Trong đó, Mạnh đưa hối lộ 1,5 tỷ cho hai cán bộ Hải quan là Nguyễn Thế Việt (cựu Phó Cục trưởng Cục Giám sát quản lý về Hải quan) và Nguyễn Hữu Tuân (cựu Phó trưởng Phòng Giám sát 5, Cục Giám sát quản lý về Hải quan) để được thông quan lô nguyên liệu nhập từ Trung Quốc. Từ năm 2020 đến năm 2024, Mạnh và Nguyễn Mạnh Hoàng (Giám đốc Công ty MediPhar) đã đưa hối lộ hơn 3,4 tỷ đồng cho dàn lãnh đạo, nhân viên Cục An toàn thực phẩm.
Số tiền hối lộ đầu tiên được Mạnh chi cho Cục An toàn thực phẩm là hơn 1 tỷ đồng để được “giúp đỡ” trong quá trình thẩm định, hậu kiểm và cấp 4 Giấy chứng nhận GMP cho Nhà máy MediPhar và MediUSA.
Theo đó, để sớm được thẩm định, cấp Giấy chứng nhận GMP và đi vào sản xuất, Mạnh tìm gặp ông Cao Văn Trung, khi đó là Phó trưởng Phòng Giám sát ngộ độc, Cục An toàn thực phẩm kiêm Trưởng Đoàn thẩm định (đã bị tuyên án 4 năm tù về tội nhận hối lộ trong vụ án xảy ra tại Cục An toàn thực phẩm)
Thời điểm đó, Mạnh đưa cho Trung 30 triệu đồng để chuyển lại cho lãnh đạo Cục An toàn thực phẩm gồm: 20 triệu đồng cho ông Nguyễn Hùng Long, cựu Phó Cục trưởng (đã bị tuyên án 12 năm tù về tội nhận hối lộ trong vụ án xảy ra tại Cục An toàn thực phẩm) và 10 triệu đồng cho ông Nguyễn Thanh Phong, cựu Cục trưởng (đã bị tuyên án 20 năm tù về tội nhận hối lộ trong vụ án xảy ra tại Cục An toàn thực phẩm).
Việc Mạnh đưa tiền hối lộ để cựu Phó Cục trưởng Long và cựu Cục trưởng Phong tạo điều kiện, xếp lịch thẩm định Nhà máy MediUSA và MediPhar. Sau đó, Mạnh tiếp tục chi thêm 120 triệu đồng nữa để nhà máy của mình được “xếp lịch làm việc”.
Tháng 6/2020, Đoàn kiểm tra của Cục An toàn thực phẩm tiến hành thẩm định tại Nhà máy MediUSA, lập biên bản thể hiện “còn một số tồn tại cần khắc phục…”. Hai bị can Mạnh và Hoàng đưa cho ông Trung 165 triệu đồng gồm: 50 triệu đồng cho cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong, 30 triệu đồng cho cựu Phó Cục trưởng Nguyễn Hùng Long và 30 triệu đồng cho ông Trung. Số tiền còn lại được chia cho những người khác trong đoàn kiểm tra.
Tại Nhà máy MediPhar, Đoàn kiểm tra của Cục An toàn thực phẩm tiến hành thẩm định vào ngày 22/10/2020 và cũng lập biên bản kết luận “còn một số tồn tại cần khắc phục, báo cáo trong vòng 90 ngày”.
Hôm đó, Mạnh và Hoàng đưa hối lộ cho ông Trung 180 triệu đồng. Trong đó đưa cho cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong 50 triệu đồng, cựu Phó Cục trưởng Nguyễn Hùng Long và 30 triệu và ông Trung 30 triệu đồng. Số tiền còn lại được chia cho các thành viên khác.
Ngày 23/11/2023, Đoàn kiểm tra của Cục An toàn thực phẩm tiến hành thẩm định lại Nhà máy MediUSA và Mạnh lại chi 190 triệu đồng được để trong các phong bì của Công ty MediUSA. Trong đó đưa cho cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong 50 triệu đồng, cựu Phó Cục trưởng Nguyễn Hùng Long và 30 triệu và ông Cao Văn Trung 30 triệu đồng. Số tiền còn lại được chia cho các thành viên khác.
Quá trình thẩm định lại Nhà máy MediPhar vào ngày 4/1/2024, Mạnh cùng Hoàng đưa hối lộ cho Cao Văn Trung 210 triệu đồng. Trong đó đưa cho cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong 50 triệu đồng, cựu Phó Cục trưởng Nguyễn Hùng Long và 30 triệu và Cao Văn Trung 30 triệu đồng. Số tiền còn lại được chia cho các thành viên khác.
Do nhiều lần nhận tiền hối lộ, ông Trung chỉ đánh giá báo cáo khắc phục tồn tại của hai nhà máy trên hồ sơ, ảnh chụp không đối chiếu rồi đề xuất Phó Cục trưởng Nguyễn Hùng Long cấp 4 Giấy chứng nhận GMP cho MediUSA và Công ty MediPhar.
Trong việc hậu kiểm Nhà máy MediPhar vào năm 2022, Đoàn kiểm tra của Cục An toàn thực phẩm phát hiện lỗi “không lấy mẫu do không có sản phẩm trong kho”. Mạnh đề nghị Trưởng đoàn thẩm định Cao Văn Trung bỏ qua lỗi và sẽ chi 200 triệu đồng. Số tiền này lại được chia cho cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong 50 triệu đồng, cựu Phó Cục trưởng Nguyễn Hùng Long và Cao Văn Trung, mỗi người 30 triệu đồng. Số tiền còn lại được chia cho các thành viên khác.
Hành vi đưa hối lộ tiếp theo xảy ra trong việc cấp Giấy chứng nhận công bố sản phẩm. Theo đó, từ năm 2018 đến năm 2025, Mạnh và Hoàng giao cấp dưới là Hoàng Thị Hương làm đầu mối quan hệ, chi tiền trong việc xin cấp phép công bố sản phẩm.
Để có đủ thủ tục xin cấp phép công bố sản phẩm, Hương liên hệ với Công ty TSL, Viện kiểm nghiệm an toàn thực phẩm quốc gia và Công ty Avatek cấp Phiếu kết quả kiểm nghiệm an toàn thực phẩm (hành vi này đã bị xét xử tại TAND TP Hồ Chí Minh).
Để hồ sơ xin cấp phép công bố sản phẩm không bị trả đi trả lại nhiều lần, gây khó khăn, kéo dài thời gian xin phép, ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, Hương gặp gỡ, trao đổi và thống nhất với chuyên viên Cục An toàn thực phẩm về việc chi cho đơn vị này từ 9 triệu đồng đến 12 triệu đồng một bộ hồ sơ.
Hương đã đưa hối lộ 2,36 tỷ đồng cho việc xin cấp phép công bố 236/289 sản phẩm của 9/10 công ty thuộc hệ thống công ty của Mạnh. Số tiền này tiếp tục được chia cho cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong, cựu Phó Cục trưởng Nguyễn Hùng Long và các đối tượng khác.
Trong vụ án, bị can Nguyễn Năng Mạnh bị truy tố về tội “Đưa hối lộ”. Hai bị can Đỗ Mạnh Hoàng và Hoàng Thị Hương do chủ động có đơn trình bày về hành vi đưa hối lộ, giúp cơ quan điều tra làm sáng tỏ vụ án nên không bị xử lý về hành vi đưa hối lộ.
Đề nghị truy tố cựu Chủ tịch MediUSA trong vụ sản xuất hàng giả trị giá hơn 539 tỷ đồng 
