Theo đó, Viện KSND tỉnh Khánh Hòa giữ nguyên cáo trạng truy tố 13 bị cáo trong vụ án này về tội danh nêu trên, đồng thời khẳng định, trong quá trình triển khai thực hiện dự án xây dựng cơ sở mới Trường Chính trị Khánh Hòa ở xã Phước Đồng, TP Nha Trang theo hình thức hợp đồng xây dựng - chuyển giao (BT), các bị cáo đã có các hành vi trái pháp luật : không tổ chức đấu thầu chọn nhà đầu tư theo quy định pháp luật mà chỉ định và ký hợp đồng BT với Công ty TNHH Hoàn Cầu Khánh Hòa – sau đó chuyển quyền và nghĩa vụ thực hiện hợp đồng cho Công ty CP Thanh Yến, có trụ sở ở huyện Bến Lức, tỉnh Long An; hoàn vốn cho nhà đầu tư bằng hình thức giao hơn 7.388m2 “đất vàng” tại cơ sở cũ của Trường Chính trị Khánh Hòa nhưng không đấu giá quyền sử dụng đất; giao đất, cho thuê đất không đúng với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất vì khu đất này được quy hoạch đất trụ sở cơ quan, công trình sự nghiệp, nhưng lại giao “đối tác” thực hiện dự án Nha Trang Center 2, trong đó có 4.440m2 đất ở lâu dài và 2.948,9m2 đất sản xuất kinh doanh phi nông nghiệp; tự phê duyệt giá đất ở, đất sản xuất kinh doanh phi nông nghiệp, nên giá trị quyền sử dụng khu “đất vàng” chỉ hơn 121,5 tỉ đồng.
Hành vi của các bị cáo đã gây thất thoát ngân sách nhà nước hơn 62,6 tỉ đồng tại thời điểm tháng 2/2016 và 324,5 tỷ đồng tại thời điểm tháng 10/2020. Ngoài ra, quá trình xử lý tài sản còn lại trên khu “đất vàng”, một số bị cáo là cán bộ lãnh đạo UBND tỉnh Khánh Hòa và các cơ quan có liên quan đã tự ý giảm giá trị tài sản xuống 55% để bán cho nhà đầu tư, gây thiệt hại 11,6 tỉ đồng.
Sau khi phân tích các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ đối với từng bị cáo, đại diện Viện kiểm sát đã đề nghị Hội đồng xét xử TAND tỉnh Khánh Hòa áp dụng hình phạt từ 7-8 năm tù đối với cựu Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa Nguyễn Chiến Thắng; cựu Chủ tịch Lê Đức Vinh và cựu Phó Chủ tịch tỉnh Đào Công Thiên 6-7 năm tù; cựu Phó Giám đốc Sở tài chính Nguyễn Ngọc Tâm 5 - 6 năm tù; cựu Giám đốc Sở Xây dựng Lê Văn Dẽ 4-5 năm tù; cựu Giám đốc Sở TN&MT Võ Tấn Thái, cựu Phó Giám đốc Vũ Xuân Thiềng; cựu Phó Cục trưởng Cục Thuế Trần Sỹ Quân, cựu Phó Giám đốc Sở KH&ĐT Nguyễn Văn Nhựt; cựu Phó Giám đốc Sở Xây dựng Trần Quang Bửu cùng bị đề nghị hình phạt 3-4 năm tù. Cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng dân dụng và công nghiệp Trần Văn Thọ; cựu Phó Chủ tịch UBND TP Nha Trang Lê Huy Toàn; cựu Phó trưởng Phòng Vật giá công sản Sở Tài chính cùng bị đề nghị xử phạt 2- 3 năm tù.
Ngoài ra, về phần dân sự, đại diện Viện KSND tỉnh Khánh Hòa đề nghị 13 bị cáo phải có trách nhiệm liên đới bồi thường phần thiệt hại của vụ án là hơn 62,5 tỷ đồng. Riêng phần giảm giá bán tài sản Trường Chính trị tỉnh Khánh Hòa cũ 55%, gây thất thoát hơn 11,5 tỷ đồng, bị cáo Đào Công Thiên và Nguyễn Ngọc Tâm phải liên đới bồi thường. Tuy nhiên Công ty CP Thanh Yến là doanh nghiệp trực tiếp hưởng lợi từ hành vi phạm tội của các bị cáo, nên phải thu hồi số tiền trên hơn 74 tỷ đồng từ doanh nghiệp này.
Trong quá trình điều tra, truy tố và xét xử vụ án, một số bị cáo đã khắc phục hơn 1,5 tỷ đồng, do đó số tiền Công ty CP Thanh Yến phải nộp là gần 73 tỷ đồng. Về phần giá trị khu “đất vàng” tăng lên tại thời điểm phát hiện hành vi phạm tội vào tháng 10/2020 gần 262 tỷ đồng, đại diện Viện KSND tỉnh Khánh Hòa đề nghị Hội đồng xét xử tuyên buộc Công ty CP Thanh Yến phải trả.
Xét xử 2 cựu Chủ tịch tỉnh Khánh Hòa cùng 11 đồng phạm 
Hai cựu Chủ tịch tỉnh Khánh Hòa cùng 11 đồng phạm gây thất thoát hơn 62 tỷ đồng 
