Theo cáo trạng, năm 1998, Mại Thị Thanh Thủy thành lập Công ty Tài Thắng với ngành nghề chính là bán buôn sản phẩm thuốc lá, thuốc lào. Đến năm 2009, Mai Thị Thanh Thủy tiếp tục thành lập Công ty Tuấn Phát cũng bán buôn sản phẩm thuốc lá, thuốc lào, do Lê Tuấn Tú (con trai Thủy) làm Tổng Giám đốc, người đại diện theo pháp luật. Dù công ty là hai pháp nhân độc lập nhưng thực tế đều do Mai Thị Thanh Thủy chỉ đạo hoạt động. Tú hỗ trợ Thủy điều hành hai Công ty (không tách bạch việc Thủy chỉ đạo điều hành Công ty Tài Thắng, Tú chỉ đạo điều hành Công ty Tuấn Phát); cùng sử dụng chung bộ máy nhân sự gồm kế toán, thủ quỹ, nhân viên kinh doanh, lái xe... và có cùng trụ sở (số 45 Nguyễn Siêu, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội).
Từ năm 2017 đến tháng 9/2023, Mai Thị Thanh Thủy đã sử dụng hai pháp nhân Công ty nêu trên để ký các Hợp đồng làm nhà phân phối cấp 1 và phân phối độc quyền khoảng 30 nhãn hiệu sản phẩm thuốc lá (Sài Gòn vàng, bạc, xanh; Du lịch; Thăng Long...).
Quá trình kinh doanh, với mục đích sử dụng số tiền lợi nhuận từ bán hàng vào công việc cá nhân và các hoạt động khác của hai Công ty nhưng không có tài liệu, chứng từ để hạch toán chi phí, Thủy đã lợi dụng vị trí là nhà phân phối cấp 1 và nhà phân phối độc quyền để thỏa thuận, yêu cầu khách hàng phải đồng ý việc ghi giá trị hàng hóa trên hóa đơn mua bán thấp hơn giá trị thanh toán thực tế, sau đó chuyển lại số tiền chênh lệch ngoài hóa đơn cho Thủy. Do muốn mua được các sản phẩm thuốc lá từ Công ty Tài Thẳng, Công ty Tuấn Phát để kinh doanh nên 51 doanh nghiệp và 80 cá nhân tại 31 tỉnh, thành phố khu vực phía Bắc đã đồng ý thực hiện theo yêu cầu, thỏa thuận của Thủy.
Hằng năm, Thủy và con trai là Lê Tuấn Tú sử dụng pháp nhân hai công ty ký các Hợp đồng nguyên tắc bán sản phẩm thuốc lá cho khách hàng nhưng không ghi giá bán hàng hóa. Việc xác định giá bán hàng được căn cứ vào đơn hàng tại các thời điểm giao hàng cụ thể. Mỗi lần khách hàng có nhu cầu mua hàng, Thủy và Tú trực tiếp trao đổi hoặc giao cho Đinh Thị Lan Hương, Nguyễn Thị Phương liên hệ, thông báo với khách hàng giá bán thực tế, giá ghi trên Hóa đơn Giá trị gia tăng (thấp hơn giá bán thực tế 5%-12%). Số tiền để ngoài hóa đơn đối với từng khách hàng cụ thể đều do Thủy và Tú quyết định.
Viện Kiểm sát kết luận, Thủy đã sử dụng pháp nhân hai Công ty để thỏa thuận yêu cầu 51 khách hàng doanh nghiệp và 80 khách hàng cá nhân tại các tỉnh, thành phố khu vực phía Bắc xác nhận thông tin, số liệu trên Hóa đơn Giá trị gia tăng không phản ánh đúng giá trị giao dịch thực tế, sau đó chỉ đạo nhân viên không hạch toán, để ngoài sổ sách kế toán số tiền hơn 195 tỷ đồng. Trong đó, Tú có vai trò giúp sức cho Thủy trong việc liên hệ, thỏa thuận với khách hàng và chỉ đạo, điều hành hoạt động 2 công ty. 3 bị cáo còn lại là đồng phạm với Thủy trong việc thỏa thuận với khách hàng, hạch toán kế toán, lập báo cáo tài chính, báo cáo thuế không phản ánh đúng tài sản của đơn vị kế toán, để ngoài sổ sách kế toán trên 195 tỷ đồng, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 47 tỷ đồng.
Đối với nhóm 131 khách hàng (51 doanh nghiệp và 80 cá nhân) mua thuốc lá của Thủy, cơ quan tố tụng xác định: Để phục vụ hoạt động kinh doanh, các khách hàng phải đồng ý, thực hiện trả tiền ngoài hóa đơn theo yêu cầu của Thủy, là hành vi giúp sức cho Thủy thực hiện hành vi phạm tội. Tuy nhiên, do khách hàng không còn lưu giữ tài liệu hoặc có lưu giữ nhưng không đầy đủ (trong việc chi tiền ngoài hóa đơn); việc theo dõi tiền ngoài hóa đơn trên sổ sách nội bộ của hai công ty không thể xác định được chính xác từng khách hàng trả bao nhiêu tiền ngoài hóa đơn. Đồng thời, kết quả điều tra đến nay không có căn cứ xác định thiệt hại về thuế của từng khách hàng gây ra. Do vậy, Cơ quan điều tra kết luận không đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự đối với các khách hàng này.
Gây thất thoát 3,3 tỷ đồng, cựu ban quản trị chung cư Miếu Nổi bị đề nghị truy tố 
