Kết quả điều tra xác định, ngoài hệ thống kế toán thuế công khai để nộp ngân sách, ba công ty trên còn lập hệ thống nội bộ, theo dõi thu, chi thực tế; mua bán hóa đơn, làm giảm tiền thuế phải nộp, gây thất thoát Ngân sách Nhà nước hơn 743 tỷ đồng.
Trong vụ án, 6 bị can được xác định phạm tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” gồm: Nguyễn Thị Hòa, giám sát kế toán của ba công ty trên (đang bỏ trốn); Nguyễn Đăng Thuyết (Tổng giám đốc Công ty Thành An Hà Nội), Bùi Thị Mai Hương (Kế toán trưởng Công ty Thiết bị y tế Danh)…
32 bị can khác bị đề nghị truy tố về tội “In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước”.
Kết luận điều tra xác định, từnăm 2017 đến 2022, tại Công ty Thành An Hà Nội, Công ty Thiết bị y tế Danh, Công ty Thiết bị y tế Tràng Thi, các bị can đã lập hai hệ thống sổ sách kế toán trên phần mềm FAST gồm hệ thống sổ kế toán tài chính nội bộ để ghi nhận toàn bộ số liệu thực thu, thực chỉ, kết quả kinh doanh thực tế.
Hệ thống thứ hai là sổ kế toán tài chính thuế để khai man số liệu, lập các báo cáo tài chính, báo cáo thuế với các cơ quan quản lý Nhà nước, tăng chi phí đầu vào, tăng giá vốn hàng bán dẫn tới giảm lợi nhuận, giảm thuế phải nộp.
Việc quản lý hai hệ thống sổ kế toán trên được bị can Nguyễn Đăng Thuyết chỉ đạo các kế toán nhóm Công ty Thành An Hà Nội trực tiếp thực hiện. Trong đó, bị can Đỗ Thị Hoa (Kế toán trưởng Công ty Thành An Hà Nội) thực hiện việc kiểm soát toàn bộ hoạt động thu chi thực tế (được ghi nhận trên phần mềm sổ kế toán nội bộ) và số liệu kê khai thuế (số liệu không đúng) của ba công ty trên.
Bị can Nguyễn Thị Hòa có nhiệm vụ lập kế hoạch dự tính số tiền thuế phải nộp trong năm và đây là số liệu không có thật, được ghi tăng chi phí đầu vào từ việc mua hóa đơn khống để giảm thuế phải nộp.
Bị can Bùi Thị Mai Hương cùng Nguyễn Thị Hòa được bị can Nguyễn Đăng Thuyết giao quản lý chữ ký số (TOKEN) để làm báo cáo thuế và xuất hóa đơn điện tử. Sau khi lập các báo cáo thuế, báo cáo tài chính trình, nhóm lãnh đạo doanh nghiệp sẽ duyệt và cấp dưới tự dùng chữ ký số để gửi cơ quan thuế.
Để hợp thức hành vi phạm tội, các bị can đã mua hóa đơn khống của các công ty và hộ kinh doanh cá thể từ 32 đầu mối rồi cùng hưởng lợi. Theo đó, từ năm 2017 đến năm 2022, đường dây này mua 19.167 hóa đơn khống (mặt hàng là danh mục vật tư y tế) của 110 công ty và hộ kinh doanh với tổng giá trị tiền hàng trước thuế là 3.689 tỷ đồng, thuế VAT là hơn 75 tỷ đồng. Trong đó, chi phí mua hóa đơn là 257 tỷ đồng.
Việc hạch toán đối với 19.167 hóa đơn khống (không có hàng hóa) mua của 110 công ty và hộ kinh doanh được các bị can cập nhật vào phần mềm kế toán thuế (hệ thống sổ kế toán thuế) nhằm tăng chi phí, giảm thuể phải nộp. Còn phần chi phí mua hóa đơn khống và các phần thực thu, thực chi khác được Đỗ Thị Hoa theo dõi trên phần mềm số kế toán nội bộ.
Kết quả kinh doanh của ba công ty trong giai đoạn 2017 - 2022 cho thấy, tổng tài sản và tổng nguồn vốn là hơn 8.542 tỷ đồng; tổng lợi nhuận trước thuế 562tỷ đồng; lợi nhuận sau thuế 448 tỷ đồng; tổng số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp nộp ngân sách là hơn 114 tỷ đồng.
Tuy nhiên, tài liệu trích xuất từ hệ thống phần mềm FAST nội bộ tại ba công ty lại không trùng khớp. Cụ thể, Công ty Thành An Hà Nội, Công ty Thiết bị y tế Danh, Công ty Thiết bị y tế Tràng Thi có tổng tài sản và tổng nguồn vốn là hơn 12.828 tỷ đồng; tổng lợi nhuận trước thuế là 2.655 tỷ đồng; tổng lợi nhuận sau thuế 2.563 tỷ đồng.
Như vậy, giữa sổ sách công khai và nội bộ có sự chênh lệch, cụ thể là tổng tài sản và nguồn vốn tăng 4.286 tăng đồng; lợi nhuận trước thuế tăng 2.092 tỷ đồng.
Quá trình điều tra, giám định viên Cục thuế TP Hà Nội ban hành kết luận thể hiện về thuế giá trị gia tăng, ba công ty trên đã sử dụng 19.167 hóa đơn khống để kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng hàng hóa dịch vụ mua vào dẫn đến làm giảm tiền phải nộp, gây thiệt hại ngân sách Nhà nước hơn 62 tỷ đồng.
Về thuế thu nhập doanh nghiệp,việc ba công ty trên dùng hóa đơn khống, được mua từ các công ty và của các hộ kinh doanh để hạch toán kế toán khi làm báo cáo tài chính, xác định số thuế phải nộp đã làm giảm số tiền thuế hơn 680 tỷ đồng. Do vậy, hành vi của các bị can gây thiệt hại tổng cộng hơn 743 tỷ đồng.
Quá trình điều tra, các bị can đã nộp hơn 93 tỷ đồng để khắc phục hậu quả vụ án. Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã kê biên 18 bất động sản của các bị can, đồng thời phong tỏa một số tài khoản với tổng số dư hơn 2,3 tỷ đồng.
Cán bộ thuế nhận hối lộ gần 13 tỷ đồng để “bảo kê” mua bán hoá đơn trái phép 
Triệt phá đường dây mua bán hóa đơn đỏ trên 11,3 nghìn tỷ đồng 
