Đại diện Viện kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Bình từ 4 - 5 năm tù và bị cáo Phạm Thị Minh Nguyệt từ 36 tháng tù, nhưng cho hưởng án treo về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Về dân sự, đại diện Viện kiểm sát nêu quan điểm, do phụ huynh học sinh chưa có yêu cầu gì nên Viện kiểm sát không có ý kiến. Nếu sau này phụ huynh học sinh có yêu cầu thì sẽ giải quyết trong một vụ án dân sự khác.
Trong quá trình xét hỏi, bị cáo Bình phản bác toàn bộ nội dung cáo trạng buộc tội, khẳng định bị oan. Bị cáo Bình cho rằng, Quyết định số 22/2013 của UBND TP Hà Nội quy định thu tiền học thêm tại một địa phương, trong khi Thông tư số 17/2012/TT của Bộ Giáo dục và Đào tạo là quy định mức thu chung cho các trường trên toàn quốc. Do đó, bị cáo Bình cho rằng, Trường THCS Ba Đình thu tiền dạy thêm là tuân thủ quy định của Thông tư số 17.
Bị cáo Bình cho rằng, mình không tự ý quyết định thu tiền của học sinh mà cả Ban Giám hiệu, thầy, cô giáo và phụ huynh đã họp thống nhất. Trên cơ sở đề xuất mức tiền 15.000 đồng của phụ huynh thì nhà trường mới thu.
Theo bị cáo Bình, mức thu chung 15.000 đồng là có sự bù trừ vì nhiều học sinh học lực trung bình, nếu căn cứ theo Quyết định số 22/2013 của UBND TP Hà Nội thì phải thu hơn, trong khi nhà trường chỉ thu về mức trung bình sẽ bớt gánh nặng cho các em.
Giải thích về lý do vì sao cho giáo viên chủ động thu tiền học thêm của học sinh, bị cáo Bình cho rằng, là để thuận tiện cho giáo viên và phụ huynh và hình thức thu như vậy đã có từ các năm trước khi bị cáo về công tác.
Tại tòa, bị cáo Nguyệt khai, theo cuộc họp của Hội đồng giáo dục nhà trường, học sinh học thêm chia làm hai nhóm. Việc bị cáo làm hai hệ thống sổ sách do chỉ đạo của bị cáo Bình.
Một số giáo viên Trường THCS Ba Đình được triệu tập đến phiên tòa khi trình bày lời khai đều xác nhận, việc học thêm, dạy thêm đều có biên bản, có sự thỏa thuận với phụ huynh và học sinh.
Trước ý kiến của hai bị cáo và một số giáo viên nhà trường trình bày tại phiên tòa, đại diện Viện kiểm sát cho rằng, dù có những quy định trên nhưng bị cáo Bình vẫn chỉ đạo bị cáo Nguyệt và các giáo viên chủ nhiệm các khối lớp 7, 8, 9 thu tiền dạy thêm, học thêm theo một mức chung là 15.000 đồng/tiết/học sinh là cao hơn quy định.
Từ tháng 12/2013 đến tháng 5/2014, Trường THCS Ba Đình đã thu của 24 lớp khối 7, 8, 9 số tiền hơn 2,1 tỷ đồng, trong đó số cao hơn quy định là hơn 1 tỷ đồng, gây thiệt hại cho các phụ huynh. Viện Kiểm sát đánh giá, vụ án là nghiêm trọng, hành vi của các bị cáo xâm phạm đến quyền lợi của Nhà nước, quyền và lợi ích của tổ chức, cá nhân.
Xét hành vi từng bị cáo, Viện kiểm sát nhận thấy, bị cáo Bình đã lợi dụng chính sách của Nhà nước trong việc học thêm, dạy thêm để thực hiện hành vi trái pháp luật, thu thêm tiền của phụ huynh học sinh.
Tuy nhiên, Viện kiểm sát cũng công nhận tình tiết: “Tại tòa, bị cáo Bình khai, việc đóng học phí này có sự thỏa thuận linh hoạt giữa phụ huynh và nhà trường. Việc chia lớp nhằm đảm bảo lợi ích cho học sinh. Sự việc xảy ra đã lâu, bị cáo cũng có công đóng góp với nhà trường”.
Đối với bị cáo Nguyệt, Viện kiểm sát đánh giá, bị cáo giúp sức tích cực cho bị cáo Bình lập hai sổ sách chứng từ, nhằm che giấu lớp học, số tiền đã thu. Do đó, cáo trạng truy tố bị cáo Bình và bị cáo Nguyệt là đúng người, đúng tội, đúng căn cứ pháp luật.
“Quá trình điều tra và xét xử, bị cáo Bình không thành khẩn khai báo nên cần áp dụng hình thức xử phạt nghiêm khắc; bị cáo Nguyệt tích cực khai báo, thừa nhận hành vi phạm tội, đề nghị Hội đồng xét xử xem xét áp dụng tình tiết giảm nhẹ hình phạt”, đại diện Viện kiểm sát kết luận.
Chấn chỉnh tình trạng dạy thêm, học thêm sai quy định 
Hà Nội siết chặt quản lý dạy thêm, học thêm 
