Trong vụ án “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”, “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” và “Nhận hối lộ” xảy ra tại Bộ Y tế và các đơn vị liên quan, Cơ quan CSĐT Bộ Công an cáo buộc, bị can Nguyễn Thị Kim Tiến (cựu Bộ trưởng Bộ Y tế) phạm tội “Vi phạm quy định về quản lý tài sản Nhà nước” gây thiệt hại hơn 800 tỷ đồng tại hai dự án xây dựng Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 và Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2.
Tại dự án xây dựng Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 và Bệnh viện Việt Đức sơ sở 2, cơ quan điều tra xác định, 10 bị can có ba hành vi sai phạm chính. Trong đó, bị can Nguyễn Thị Kim Tiến và 6 đồng phạm bị cáo buộc đã gây thất thoát, lãng phí hơn 800 tỷ đồng gồm những khoản tiền chi trái quy định: Tiền thuê tư vấn nước ngoài; tiền chi cho hai dự án trong thời gian tạm ngưng và tiền vốn hỗ trợ doanh nghiệp.
Quá trình thực hiện hai dự án, bị can Nguyễn Thị Kim Tiến cùng cấp dưới là bị can Nguyễn Chiến Thắng (cựu Giám đốc Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế) còn “giúp” một số doanh nghiệp được trúng thầu.
Từ đây, bị can Nguyễn Chiến Thắng đã thỏa thuận nhận 5% giá trị thanh toán trước thuế từ các nhà thầu. Cơ quan điều tra xác định, bị can Thắng đã nhiều lần nhận hối lộ với tổng số tiền hơn 51,7 tỷ đồng (không tính số tiền nhận hối lộ hơn 36,7 tỷ đồng từ các doanh nghiệp thuộc Bộ Quốc phòng).
Sau khi bị can Nguyễn Chiến Thắng nghỉ hưu, bị can Nguyễn Hữu Tuấn làm Phó Giám đốc phụ trách Ban, rồi làm Giám đốc Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế và tiếp tục nhận hối lộ từ các nhà thầu. Theo đó, bị can Tuấn đã nhận hối lộ nhiều lần với tổng số tiền 7,7 tỷ đồng (không tính số tiền nhận hối lộ 4,5 tỷ đồng từ các doanh nghiệp thuộc Bộ Quốc phòng).
Sai phạm tiếp theo là việc bị can Lê Thanh Thiêm (Giám đốc Công ty Sao Nam Sông Hồng) đã nhận 2 triệu USD từ bị can Nguyễn Chiến Thắng với lời hứa can thiệp, giúp đỡ Bộ Y tế trong quá trình Đoàn kiểm tra của Ủy ban kiểm tra Trung ương kiểm tra hai dự án xây dựng Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 và Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2. Cơ quan điều tra xác định, bị can Thiêm đã lừa đảo, chiếm đoạt số tiền 2 triệu USD của Bộ Y tế.
Kết luận điều tra thể hiện, đến nay gia đình các bị can và các cá nhân liên quan mới nộp khắc phục hậu quả hơn 44,7 tỷ đồng và bị kê biên 7 bất động sản. Bị can nộp nhiều nhất là cựu Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến với số tiền 14,5 tỷ đồng, dù trong quá trình điều tra, bị can Tiến khai, chỉ được hai bị can Nguyễn Chiến Thắng và Nguyễn Hữu Tuấn đưa cho 7,5 tỷ đồng.
Bị can nộp nhiều thứ hai là Lê Thanh Thiêm. Bị can này được em gái hai lần nộp thay để khắc phục hậu quả với tổng số tiền 14 tỷ đồng.
Bị can Nguyễn Chiến Thắng nhận hối lộ nhiều nhất, nhưng đến nay chỉ nộp 1 tỷ đồng khắc phục hậu quả. Bị can Nguyễn Hữu Tuấn được người thân nộp thay 3,75 tỷ đồng.
Trong vụ án, nhiều cá nhân thuộc Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế cũng nộp tiền khắc phục hậu quả cho các bị can, mỗi lần họ nộp ít nhất là vài chục triệu và nhiều nhất đến 1 tỷ đồng.
Theo kết luận điều tra, sau khi nhận hối lộ tổng số tiền 88 tỷ đồng từ các nhà thầu để thực hiện 10 gói thầu xây lắp của tại hai dự án xây dựng Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 và Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2, bị can Nguyễn Chiến Thắng đã đưa cho bị can Nguyễn Thị Kim Tiến 2,5 tỷ đồng và Nguyễn Hữu Tuấn gần 2,5 tỷ đồng.
Bị can Thắng còn cho một số cá nhân tại Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế tổng số tiền 5,5 tỷ đồng; bồi dưỡng cán bộ, lãnh đạo Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế gần 3 tỷ đồng. Tổng số tiền bị can Thắng đã chi là hơn 63 tỷ đồng trong tổng số tiền 88 tỷ đồng đã nhận hối lộ.
Bị can Nguyễn Hữu Tuấn sau khi nhận hối lộ tổng số tiền hơn 12 tỷ đồng của ba nhà thầu đã đưa cho cựu Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến 5 tỷ đồng; bồi dưỡng cán bộ, lãnh đạo Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế hơn 280 triệu đồng. Tổng số tiền bị can Tuấn đã chi là gần 5,3 tỷ đồng trong tổng số tiền hơn 12 tỷ đã nhận hối lộ.
Ngoài hơn 44 tỷ đồng các bị can và những người liên quan đến vụ án đã nộp để khắc phục hậu quả, cơ quan điều tra còn kê biên 7 bất động sản để giải quyết phần dân sự trong vụ án.
Theo đó, bị can Nguyễn Chiến Thắng bị kê biên ba nhà đất, một nhà đất ở Phủ Lý (tỉnh Hà Nam cũ) và hai nhà đất ở Hà Nội. Bị can Nguyễn Hữu Tuấn bị kê biên một nhà đất tại Phủ Lý. Bị can Nguyễn Kim Trung (cựu Phó Giám đốc Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế) bị kê biên hai nhà đất ở Hà Nội. Bị can Đào Xuân Sinh (cựu Giám đốc Công ty Xây dựng SHT) bị kê biên một sổ đỏ ở Hà Nội.
Hai cấp dưới của cựu Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến nhận hối lộ hàng chục tỷ đồng 
Cựu Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến chỉ đạo tiếp cận đoàn kiểm tra và số tiền 2 triệu USD bị lừa 
