Kết luận nêu rõ, việc mua sắm trang thiết bị, vật tư y tế, sinh phẩm, kít xét nghiệm, vaccine, thuốc phòng, chống dịch COVID-19 qua kiểm tra tại Bộ Y tế và một số đơn vị thuộc Bộ cơ bản thực hiện theo đúng trình tự, quy trình, thủ tục mua sắm quy định, đáp ứng yêu cầu phòng, chống dịch. Bên cạnh những kết quả đã đạt được, quá trình thực hiện còn có những thiếu sót, sai phạm.
Theo đó, Bộ Y tế chưa thực hiện mua sắm tập trung đối với danh mục tài sản do Bộ ban hành theo quy định; có thiếu sót khi ban hành Quyết định bãi bỏ danh mục tài sản mua sắm tập trung của Bộ nhưng không gửi các đơn vị trực thuộc và kho bạc Nhà nước để kiểm soát chi, dẫn đến một số gói thầu bệnh viện trực tiếp mua sắm chưa được Kho bạc Nhà nước chấp nhận thanh toán, nhà thầu đề nghị tính lãi chậm trả.
Việc thẩm định, phê duyệt giá gói thầu và phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu của Bộ Y tế đối với các gói thầu (gồm Hệ thống nội soi phế quản, model CV-170 của hãng Olympus tại Bệnh viện Trung ương Huế, Bệnh viện Trung ương Thái Nguyên; máy X-Quang di động kỹ thuật số, model FRD Nano/DR-XD1000 của hãng Fujifim tại Bệnh viện Phổi Trung ương, Bệnh viện Trung ương Huế) có dấu hiệu vi phạm Điều 360 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.
Bộ Y tế quản lý không chặt chẽ việc tiếp nhận vaccine từ Công ty TNHH AstraZeneca Việt Nam và việc tổ chức tiêm chủng vaccine phòng COVID-19 của Công ty cổ phần Vắc xin Việt Nam (VNVC) dẫn đến VNVC giữ lại 73.504 liều vaccine để tiêm chủng (đã tổ chức tiêm 58.974 liều cho 68.099 người) không có trong kế hoạch tiêm chủng được phê duyệt của Bộ Y tế, không có sự kiểm soát của Bộ Y tế về đối tượng, quy trình, mục đích tiêm. Bộ Y tế chỉ đạo Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương (VSDTTW) có văn bản đồng ý để VNVC được giữ lại 73.504 liều vaccine và tiếp nhận, phân bổ hơn 1 triệu liều vaccine (hạn sử dụng ngắn đến ngày 31/12/2022) cho các tỉnh, thành phố có nhu cầu để triển khai tiêm chủng là chưa phù hợp với chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ.
Bộ Y tế ban hành một số văn bản thông báo giá sinh phẩm/trang thiết bị y tế chuẩn đoán in vitro xét nghiệm vi rút SARS-CoV-2 nội dung không rõ ràng về thông tin “tham khảo”, thông tin “giá công bố” tại phụ lục văn bản có thể hiểu là giá doanh nghiệp công bố hoặc giá Bộ Y tế công bố trong khi trang thiết bị y tế không phải mặt hàng do nhà nước quản lý giá. Việc công bố giá bán trang thiết bị y tế không thuộc nhiệm vụ, quyền hạn quản lý nhà nước của Bộ Y tế.
Việc chỉ đạo, hướng dẫn mua sắm trang thiết bị y tế có trường hợp còn chậm, chưa kịp thời tháo gỡ khó khăn tại các bệnh viện. Việc thẩm định, phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu mua sắm kéo dài, dẫn đến quá trình mua sắm trang thiết bị, vật tư y tế, hóa chất, sinh phẩm, kít xét nghiệm bị chậm….
Thanh tra Chính phủ đã chuyển thông tin sang Bộ Công an để xem xét, xử lý theo quy định gồm:
Việc thẩm định, phê duyệt giá gói thầu và phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu của Bộ Y tế đối với một số gói thầu (hệ thống nội dung soi phế quản, model CV-170 của hãng Olympus; máy X-Quang di động kỹ thuật số, model FRD Nano/DR-XD1000 của hãng Fujifim) có dấu hiệu vi phạm Điều 360 Bộ luật hình sự năm 2015 sửa đổi, bổ sung năm 2017.
Việc mượn hàng hóa, mua sắm của Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh trong giai đoạn 2020-2021 có dấu hiệu vi phạm Điều 222 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017. Đồng thời, trong đó có một số doanh nghiệp cho Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh mượn hàng hóa, nhập khẩu hàng RUO, LUO.
Việc Công ty TNHH Thương mại và dịch vụ kỹ thuật Tài Lộc mua bán thiết bị y tế qua nhiều trung gian, làm tăng giá thiết bị y tế khi bán cho các bệnh viện, có dấu hiệu lợi dụng dịch bệnh COVID-19 để nâng giá bán cao bất thường.
Công bố Quyết định thanh tra việc mua sắm trang thiết bị, vật tư, kít xét nghiệm phòng, chống dịch 
Mở rộng điều tra làm rõ việc sản xuất, mua bán Kit xét nghiệm của Công ty Việt Á 
