Trong vụ án này, bị can Đoàn Văn Huấn (SN 1958, Chủ tịch HĐQT Công ty Thái Dương) bị đề nghị truy tố về ba tội danh: “Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên”, “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” và “Gây ô nhiễm môi trường”.
Nhóm 7 bị can là cựu lãnh đạo, nhân viên Bộ Tài nguyên Môi trường và Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Ngoài cựu Thứ trưởng Nguyễn Linh Ngọc, những bị can khác gồm: Nguyễn Văn Thuấn (cựu Tổng cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản); Hoàng Văn Khoa (cựu Vụ trưởng Vụ Khoáng sản) và Hồ Đức Hợp (cựu Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái)…
Các bị can còn lại bị đề nghị truy tố về các tội danh khác gồm: “Buôn lậu”, “Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có”, “Gây ô nhiễm môi trường”, “Vi phạm quy định kế toán”…
Kết luận điều tra xác định, năm 2013, một số lãnh đạo, cán bộ Bộ Tài nguyên và Môi trường có vi phạm trong việc cấp giấy phép khai thác khoáng sản số cho Công ty Thái Dương.
Theo đó, Công ty Thái Dương được Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp phép thăm dò đất hiếm tại mỏ Yên Phú (Yên Bái) từ năm 2009. Đến tháng 5/2011, Công ty Thái Dương nộp hồ sơ xin khai thác quặng đất hiếm nhưng chưa được thông qua.
Năm 2012, Thủ tướng Chính phủ ra chỉ thị, yêu cầu khai thác khoáng sản nhất thiết phải gắn với chế biến sâu. Công ty Thái Dương phải lập bổ sung Dự án “Đầu tư xây dựng tổ hợp chế biến sâu đất hiếm” (viết tắt là Dự án chế biến sâu) trình các cơ quan có thẩm quyền thẩm định và xin ý kiến Chính phủ.
Sau khi Bộ Công thương thẩm định Dự án chế biến sâu đã báo cáo Thủ tướng kết quả là khả thi. Do vậy, Chính phủ giao Bộ Tài nguyên và Môi trường thẩm định cấp phép cho Công ty Thái Dương.
Tại thời điểm tháng 6/2013, việc cấp phép được thực hiện theo quy định của Luật Khoáng sản năm 2010 nên Dự án Khai thác, chế biến đất hiếm của Công ty Thái Dương đã thay đổi cả về quy mô và tính chất, không chỉ có dự án khai thác, tuyển quặng như khi xin cấp phép năm 2011.
Dự án này phải gồm ba thành phần không thể tách rời là “Khai thác, tuyển quặng”; “Nhà máy thủy luyện Yên Bái” và “Nhà máy chiết tách Hải Phòng”. Tuy nhiên, trong hồ sơ xin cấp phép của Công ty Thái Dương mới có Giấy chứng nhận đầu tư Dự án Khai thác, tuyển quặng do UBND tỉnh Yên Bái cấp năm 2011, hết hạn năm 2012.
Theo kết luận điều tra, vốn chủ sở hữu của Công ty Thái Dương chỉ có 200 tỷ đồng, không đảm bảo tỷ lệ vốn ít nhất bằng 30% tổng số vốn đầu tư của dự án (1.953 tỷ đồng) theo quy định tại Luật Khoáng sản năm 2010.
Nhóm cựu cán cán bộ Tổng cục Địa chất và Khoáng sản được giao nhiệm vụ thẩm định hồ sơ, đứng đầu là bị can Nguyễn Văn Thuấn (khi đó là Tổng cục trưởng) dù biết Công ty Thái Dương không đủ điều kiện nhưng vẫn đề xuất lãnh đạo Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp giấy phép. Bị can Nguyễn Linh Ngọc (khi đó là Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường) ký giấy phép này.
Bị can Nguyễn Linh Ngọc khai đã nghiên cứu tờ trình của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản, biết Công ty Thái Dương chưa đủ điều kiện nhưng vẫn ký giấy phép cho doanh nghiệp.
Bị can Ngọc thừa nhận hành vi của mình là một trong những nguyên nhân dẫn đến việc Công ty Thái Dương khai thác trái phép đất hiếm, gây thất thoát hơn 864 tỷ đồng.
Bị can Nguyễn Văn Thuấn khai, quá trình giúp Công ty Thái Dương xin giấy phép, được Đoàn Văn Huấn đến phòng làm việc, “cảm ơn” 500 triệu đồng. Thuấn đã nộp lại số tiền này cho cơ quan điều tra.
Tại tỉnh Yên Bái, kết quả điều tra cho thấy, sau khi được cấp phép, Công ty Thái Dương không thực hiện đúng các nội dung theo quy định, đặc biệt là không tinh luyện quặng đất hiếm trước khi bán mà tiêu thụ quặng thô.
Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái biết những sai phạm của Công ty Thái Dương nhưng không tổ chức thanh tra, kiểm tra; không có biện pháp xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý để ngăn chặn, chấn chỉnh.
Năm 2021, khi Công ty Thái Dương làm thủ tục xin gia hạn Giấy phép khai thác khoáng sản số, Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái khi đó là Hồ Đức Hợp còn báo cáo không trung thực tới UBND tỉnh Yên Bái, che giấu sai phạm của doanh nghiệp. Do vậy, Công ty Thái Dương tiếp tục khai thác trái phép đất hiếm.
Trong vụ án này, ông Nguyễn Thế Phước (Phó Chủ tịch UBND tỉnh Yên Bái) có lời khai thể hiện, ông là người ký văn bản gửi Bộ Tài nguyên và Môi trường đề nghị gia hạn giấy phép cho Công ty Thái Dương.
Tuy nhiên, việc theo dõi, quản lý hoạt động khai thác khoáng sản của Công ty Thái Dương do Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái trực tiếp thực hiện theo chức năng được phân công nhưng cơ quan này không phản ánh các sai phạm của doanh nghiệp. Ngoài ra, ông Nguyễn Thế Phước không nhận được các kiến nghị hoặc tố giác của nhân dân liên quan đến sai phạm tại mỏ Yên Phú.
Khen thưởng các tập thể, cá nhân triệt phá vụ buôn lậu quặng đất hiếm 
Đề nghị 5 tỉnh điều tra việc mua bán đất hiếm trái phép 
