Nguyễn Văn Hưng và nhóm bị cáo nguyên là cán bộ thanh tra bị xét hỏi trong phiên tòa ngày 8/3. Theo cáo trạng, bị can Nguyễn Văn Hưng, là người ra quyết định thanh tra, có trách nhiệm chỉ đạo, giám sát nội dung hoạt động thanh tra của Đoàn thanh tra tại Ngân hàng SCB; tiếp nhận các báo cáo từ Đoàn thanh tra và báo cáo lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước (NHNN) để báo cáo Thủ tướng Chính phủ về kết quả thanh tra.
Sau khi thanh tra, Đoàn thanh tra nhận thấy SCB có nhiều sai phạm nên đề xuất đủ điều kiện đưa SCB vào kiểm soát đặc biệt. Tuy nhiên, khi trình lên, Nguyễn Văn Hưng đã chỉ đạo bỏ nội dung này ra khỏi báo cáo Ngân hàng Nhà nước để báo cáo Chính phủ. Đồng thời, các nội dung báo cáo thể hiện không trung thực, không đầy đủ, giảm nhẹ, “làm mờ” đi sai phạm, vi phạm của SCB tại các dự án, phương án tái cơ cấu, sai phạm cho vay với các khách hàng tại địa chỉ số 4 Nguyễn Thị Minh Khai so với báo cáo kết quả thanh tra của Đoàn Thanh tra; báo cáo không trung thực, không đúng về việc phân loại nợ xấu…
Tại cuộc họp ngày 12/3/2018, Chính phủ chỉ đạo tiếp tục thanh tra, kiểm tra làm rõ các vi phạm của SCB; đồng thời kiểm tra việc thực hiện các quy định của pháp luật trong hoạt động cấp tín dụng của SCB đối với các doanh nghiệp liên quan đến Tập đoàn Vạn Thịnh Phát…
Ngày 10/4/2018, Nguyễn Văn Hưng ký Quyết định số 85 về việc gia hạn thanh tra tại SCB thêm 15 ngày làm việc. Lần thứ hai, Nguyễn Văn Hưng ký văn bản gửi CIC (Trung tâm thông tin tín dụng Quốc gia trực thuộc NHNN) đề nghị cung cấp dư nợ của khách hàng mới phát sinh tại SCB trên 300 tỉ đồng từ ngày 30/6/2017 đến ngày 30/4/2018. CIC đã cung cấp danh sách 109 khách hàng mới, trong đó có 11/71 khách hàng có địa chỉ tại số 4 Nguyễn Thị Minh Khai (dư nợ phát sinh là hơn 9.538 tỉ đồng). Tuy nhiên ông Hưng, bà Nhàn không đưa vào báo cáo kết quả thanh tra gửi lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước và báo cáo Chính phủ.
Tại báo cáo này, Nguyễn Văn Hưng đã chỉ đạo Đỗ Thị Nhàn (cựu Cục trưởng Thanh tra, giám sát NHNN) biên tập, cố tình che giấu, báo cáo lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước không trung thực về thực trạng tài chính của SCB tại thời điểm ngày 30/6/2017; bỏ ngoài một số nội dung của Tổ Thanh tra số 3; giảm tỉ lệ nợ xấu từ 20,92% tại ngày 30/6/2017 xuống còn 6,82% tại ngày 30/4/2018.
Sau cuộc họp Chính phủ ngày 28/6/2018, Nguyễn Văn Hưng chỉ đạo bỏ ngoài nội dung phải phân loại nợ Nhóm 4 và 5, thoái lãi dự thu (tổng số hơn 25.000 tỉ đồng) tại Chi nhánh Cống Quỳnh; không kiến nghị Cơ quan điều tra xử lý đối với sai phạm của 71 khách hàng có cùng địa chỉ số 4 Nguyễn Thị Minh Khai. Do đó, Ngân hàng Nhà nước, Chính phủ không có đủ thông tin, tài liệu để chỉ đạo xử lý sai phạm của SCB, ngăn chặn hành vi phạm tội của Trương Mỹ Lan và đồng phạm. Giúp SCB “làm đẹp” hồ sơ qua thanh tra, Nguyễn Văn Hưng được nhận 390.000USD từ lãnh đạo SCB là Đinh Văn Thành - cựu Chủ tịch HĐQT và Võ Tấn Hoàng Văn - cựu Tổng Giám đốc.
Trước tòa, bị cáo Nguyễn Văn Hưng thừa nhận điểm mấu chốt của thanh tra đợt 1 là phân loại các khoản nợ không đúng quy định (thực tế rơi vào nợ nhóm 3-5 nhưng lại cho về nợ nhóm 1). Đến thanh tra đợt 2 (nội dung chủ yếu là 71 khách hàng tại số 4 Nguyễn Thị Minh Khai) để làm việc về tiền vay thực tế của các khách hàng có địa này, thời điểm đó chỉ thanh tra 20/71 khách hàng. Bị cáo Hưng là người ký kế hoạch điều chỉnh để thu hẹp phạm vi thanh tra. Giải thích về điều này, Hưng nói do Đỗ Thị Nhàn đề xuất vì thời gian không còn nhiều…
Nguyễn Văn Hưng thừa nhận đã nhận 390.000 USD từ lãnh đạo ngân hàng SCB, nhưng không nhớ vì đưa nhiều lần. Tại tòa, Hưng đã khóc khi nói về các thành viên trong Đoàn thanh tra: “Các thành viên trong đoàn thanh tra đã công tác trong ngành rất lâu năm, trước đó chưa bao giờ mắc khuyết điểm. Đây là những cán bộ rất tốt, kính mong HĐXX xem xét giảm nhẹ hình phạt cho các bị cáo".
Ngày thứ 4 xét xử "đại án" Vạn Thịnh Phát: Tiếp tục làm rõ thủ đoạn rút tiền của Trương Mỹ Lan 
