Theo bản án sơ thẩm, năm học 2013 - 2014, hai bị cáo Bình và Nguyệt thu tiền học thêm của 24 lớp các khối 7,8,9 với tổng số tiền hơn 1 tỷ đồng. Năm 2013, UBND TP Hà Nội có Quyết định 22/2013 quy định “Mức thu tiền học thêm do thỏa thuận bằng văn bản giữa cha mẹ học sinh với nhà trường đảm bảo phù hợp với điều kiện thực tế ở địa phương”.
Mức thu này được tính theo tiết học và tùy theo sĩ số lớp, càng đông mức càng giảm. Theo quy định, dưới 10 học sinh một lớp thì các trường được thu mỗi em 26.000 đồng/tiết; từ 10 đến 20 học sinh một lớp thì các trường thu mỗi em 13.000 đồng/tiết; từ 20 đến 30 học sinh một lớp thì các trường thu mỗi em 9.000 đồng/tiết; từ 30 đến 40 học sinh một lớp thì các trường thu mỗi em 7.000 đồng/tiết và trên 40 học sinh một lớp thì các trường thu mỗi em 6.000 đồng/tiết.
Dù UBND TP Hà Nội đã quy định như vậy, nhưng bị cáo Nguyễn Thị Bình vẫn chỉ đạo bị cáo Phạm Thị Minh Nguyệt và giáo viên chủ nhiệm các khối lớp 7,8,9 thu tiền dạy thêm, học thêm theo một mức chung là 15.000đồng/tiết/học sinh, cao hơn quy định của UBND TP Hà Nội.
Từ tháng 12/2013 đến tháng 5/2014, Trường THCS Ba Đình đã thu của 24 lớp khối 7, 8, 9 số tiền hơn 2,1 tỷ đồng, trong đó số tiền đã thu trái quy định hơn 1 tỷ đồng - đây là khoản tiền thiệt hại cho các phụ huynh.
Tất cả số tiền thu được từ dạy thêm, nhà trường chi cho các giáo viên 70%. Còn lại 30% được để trong quỹ theo hai bộ chứng từ, một bộ để báo cáo UBND quận Ba Đình và một bộ để chi cho nhà trường.
Quá trình điều tra và xét xử, bị cáo Bình khai, mức thu 15.000 đồng/tiết học đã được bàn trong Hội đồng sư phạm nhà trường. Nhà trường cũng chia các học sinh thành hai nhóm lớp học thêm theo trình độ của các em, có biên bản thỏa thuận của phụ huynh.
Bị cáo Nguyệt khai, việc tách hai nhóm lớp học thêm do bị cáo Bình chỉ đạo. Vì khi tách ra sẽ khiến sĩ số của lớp giảm đi và từ đó thu được nhiều tiền hơn vì thực tế, nếu để nguyên một lớp với sĩ số từ 30 đến 40 học sinh chỉ được thu 7.000 đồng/tiết.
Tất cả phụ huynh đều không có ý kiến gì về mức 15.000 đồng/tiết học, không yêu cầu đền bù thiệt hại hay xử lý về việc nhà trường thu tiền cao hơn quy định của UBND TP Hà Nội. Cơ quan điều tra đã đề nghị cơ quan báo chí đăng ba số báo liên tiếp tìm các phụ huynh của Trường THCS Ba Đình giai đoạn 2013 - 2014 nhưng không ai đến làm việc.
Hội đồng xét xử xác định, việc thu mức tiền học thêm 15.000đ/tiết học dẫn đến việc thu vượt quá (số tiền thu cao hơn quy định) hơn 1 tỷ đồng. Số tiền vượt quá trên kể từ khi học sinh học thêm nộp cho giáo viên chủ nhiệm thuộc về Trường THCS Ba Đình, vì bị cáo Bình với tư cách người tổ chức dạy thêm, học thêm tại Trường THCS Ba Đình và thông báo mức thu với giáo viên chủ nhiệm thu trực tiếp từ học sinh.
Việc chi trả cho các giáo viên dạy thêm, cũng như chi phí cho việc quản lý cũng như cơ sở vật chất số tiền vượt quá làm thiệt hại đến quyền lợi của Trường THCS Ba Đình.
Theo Hội đồng xét xử, việc bị cáo Bình có hành vi sai phạm về tổ chức dạy thêm, học thêm là do nhận thức về các văn bản quy định của các cơ quan thẩm quyền chưa đầy đủ, số tiền bị cáo thu vượt quá 70% chi trả cho các giáo viên dạy thêm. “Bị cáo Bình từ mục đích muốn cải thiện thu nhập cho giáo viên chính đáng, thay đổi linh hoạt khi thực hiện các văn bản quy định về dạy thêm, học thêm để thuận lợi cho việc dạy thêm, học thêm nhằm nâng cao năng lực cho học sinh đã dẫn đến vi phạm pháp luật hình sư”, chủ tọa phiên tòa nhấn mạnh.
Cũng theo Hội đồng xét xử, hành vi phạm tội của các bị cáo xảy ra quá lâu và tính nguy hiểm không cao với xã hội. Số tiền chi trả, cá nhân bị cáo nhận được nhỏ nhiều lần với số tiền thu vượt quá quy định. Do đó, Hội đồng xét xử nhận thấy, cần có đánh giá toàn diện, thiết thực đối với hành vi phạm tội của các bị cáo.
Trước, trong và sau phiên tòa, Hội đồng xét xử đã nhận được rất nhiều ý kiến phản hồi về sự tận tâm, nhiệt huyết của bị cáo Bình đã làm với các thế hệ học trò của Trường THCS Ba Đình. Vì thế, Hội đồng xét xử cần xem xét sự ảnh hưởng tích cực của bị cáo Bình đến các thế hệ học sinh trong thời gian công tác.
Trước đó, khi lời nói sau cùng, bị cáo Bình trình bày, cáo trạng truy tố đối với mình là không đúng. Bị cáo Bình cho rằng, mình không phạm tội và đề nghị Hội đồng xét xử tuyên bị cáo vô tội.
Nói lời sau cùng, bị cáo Nguyệt trình bày, nguyên nhân phạm tội là do bi cáo chưa nhận thức đầy đủ hành vi của mình là vi phạm pháp luật, cũng như chưa hiểu rõ các quy định về dạy thêm, học thêm. Vì vậy, bị cáo Nguyệt đề nghị Hội đồng xét xử xem xét, giảm nhẹ hình phạt.
Xét xử cựu Hiệu trưởng và cựu Kế toán trưởng Trường THCS Ba Đình 
