Trước đó, liên quan đến vụ án này, trong quá trình mở rộng điều tra vụ án Lê Minh Xuân cùng đồng bọn phạm tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, Mua bán hóa đơn và Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu đã khởi tố bị can, lệnh bắt tạm giam đối với Nguyễn Đức Hoàng, Phó Chi cục trưởng Chi cục Thủy sản tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu; Đinh Cao Thượng, Phó Trưởng phòng Quản lý nghề cá và Cơ sở dịch vụ hậu cần nghề cá của Chi cục Thủy sản tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu; Đào Hồng Đức, Giám đốc Trung tâm Đăng kiểm tàu cá Tổng cục Thủy sản thuộc Bộ NN-PTNT; Nguyễn Vũ Hà, Trưởng phòng Trung tâm Đăng kiểm tàu cá Tổng cục Thủy sản và Nguyễn Quốc Công, đăng kiểm viên Trung tâm Đăng kiểm tàu cá Tổng cục Thủy sản về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Quá trình điều tra xác định, vào khoảng cuối năm 2020, các ông Đức, Hà và Công (lãnh đạo, công chức thuộc Trung tâm Đăng kiểm tàu cá Tổng cục Thủy sản) cùng với Hoàng và Thượng (lãnh đạo, công chức Chi cục Thủy sản thuộc Sở NN-PTNT tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu) đã buông lỏng quản lý.
Cụ thể, trong quá trình thực hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về hoạt động giám sát, thi công, kiểm tra, thẩm định, cấp giấy tờ pháp lý và giải quyết hồ sơ ngân sách nhà nước chi hỗ trợ đóng mới tàu cá cho ngư dân theo Nghị định số 17 của Chính phủ đã không thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ đối với tàu cá BV 91098 TS và tàu cá BV 91099 TS của Đặng Thế Hùng và Nguyễn Văn Hùng (các bị can trong vụ án).
Các tàu này còn đang trong giai đoạn thi công, chưa hoàn thiện nhưng các bị can trên vẫn cấp Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật tàu cá, Sổ đăng kiểm tàu cá, Giấy chứng nhận đăng ký tàu cá, Giấy phép khai thác thủy sản… dẫn đến ngân sách nhà nước chi hỗ trợ cho ngư dân theo Nghị định số 17 sai quy định, gây thiệt hại số tiền hơn 15 tỷ đồng.
Ngoài ra, cũng cùng thời điểm và sai phạm tương tự, các bị can trên còn gây thiệt hại gần 20 tỷ đồng ngân sách nhà nước chi hỗ trợ cho 3 tàu cá khác.
Sau khi đánh giá toàn bộ tài liệu, chứng cứ của vụ án, các cơ quan tiến hành tố tụng đã xác định các bị can thực hiện hành vi mang yếu tố lỗi cố ý, có mục đích vụ lợi nên cuối tháng 3/2023, cơ quan điều tra đã thay đổi tội danh đối với các bị can sang tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Qua điều tra mở rộng, cơ quan điều tra xác định ông Trần Văn Cường thời điểm này là Giám đốc Sở NN-PTNT, thiếu trách nhiệm để cán bộ gây hậu quả nghiêm trọng nên tiến hành khởi tố bị can và bắt tạm giam để điều tra về hành vi thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Nhiều sai sót liên quan tới thu chi tài chính của 3 đơn vị tỉnh Bà Rịa Vũng Tàu 
Bắt tạm giam 2 cán bộ Chi cục Thủy sản tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu 
Bà Rịa-Vũng Tàu chỉ đạo xem xét vụ thông thầu, nâng giá vật tư phòng, chống dịch 
