Cụ thể, tại trạm dừng nghỉ tại km334+900, hiện đang trong giai đoạn san lấp mặt bằng, đề nghị đơn vị quản lý đường bộ Khu III theo dõi, đôn đốc yêu cầu đơn vị thi công không mở lối đi ra thẳng đường cao tốc và tuân thủ theo giấy phép thi công, đồng thời bố trí chỗ dừng đỗ tạm thời trên vị trí làm trạm dừng nghỉ, khắc phục mặt đường lồi lõm lối rẽ vào trạm, bổ sung đèn chiếu sáng.
Đáng chú ý, tuyến cao tốc Vân Phong-Nha Trang đang được khai thác với tốc độ tối đa cho phép 90km/h là vượt theo tiêu chuẩn được thiết kế 10km/h.
Theo thiết kế, dải dừng khẩn cấp và chiều rộng là 2,5m. Qua theo dõi các tuyến cao tốc khác có làn dừng đỗ đã từng xảy ra tai nạn giao thông, tổ công tác đã kiến nghị bổ sung các thiết bị (đèn cảnh báo, điện chiếu sáng…). Hiện đơn vị quản lý tuyến vẫn chưa thực hiện nên vẫn có nguy cơ xảy ra tai nạn khi phương tiện dừng khẩn cấp.
Tồn tại tiếp theo liên quan đến hệ thống thoát nước, hệ thống chiếu sáng, hệ thống vạch sơn.
Toàn tuyến đã được đầu tư hệ thống thoát nước dọc hai bên đường; đã được bố trí, kẻ vạch sơn đầy đủ, phân chia các làn đường xe chạy, làn dừng xe khẩn cấp và vạch kẻ tại các nút giao. Tại một số vị trí có bố trí rãnh thoát nước nhưng lại xả ở điểm chân đường tiếp theo dễ gây ngấm ngược vào chân đường có thể dẫn tới tình trạng lở móng đường, làm mặt đường bị yếu, lún, trũng.
Về hàng rào bảo vệ (lưới B40, thép gai), một số chỗ hàng rào lưới B40 đã bị tháo dỡ chưa khắc phục, khảo sát đã phát hiện có nhiều bò, súc vật đi trong hành lang đường cao tốc tiềm ẩn nguy cơ gây TNGT cho phương tiện lưu thông trên tuyến.
Tại km345, mặt đường bị sụt lún, đã sửa chữa, tuy nhiên tình trạng mặt đường chưa êm thuận, chưa có vạch sơn tim đường, lề đường theo quy định...
Cũng theo Cục CSGT, độ dốc siêu cao tại các đoạn đường cong cần rà soát để quy định tốc độ tối đa phù hợp và cần sơn gờ giảm tốc, biển cảnh báo để đảm bảo an toàn.
Từ nút giao Cổ Mã đến nút Vạn Giã, mặt đường xuất hiện tình trạng mấp mô, lồi lõm; tại Km333+600 có một hố sâu khoảng 20cm, tiềm ẩn nguy cơ mất an toàn giao thông. Trên hướng từ Nha Trang đi Cổ Mã, nhiều vị trí tôn lượn sóng bị hư hỏng, xô lệch (Km335+520, Km330+500, Km314+100…) nhưng chưa được khắc phục kịp thời.
Tại nút giao Cổ Mã, Cục CSGT kiến nghị bổ sung hệ thống cảnh báo như gờ giảm tốc trên làn rẽ ra Quốc lộ 1; nghiên cứu thay thế cọc tiêu mềm phân làn bằng vật liệu bảo đảm an toàn hơn. Một số cọc tiêu đã bị hư hỏng từ giai đoạn trước khi thông xe kỹ thuật vẫn chưa được sửa chữa. Ngoài ra, có đoạn cao tốc tiếp giáp trực tiếp với Quốc lộ 1 nhưng chưa có dải hộ lan, hàng rào ngăn cách, tiềm ẩn nguy cơ tai nạn; cần sớm bố trí dải phân cách cứng và biển chỉ dẫn để tránh tình trạng xe mô tô đi nhầm vào cao tốc.
Tại Km345, mặt đường đã từng bị sụt lún và được sửa chữa, song hiện vẫn chưa êm thuận, chưa hoàn thiện vạch sơn tim đường và lề đường theo quy định.
Trước đó, vào tháng 8/2025, Cục CSGT và Cục Đường bộ Việt Nam đã kiểm tra hiện trường và đưa ra 7 kiến nghị yêu cầu Ban Quản lý dự án 7 khắc phục các tồn tại. Tuy nhiên, đến nay mới đề xuất lên cấp trên 3 kiến nghị nhưng chưa triển khai thực hiện.
Cục CSGT vận động các đơn vị kinh doanh vận tải cung cấp thông tin về TTATGT 
