Tổ chức bộ máy của lực lượng Kiểm tra sau thông quan dự kiến được sắp xếp lại như sau: giữ Chi cục Kiểm tra sau thông quan của 10 Cục Hải quan (Hà Nội, TP Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Quảng Ninh, Lạng Sơn, Đồng Nai, Bình Dương, Bà Rịa - Vũng Tàu, Đà Nẵng và Bắc Ninh). Đối với 24 Cục Hải quan địa phương còn lại sẽ giao cho Cục Kiểm tra sau thông quan quản lý theo vùng (3 miền Bắc, Trung, Nam).
Đồng thời thành lập Đội Kiểm tra sau thông quan ở 10 Chi cục Hải quan hàng không, đường biển có khối lượng lớn và tính chất công việc phức tạp.