Trong vụ án sai phạm về quan trắc môi trường mà Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm về môi trường, Văn phòng Cơ quan CSĐT Bộ Công an, Công an TP Hà Nội, Công an tỉnh Bắc Ninh làm rõ, khởi tố 74 bị can, thì sai phạm tại Trung tâm quan trắc môi trường miền Bắc (Trung tâm NCEM) là nghiêm trọng nhất bởi đây là đơn vị được giao quản lý các Trạm quan trắc môi trường nước.
Tại đơn vị này, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã khởi tố vụ án “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng; Đưa hối lộ; Nhận hối lộ; Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ và Làm giả tài liệu của cơ quan, tổ chức; khởi tố 13 bị can với nhiều tội danh liên quan đến lĩnh vực quan trắc môi trường và kinh tế, tham nhũng, tiêu cực; các đối tượng trong các vụ án thực hiện nhiều hành vi vi phạm pháp luật đan xen. Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã làm rõ cấu kết chặt chẽ giữa một số cán bộ nhà nước với doanh nghiệp nhằm thao túng hoạt động đấu thầu, trục lợi hàng chục tỷ đồng.
Cụ thể, Hoàng Văn Thức, khi đó là Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Môi trường (sau khi sắp xếp tổ chức là Cục trưởng Cục Môi trường, Bộ Nông nghiệp và Môi trường) cùng Trần Thị Minh Hương, Giám đốc Trung tâm Quan trắc môi trường miền Bắc (hiện là Chi cục trưởng Chi cục bảo vệ môi trường miền Bắc) đã chỉ đạo cấp dưới cung cấp thông tin nội bộ, tạo điều kiện cho liên danh Công ty Seiki và Công ty Toàn Cầu tiếp cận, chuẩn bị hồ sơ và tham gia đấu thầu từ rất sớm.
Không chỉ dừng lại ở việc “tạo điều kiện”, Hoàng Văn Thức còn trực tiếp tham gia điều phối, dàn xếp để các doanh nghiệp này liên danh với nhau nhằm hợp thức hóa năng lực, đảm bảo khả năng trúng thầu.
Kết quả điều tra cho thấy, lợi dụng việc triển khai các dự án lớn như “Đầu tư xây dựng mạng lưới quan trắc môi trường không khí (giai đoạn 1)” và “Nâng cấp hệ thống quan trắc môi trường giai đoạn 1”, các đối tượng đã thiết lập mối quan hệ “cộng sinh” giữa cán bộ quản lý và doanh nghiệp, với vai trò là người đứng đầu Ban Quản lý dự án, Hoàng Văn Thức không chỉ nắm quyền quyết định mà còn trực tiếp chỉ đạo, định hướng toàn bộ quá trình đấu thầu. Trong khi đó, Trần Thị Minh Hương là người tổ chức thực hiện, chỉ đạo cấp dưới cung cấp thông tin nội bộ về danh mục thiết bị, cấu hình kỹ thuật, giá dự toán… cho doanh nghiệp tiếp cận từ sớm.
Một trong những thủ đoạn then chốt của nhóm đối tượng là can thiệp sâu vào quá trình lập hồ sơ mời thầu. Thông qua Công ty Deahan – doanh nghiệp trong hệ sinh thái của Công ty Seiki, các đối tượng đã móc nối với đơn vị tư vấn để chỉnh sửa hồ sơ mời thầu theo hướng có lợi cho liên danh Công ty Seiki – Công ty Toàn Cầu.
Theo đó, khi tổ chức mời thầu, Hoàng Văn Thức đã chỉ đạo “cài cắm” tiêu chí để chỉ có Công ty Seiki – Công ty Toàn Cầu đáp ứng được như yêu cầu phải có giấy phép bán hàng từ hãng, đưa ra thông số kỹ thuật đặc thù, đặc biêt là iều chỉnh tiêu chí đánh giá phù hợp năng lực của Công ty Seiki. Những tiêu chí này đã trở thành “hàng rào kỹ thuật”, khiến các doanh nghiệp khác không thể tham gia hoặc không đủ điều kiện trúng thầu.
Nhờ đó, cả 3 gói thầu lớn đều chỉ có liên danh Công ty Seiki – Công ty Toàn Cầu tham gia và trúng thầu với tổng giá trị hơn 473 tỷ đồng, gồm: gói HH-01: 105,545 tỷ đồng; gói HH1: 112,110 tỷ đồng; gói HH-03: 255,877 tỷ đồng.
Theo hồ sơ vụ án, ngay từ khi tiếp cận dự án, các doanh nghiệp đã chủ động “đặt vấn đề” với lãnh đạo.Đậu Tuấn Anh (Chủ tịch Công ty Seiki) và Lê Đức Chiến (Chủ tịch Công ty Toàn Cầu) đã gặp Hoàng Văn Thức và thống nhất chi 8% giá trị trước thuế của gói thầu để được tạo điều kiện trúng thầu. Do Công ty Toàn Cầu không đủ năng lực thực hiện độc lập, Hoàng Văn Thức đã chỉ đạo liên danh với Công ty Seiki nhằm hợp thức hóa hồ sơ. Sau đó, Thức tiếp tục chỉ đạo Trần Thị Minh Hương tạo điều kiện để liên danh này tham gia và trúng cả 3 gói thầu. Sau khi trúng thầu và được thanh toán, các doanh nghiệp đã thực hiện việc chi “lại quả”. Theo đó, Hoàng Văn Thức nhận tổng số tiền khoảng 34,9 tỷ đồng. Trần Thị Minh Hương nhận khoảng 6,41 tỷ đồng
Ngoài ra, một số cá nhân khác cũng được chi tiền để tạo điều kiện trong quá trình thực hiện dự án. Các khoản tiền này được chi nhiều lần, gắn với tiến độ thanh toán hợp đồng, nhằm tránh bị phát hiện.
Gần 160 trạm quan trắc môi trường bị doanh nghiệp "đi đêm" với đơn vị lắp đặt để can thiệp dữ liệu 
Khởi tố 74 đối tượng với 10 tội danh liên quan đến sai phạm về quan trắc môi trường 
