Trong vụ án này, bị can Lê Dũng (62 tuổi, Giám đốc Công ty cổ phần Thực phẩm công nghệ Sài Gòn - viết tắt Công ty CP TPCN Sài Gòn) bị đề nghị truy tố về ba tội "Buôn lậu", "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Bị can Trần Thị Bích Tuyền bị đề nghị truy tố về ba tội "Buôn lậu", "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản"; "Đưa hối lộ".
10 bị can tham gia giúp sức khác bị đề nghị truy tố về một hoặc hai trong các tội danh " Buôn lậu", "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Đối với bị can Lâm Thị Thủy phạm tội "Làm môi giới hối lộ" hiện đang bỏ trốn, Cơ quan Cảnh sát Điều tra đã ra Quyết định truy nã, khi nào bắt được sẽ xử lý sau.
Các bị can này nằm trong tổ chức tội phạm mang tính chất xuyên quốc gia, bao gồm người trong nước câu kết với pháp nhân nước ngoài thành lập các công ty "ma" tại nước ngoài. Sau đó chúng ký kết các hợp đồng kinh tế giả tạo với mặt hàng giá trị cao, xuất khẩu các mặt hàng có giá trị thấp hoặc lập khống nhằm tạo dựng bộ hồ sơ xuất khẩu hoàn chỉnh để hoàn thuế GTGT. Cụ thể, mặt hàng xuất khẩu của Công ty CP TPCN Sài Gòn ghi trên tờ khai là thuốc lá điếu nhưng trên thực tế hàng hóa xuất khẩu là gạo. Việc lập hồ sơ xuất khẩu giả tạo để xin hoàn thuế GTGT gồm nhiều bị can tham gia, trong đó Lê Dũng là chủ mưu cầm đầu.
Đáng chú ý là trong đường dây này có sự tham gia của 31 cán bộ, công chức hải quan của TP Hồ Chí Minh và tỉnh An Giang. Nguyễn Tiến Lộc, công chức kiểm hóa Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn Khu vực 4 TP Hồ Chí Minh được phân công kiểm hóa 6 tờ khai Hải quan hàng hóa xuất khẩu của Công ty CP TPCN Sài Gòn. Theo chỉ đạo, Lộc phải kiểm hóa từ 5-10%, nhưng thực tế Lộc đã bỏ qua không thực hiện kiểm hóa để nhận tiền của doanh nghiệp. Lê Hà - Công chức Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực IV tiếp nhận hồ sơ ký duyệt 4 tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu cho Công ty TPCN Sài Gòn xuất khẩu thuốc lá. Trong khi đó, công ty TPCN Sài Gòn lại chưa được Bộ Công Thương cấp giấy phép kinh doanh thuốc lá.
Tại An Giang, với tư cách là Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu Khánh Bình, Nguyễn Văn Biên biết rõ công ty TPCN Sài Gòn không có hàng hóa xuất khẩu nhưng vẫn chủ động móc nối với Lâm Thị Thủy (đối tượng ngoài xã hội) để thỏa thuận ký khống tờ khai xuất khẩu mặt hàng thuốc lá cho công ty TPCN Sài Gòn. Lâm Thị Thủy đã đứng ra nhận tiền của Trần Thị Bích Tuyền để chi cho công chức Hải quan cửa khẩu Khánh Bình. Nguyễn Văn Biên đã chỉ đạo Nguyễn Phi Công, Thái Thanh Nguồn - Phó Chi cục Trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu Khánh Bình và các bộ phận nghiệp vụ tiếp nhận và ký thủ tục thông quan khống tờ khai Hải quan xuất khẩu cho Công ty TPCN Sài Gòn.
