Theo cáo trạng, bị cáo Trương Mỹ Lan đã trực tiếp gặp gỡ bàn bạc, trao đổi với Đỗ Thị Nhàn và chỉ đạo Võ Tấn Hoàng Văn, Tổng giám đốc SCB trực tiếp đưa cho Đỗ Thị Nhàn 5,2 triệu USD và đưa tiền, quà bồi dưỡng các thành viên trong đoàn thanh tra. Trên cơ sở đó, Đỗ Thị Nhàn chỉ đạo thành viên trong đoàn báo cáo không trung thực, không đầy đủ các sai phạm của SCB; cố tình che giấu, làm nhẹ sai phạm của SCB và kiến nghị đề xuất tạo điều kiện cho SCB được tái cơ cấu.
Thanh tra đợt 1: Đỗ Thị Nhàn trực tiếp chỉ đạo cấp dưới là Nguyễn Thị Phụng, Phó Trưởng đoàn và Tổ tổng hợp (Nguyễn Tuấn Anh, Vũ Khánh Linh) bỏ ngoài số liệu phân loại nợ xấu 37.953,284 tỷ đồng; trích lập dự phòng rủi ro (DPRR) là 18.796,466 tỷ đồng và thoái dự thu 3.093,119 tỷ đồng đối với 3 dự án (Mũi Đèn Đỏ, 6A và Royal Garden) tại Chi nhánh Cống Quỳnh; thoái lãi dự thu khỏi thu nhập là 3.135,823 tỷ đồng các khoản bán cổ phiếu trả chậm, làm thay đổi toàn bộ các chỉ tiêu tài chính của ngân hàng SCB (nợ xấu, âm vốn chủ sở hữu, lỗ lũy kế, hệ số an toàn...) theo hướng có lợi cho ngân hàng SCB để hợp thức, đưa vào báo cáo đoàn thanh tra, dự thảo kết luận thanh tra và các báo cáo Chính phủ.
Đồng thời, Đỗ Thị Nhàn đã chỉ đạo Nguyễn Thị Phụng, Nguyễn Tuấn Anh, Vũ Khánh Linh xây dựng báo cáo lãnh đạo NHNN và Chính phủ tại các cuộc họp, nội dung không trung thực, không đúng về sai phạm, vi phạm của Ngân hàng SCB và kiến nghị tạo điều kiện cho SCB tiếp tục được tái cơ cấu.
Thanh tra đợt 2: Đỗ Thị Nhàn là người chủ động đề xuất Nguyễn Văn Hưng thay đổi kế hoạch thanh tra nhằm thu hẹp phạm vi, thời kỳ thanh tra đối với 71 khách hàng có địa chỉ số 4 Nguyễn Thị Minh Khai để không phải thanh tra các khoản vay của nhóm 71 khách hàng phát sinh sau ngày 30/6/2017 còn dư nợ đến 31/3/2018, không thanh tra đối với 13 khách hàng mới có cùng địa chỉ tại số 4 Nguyễn Thị Minh Khai phát sinh dư nợ sau ngày 30/6/2017. Từ đó, không chuyển cho cơ quan chức năng xử lý, ưu tiên thực hiện các biện pháp kinh tế để Trương Mỹ Lan, Võ Tấn Hoàng Văn chỉ đạo cấp dưới tại Tập đoàn Vạn Thịnh Phát và SCB thực hiện việc cho vay mới mục đích tất toán các khoản vay phát sinh trước 30/6/2017 đối với nhóm 71 khách hàng có địa chỉ số 4 Nguyễn Thị Minh Khai, tổng cộng 88.150 tỷ đồng.
Trả lời đại diện VKS, bị cáo Đỗ Thị Nhàn bày tỏ ân hận vì đã nhận hối lộ 5,2 triệu USD. Bị cáo Nhàn trần tình, vào thời điểm thanh tra, đoàn thanh tra có phát hiện SCB bị nợ xấu, đủ điều kiện đưa vào diện kiểm soát đặc biệt và có đề xuất theo dõi, xử phạt hành chính. Bản thân Nhàn tích cực làm việc đến 2 - 3 giờ sáng để có một phác thảo toàn cảnh về SCB.
Về cuộc gặp giữa Đỗ Thị Nhàn với Trương Mỹ Lan và lãnh đạo SCB, bị cáo Nhàn khai: “Cuộc gặp thông qua ông Võ Tấn Hoàng Văn, cựu Tổng giám đốc SCB. Tại cuộc gặp này, bị cáo đã đề nghị bà Trương Mỹ Lan bán bớt tài sản để trả nợ vì khi thanh tra thì phát hiện nợ của chủ đầu tư với ngân hàng rất lớn”.
Bị cáo Nhàn còn cho biết, bản thân biết Trương Mỹ Lan là khách hàng lớn của SCB nhưng sau khi bị bắt, Nhàn mới biết vai trò thật sự của Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát tại SCB. Bà Nhàn một lần nữa nhắc lại việc bản thân không bàn bạc với ai khi nhận 5,2 triệu USD từ lãnh đạo SCB và cả 4 lần nhận tiền đều…"thụ động". Chủ tọa phiên tòa ngắt lời và chất vấn: “Nhận tiền thụ động thì tại sao lại nhận tới 4 lần? Nếu bản thân biết nhận tiền là vi phạm pháp luật thì sẽ không nhận các lần tiếp theo”.
Thay vì trả lời câu hỏi của Chủ tọa phiên tòa, bị cáo Nhàn lại thắc mắc về việc các bị cáo trong đoàn thanh tra đều nhận tiền nhưng chỉ một mình Đỗ Thị Nhàn bị truy tố về tội "Nhận hối lộ". Trước ý kiến này, chủ tọa phân tích: “Bị cáo Nhàn nhận tiền từ người của SCB tới 4 lần với tổng số tiền 5,2 triệu USD thì khác so với những bị cáo nhận số tiền 100 triệu đồng”.
Phiên tòa tiếp tục với phần xét hỏi các bị cáo trong ngày 12/3.
Nhiều bị cáo trong vụ "đại án" Vạn Thịnh Phát được xem xét tình tiết giảm nhẹ 
