Theo đại diện Viện kiểm sát, quá trình giải quyết vụ án, các bị cáo đều nhận tội, đồng thời khẳng định, không bị bức cung, nhục hình. Các bị cáo thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội từ khi cơ quan thanh tra, kiểm tra vào cuộc xác minh hành vi tham ô tài sản theo đơn tố giác.
Đại diện Viện kiểm sát khẳng định, năm 2019, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển phân bổ 150 tỷ đồng ngân sách Nhà nước cho Cục kỹ thuật để mua sắm vật tư, thiết bị. Trung tướng Nguyễn Văn Sơn, khi đó là Tư lệnh Cảnh sát biển đã yêu cầu Đại tá Nguyễn Văn Hưng, khi đó là Cục trưởng Cục kỹ thuật “phải rút ra 50 tỷ đồng để chuyển lại cho Bộ Tư lệnh sử dụng”.
Bị cáo Nguyễn Văn Sơn cùng các bị cáo trong Thường vụ Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển sau đó tạo điều kiện cho Cục kỹ thuật bằng cách chỉ đạo phân bổ thêm 29 tỷ đồng, khiến ngân sách củaBộ Tư lệnh Cảnh sát biển tăng từ 150 tỷ đồng lên 179 tỷ đồng.
Tháng 4/2019, tại phòng ăn của Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, bị cáo Nguyễn Văn Sơn, bị cáo Hoàng Văn Đồng cùng ba bị cáo Doãn Bảo Quyết, Phạm Kim Hậu, Bùi Trung Dũng nói về việc “rút” 50 tỷ đồng ngân sách Nhà nước phân bổ cho Cục kỹ thuật. Tất cả đều đồng ý nên sau đó bị cáo Nguyễn Văn Sơn đã chỉ đạo bị cáo Nguyễn Văn Hưng thực hiện.
Thực hiện chỉ đạo của bị cáo Nguyễn Văn Sơn, bị cáo Nguyễn Văn Hưng yêu cầu mỗi trưởng phòng dưới quyền mình được giao chỉ tiêu phải rút tiền ngân sách Nhà nước từ 50 triệu đồng đến 25 tỷ đồng để đủ 50 tỷ đồng đưa cho bị cáo Nguyễn Văn Sơn.
Những trưởng phòng dưới quyền bị cáo Nguyễn Văn Hưng đã phân chia nguồn ngân sách Nhà nước thành 29 gói thầu, trong đó có 9 gói giá trị dưới 10 tỷ đồng để Tư lệnh Cảnh sát biển phê duyệt, không phải báo cáo Bộ Quốc phòng.
Đồng thời, họ đặt vấn đề với các nhà thầu để nâng giá, nhằm “hỗ trợ đơn vị có nguồn quỹ vốn sử dụng vào mục đích phúc lợi”. Từ đó, đã có 24 hợp đồng được Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển ký với 16 doanh nghiệp, giúp Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển “rút ruột” ngân sách Nhà nước 50 tỷ đồng.
Số tiền 50 tỷ đồng, bị cáo Nguyễn Văn Sơn chia cho mình 10 tỷ đồng và 4 bị cáo khác là Thủ trưởng Cảnh sát biển- mỗi bị cáo 10 tỷ đồng gồm: Hoàng Văn Đồng (cựu Trung tướng, Chính ủy), Doãn Bảo Quyết (cựu Thiếu tướng, cựu Phó Chính ủy), Phạm Kim Hậu (cựu Thiếu tướng, cựu Phó Tư lệnh, cựu Tham mưu trưởng) và Bùi Trung Dũng (cựu Thiếu tướng, cựu Phó Tư lệnh).
Tháng 6/2020, bị cáo Phạm Kim Hậu tự tố giác hành vi tham nhũng của mình và các Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển. Cơ quan thanh tra, kiểm tra vào cuộc thì tất cả nộp lại đủ 50 tỷ đồng đã tham ô từ ngân sách Nhà nước. Vụ án sau đó được khởi tố.
Đại diện Viện kiểm sát nhấn mạnh, đây là vụ án tham ô tài sản có tính chất đặc biệt nghiêm trọng. Các bị cáo đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn để cùng tham ô số tiền 50 tỷ đồng từ nguồn ngân sách Nhà nước chi cho quốc phòng. Nguyên nhân trực tiếp dẫn đến hành vi phạm tội là do các bị cáo chấp hành kỷ luật, pháp luật không nghiêm, lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao trong quá trình phân bổ, sử dụng nguồn ngân sách phân cấp cho đơn vị để chiếm đoạt tiền nhằm vụ lợi cá nhân. Ngoài ra, công tác kiểm tra, giám sát của các cơ quan chức năng còn nhiều thiếu sót, là điều kiện làm phát sinh tội phạm và vi phạm kỷ luật.
“Hành vi phạm tội của các bị cáo là rất nguy hiểm khi rút tiền ngân sách quốc phòng để chi tiêu cá nhân. Các bị cáo vì lợi ích vật chất mà đánh mất mình, chiếm đoạt tiền của Nhà nước đầu tư cho Cảnh sát biển”, đại diện Viện kiểm sát khẳng định và nêu quan điểm, hành vi đó "cần phải xử lý nghiêm trước pháp luật".
Cá thể hóa hành vi phạm tội của từng bị cáo, đại diện Viện kiểm sát nêu rõ, bị cáo Nguyễn Văn Sơn là người khởi xướng, cầm đầu trong vụ án; các bị cáo khác đồng ý hoặc giúp sức cho bị cáo Nguyễn Văn Sơn trong việc rút tiền ngân sách Nhà nước chia cho 5 Thủ trưởng Cảnh sát biển. Do vậy, hành vi của các bị cáo đã phạm vào tội “Tham ô tài sản”.
Về hình phạt, đại diện Viện kiểm sát viên đề nghị Hội đồng xét xử sơ thẩm Tòa án Quân sự Thủ đô tuyên phạt bị cáo Nguyễn Văn Sơn từ 16 năm đến 16 năm 6 tháng tù; bị cáo Hoàng Văn Đồng từ 15 năm 6 tháng tù đến 16 năm tù. Các bị cáo Doãn Bảo Quyết, Phạm Kim Hậu, Bùi Trung Dũng cùng bị đề nghị mức án từ 15 năm đến 15 năm 6 tháng tù.
Bị cáo Nguyễn Văn Hưng bị đề nghị từ 10 năm đến 10 năm 6 tháng tù; bị cáo Bùi Văn Hòe (cựu Thượng tá, cựu Phó trưởng Phòng tài chính Cảnh sát biển) bị đề nghị từ 12 năm đến 12 năm 6 tháng tù.
Tại phiên tòa, đại diện cho bị hại (Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển) trình bày, các bị cáo phạm tội lần đầu, thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, kịp thời khắc phục toàn bộ thiệt hại trước khi vụ án được khởi tố. Trong quá trình công tác, các bị cáo đều có nhiều đóng góp, cống hiến xây dựng lực lượng Cảnh sát biển… nên đề nghị giảm nhẹ hình phạt cho tất cả.
Do hậu quả của vụ án là số tiền 50 tỷ đồng đã được các bị cáo khắc phục toàn bộ trước khi khởi tố vụ án nên đại diện Viện kiểm sát không có ý kiến.
Sau khi đại diện Viện kiểm sát luận tội và đề nghị mức án đối với các bị cáo, phiên tòa tiếp tục với phần tranh luận.
Người tố cáo cựu Tư lệnh Cảnh sát biển khai gì trước tòa? 
Xét xử 5 cựu tướng lĩnh Cảnh sát biển trong vụ án tham ô 50 tỷ đồng 
