro về doanh thu nếu chỉ dựa vào hành khách. Doanh thu tối đa từ hành khách dự kiến 2,92-3,77 tỷ USD mỗi năm, không đảm bảo cân đối doanh thu - chi phí.
Theo đơn vị tư vấn, dự án đường sắt tốc độ trên 300 km/h phụ thuộc hoàn toàn vào công nghệ nước ngoài, dẫn đến hệ lụy trong vận hành khai thác. Phần lớn dự án này trên thế giới phải bù lỗ từ Chính phủ và cần bổ sung nguồn vốn lớn không chỉ cho xây dựng mà còn bù lỗ hàng năm.
Từ những phân tích trên, liên danh tư vấn kiến nghị lựa chọn tàu tốc độ thiết kế 250 km/h, tốc độ khai thác 225 km/h để chạy hỗn hợp tàu khách và tàu hàng trên trục Bắc Nam. Cấp tốc độ này có chi phí vận hành bằng 82%, chi phí tiêu thụ năng lượng bằng 72% so với tàu tốc độ 350 km/h. Phương án tài chính có thể đạt doanh thu hàng năm khoảng 11 tỷ USD, trong đó từ bán vé 4,3 tỷ USD, hàng hóa 6,1 tỷ USD, cho thuê mặt bằng nhà ga 0,5 tỷ USD... trong khi chi phí khoảng 7,5 tỷ USD. Như vậy, dự án tàu tốc độ 250 km/h đảm bảo hiệu quả tài chính, không phải bù lỗ từ Chính phủ.
Với phương án này, liên danh tư vấn tính toán tổng mức đầu tư dự án là 61,67 tỷ USD, trong đó dự kiến huy động từ đấu giá bất động sản tại 50 đô thị nhà ga (theo mô hình TOD phát triển đô thị gắn kết với giao thông công cộng) là 38,9 tỷ USD; vốn đầu tư công 13 tỷ USD và huy động từ tư nhân là 9,08 tỷ USD để đầu tư đoàn tàu và xây dựng 6 nhà ga 10 tầng. Tư nhân khai thác dịch vụ nhượng quyền, trả phí khấu hao hạ tầng đã đầu tư và phí bảo dưỡng hạ tầng….
Ngoài ra, theo phương án liên danh tư vấn đưa ra cũng kiến nghị bỏ vị trí 2 ga không phù hợp do nhu cầu đi lại thấp gồm: ga Bồng Sơn (tỉnh Bình Định), ga Sông Phan (tỉnh Bình Thuận) và bổ sung 3 ga có nhu cầu đi lại cao gồm: ga Ngọc Hồi 2 - ga bổ sung cho quy hoạch sân bay Hà Nội 2, ga Hội An (tỉnh Quảng Nam) và ga Long Thành 2 (tỉnh Đồng Nai). Bên cạnh đó, kiến nghị bổ sung 23 ga cho tàu liên vùng tại các trung tâm đô thị nhỏ để tăng diện phục vụ, thuận lợi cho việc kết nối các khu công nghiệp, khu chế xuất và khu du lịch dọc tuyến…
Theo đại diện Bộ Giao thông Vận tải, trước đây đơn vị tư vấn đã nghiên cứu nhiều phương án đường sắt tốc độ cao Bắc Nam, như thiết kế tốc độ 60-200 km/h, trên 200 km/h và 350 km/h, mỗi kịch bản đều có ưu nhược điểm. Bộ sẽ tiếp tục nghiên cứu các phương án để trình Chính phủ xem xét thời gian tới.
Đầu tư thêm hơn 3.100 tỉ đồng cải tạo, nâng cấp đường sắt Bắc - Nam 
Dự kiến đường sắt cao tốc Bắc – Nam sẽ xuyên qua đèo Cù Mông và đèo Cả 
