Liên quan đến vụ án này, bị can Nguyễn Tuấn Quỳnh (cựu Chủ tịch HĐTV Công ty Long Hưng) bị đề nghị truy tố về tội “Đưa hối lộ”. Bị can Trần Trác Việt Đức (Giám đốc Công ty Bách Khoa Việt) và bị can Đỗ Thị Tuyết Nga (Kế toán trưởng Công ty Bách Khoa Việt) cùng bị đề nghị truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí”.
Theo kết luận điều tra, quá trình kiểm tra thực tế trước khi cấp giấy xác nhận đủ điều kiện làm thương nhân phân phối xăng dầu cho Công ty Bách Khoa Việt, bị can Nguyễn Lộc An đã nhận của bà Trần Thị Loan Phương (nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty Bách Khoa Việt) số tiền 200 triệu đồng để hỗ trợ, giúp Công ty Bách Khoa Việt được cấp giấy phép sớm.
Trước khi tiếp nhận hồ sơ, thực hiện quy trình kiểm tra, cấp giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu cho Công ty Bách Khoa Việt, bị can An đã nhận 9 tỷ đồng của bà Trần Thị Loan Phương để hướng dẫn doanh nghiệp hợp thức hồ sơ cấp phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu và không kiểm tra đầy đủ năng lực thực tế.
Ngoài ra, bị can An còn đề nghị cựu Thứ trưởng Bộ Công thương Đỗ Thắng Hải ký giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu cho Công ty Bách Khoa Việt trái quy định. Ngoài sai phạm nêu trêm, bị can An còn nhận 5 tỷ đồng từ bị can Nguyễn Tuấn Quỳnh (cựu Chủ tịch Công ty HĐQT Công ty Long Hưng).
Theo đó, khi thực hiện quy trình kiểm tra, cấp giấy phép kinh doanh xuất nhập khẩu xăng dầu cho Công ty Long Hưng, bị can An đã tạo điều kiện trong quá trình kiểm tra, không kiểm tra đầy đủ năng lực thực tế, sắp xếp lịch trình kiểm tra, ký biên bản kiểm tra và báo cáo, đề nghị cựu Thứ trưởng Đỗ Thắng Hải ký giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu trái quy định.
Sau đó, bị can An đề nghị Nguyễn Tuấn Quỳnh phải cho mình 10 tỷ đồng (trả lại 5 tỷ đồng) để đảm bảo điều kiện kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu của Công ty Long Hưng. Cơ quan điều tra kết luận, bị can An đã nhận hối lộ với tổng số tiền 14,2 tỷ đồng. Trong đó, An nhận của bà Trần Thị Loan Phương 9,2 tỷ đồng và nhận của Nguyễn Tuấn Quỳnh 5 tỷ đồng.
Đối với bị can Nguyễn Tuấn Quỳnh, cơ quan điều tra kết luận, bị can Quỳnh đã có hành vi đưa hối lộ 5 tỷ đồng cho bị can An do được An giúp đỡ trong quá trình kiểm tra điều kiện cấp giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu không đúng quy định cho Công ty Long Hưng.
Ngoài ra, nhằm đảm bảo để được bị can An tạo điều kiện thuận lợi trong kinh doanh của Công ty Long Hưng trong thời gian tiếp theo, bị can Quỳnh đã chi cho An số tiền 5 tỷ đồng theo yêu cầu của cựu bị can An.
Theo kết luận điều tra, đến nay, gia đình bị can An đã nộp 8,13 tỷ đồng. Ngoài ra, bị can An có nhiều thành tích trong công tác, được tặng nhiều bằng khen, giấy khen. Bị can Quỳnh đang bệnh nặng. Do đó, cơ quan điều tra đề nghị cơ quan truy tố, xét xử xem xét khi lượng hình.
Đối với bà Trần Thị Loan Phương (nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty Bách Khoa Việt), cơ quan điều tra kết luận, bà Phương đã chi cho bị can An 200 triệu đồng để được hỗ trợ giúp Công ty Bách Khoa Việt được cấp giấy phép.
Trước khi nộp hồ sơ đề nghị Bộ Công thương thực hiện quy trình kiểm tra, cấp giấy phép kinh doanh xuất nhập khẩu xăng dầu, theo gợi ý của An, bà Phương đã chi cho An 9 tỷ đồng để được hướng dẫn hợp thức hồ sơ và không kiểm tra đầy đủ năng lực thực tế…
Theo cơ quan điều tra, hành vi của bà Phương phạm vào tội “Đưa hối lộ”. Tuy nhiên, bà Phương đã nhận thức được sai phạm, chủ động làm đơn tố giác hành vi phạm tội của An. Và từ nội dung đơn tố giác đó, cơ quan điều tra đã đấu tranh để vợ của bị can An tự nguyện cung cấp sao kê tài khoản ngân hàng, giúp cho việc khởi tố, điều tra vụ án.
Vì vậy, căn cứ quy định tại khoản 7, Điều 364 -BLHS và áp dụng Nghị quyết 03 ngày 30/12/2020 của Hội đồng thẩm phán TAND tối cao, cơ quan tố tụng đã miễn trách nhiệm hình sự đối với bà Phương, nhưng cần tịch thu toàn bộ số tiền 9,2 tỷ đồng đưa hối lộ sung công quỹ Nhà nước.
Trước vụ án này, tại vụ án “Xuyên Việt Oil”, An đã bị tuyên phạt 4 năm tù về tội “Nhận hối lộ”. Ở vụ án này, An bị xác định nhận 400 triệu đồng cùng chiếc đồng hồ Patek Philippe trị giá hơn 500 triệu đồng của “bà trùm”xăng dầu Xuyên Việt Oil Mai Thị Hồng Hạnh.
Phó Vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước “quên” số lần nhận tiền, quà 
Nguyên Phó Vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước, Bộ Công thương nhận hối lộ 1 đồng hồ Patek Philippe 
