Trong vụ án này, ba bị cáo kháng cáo gồm: Lương Văn Hóa (cựu Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu Kế toán trưởng Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long) và Nguyễn Nam Liên (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính - Bộ Y tế, Phó Trưởng ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng chống dịch cúm A H5N1 - Bộ Y tế). Cả ba bị cáo đều xin giảm nhẹ hình phạt để sớm được trở về tái hòa nhập cộng đồng, trở thành những công dân tốt cho xã hội.
Ngoài ra, bị đơn dân sự trong vụ án là Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long cũng kháng cáo về trách nhiệm dân sự. Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long đề nghị Tòa án cấp phúc thẩm tuyên buộc các bị cáo và người liên quan (các thành viên HĐQT cùng các cổ đông đã hưởng thù lao, cổ tức từ nguồn tiền hạch toán giảm giá vốn trong thời gian từ năm 2006 đến 2008) liên đới bồi thường, hoàn trả toàn bộ số tiền hơn 3,8 triệu USD cho Bộ Y tế.
Người thân của bị cáo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (cựu Giám đốc chi nhánh TP Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long) cũng kháng cáo đề nghị Tòa án cấp phúc thẩm giải tỏa, chấm dứt các biện pháp ngăn chặn, tạm ngừng giao dịch áp dụng đối với bất động sản, tài sản liên quan.
Vợ bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải kháng cáo đề nghị Tòa án giải tỏa các tài sản đã kê biên, niêm phong.
Trước khi diễn ra phiên tòa, ngày 7/3/2023, Trại tạm giam T16 Bộ Công an có báo cáo số 158/T16-HS, thông báo về việc người bị tạm giam là ông Lương Văn Hóa đã chết ngày 6/3 tại Bệnh viện Bạch Mai do viêm phổi sốc nhiễm khuẩn, suy đa tạng, K biểu mô di căn hạch theo dõi nguồn gốc từ phổi.
Theo bản án sơ thẩm, dù Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu, nhưng bị cáo Lương Văn Hóa đã chỉ đạo đồng phạm hạch toán kế toán trái quy định, lập thư giãn nợ, hợp thức hồ sơ thanh toán, báo cáo sai sự thật với Bộ Y tế, che giấu việc giảm giá mua nguyên liệu, nhằm giữ lại số tiền hơn 3,8 triệu USD để sử dụng tại công ty, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Bị cáo Cao Minh Quang (cựu Thứ trưởng Bộ Y tế) có trách nhiệm kiểm tra việc chấp hành cơ chế quản lý giá đối với các doanh nghiệp sản xuất thuốc theo đơn đặt hàng của Bộ Y tế.
Sau khi kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, bị cáo Cao Minh Quang biết Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán số tiền hơn 3,8 triệu USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo tiếp tục kiểm tra, làm rõ. Cựu Thứ trưởng Bộ Y tế đã không thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ được giao, gây thiệt hại cho Nhà nước với số tiền hơn 3,8 triệu USD.
Tháng 11/2022, TAND TP Hà Nội mở phiên tòa hình sự sơ thẩm xét xử vụ án này và tuyên phạt bị cáo Cao Minh Quang 30 tháng treo về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”. Bị cáo Lương Văn Hóa bị tuyên phạt 9 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải bị tuyên phạt 6 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” và Nguyễn Nam Liên bị tuyên phạt 24 tháng tù về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiệm trọng”.
Về trách nhiệm dân sự, Tòa án cấp sơ thẩm tuyên buộc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long phải bồi thường cho Bộ Y tế số tiền hơn 58 tỷ đồng. Tòa án cấp sơ thẩm tuyên Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long có quyền yêu cầu các bị cáo, cá nhân liên quan hoàn trả lại tiền, nếu có tranh chấp, yêu cầu giải quyết trong vụ án dân sự khác.
Quá trình xét xử phúc thẩm, Hội đồng xét xử đã đình chỉ xét xử đối với bị cáo Lương Văn Hóa với lý do: Ngày 7/3, Trại tạm giam T16 Bộ Công an thông báo về việc người bị tạm giam là bị cáo Lương Văn Hóa đã chết ngày 6/3 tại Bệnh viện Bạch Mai do viêm phổi sốc nhiễm khuẩn, suy đa tạng, K biểu mô di căn hạch theo dõi nguồn gốc từ phổi.
Hội đồng xét xử phúc thẩm chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ tội đối với bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải và bị cáo Nguyễn Nam Liên. Theo đó, Hội đồng xét xử phúc thẩm quyết định giảm hình phạt đối với bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải từ 6 năm tù xuống 5 năm tù; bị cáo Nguyễn Nam Liên từ 24 tháng tù xuống 15 tháng tù.
Đối với các kháng cáo khác của những người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan về việc đề nghị hủy kê biên các tài sản, Hội đồng xét xử phúc thẩm xác định, việc áp dụng biện pháp tư pháp để đảm bảo quyền lợi cho các bên liên quan là có căn cứ. Do đó, Hội đồng xét xử phúc thẩm quyết định bác kháng cáo của những người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Tại bản án sơ thẩm, về phần trách nhiệm dân sự, Hội đồng xét xử sơ thẩm buộc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long phải bồi thường cho Bộ Y tế 3,8 triệu USD. Đối trừ số tiền các bị cáo đã nộp khắc phục hậu quả thì công ty này còn phải bồi thường hơn 58 tỷ đồng.
Hội đồng xét xử sơ thẩm nhận định, trong vụ án này, các bị cáo là cựu cán bộ Công ty cổ phẩn Dược phẩm Cửu Long đã không báo cáo Bộ Y tế về số tiền hơn 3,8 triệu USD được giảm giá mà hạch toán trái pháp luật, che giấu số tiền phải trả lại cho Bộ Y tế. Đây là vụ lợi tập thể, các bị cáo có lỗi trực tiếp gây thiệt hại.
Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long đã dùng tiền vào nhiều mục đích khác nhau (như chia cổ tức cho các cổ đông…), số tiền trên đã hòa vào hoạt động chung của công ty nhằm phục vụ sản xuất kinh doanh từ đó đến nay.
Theo quy định của pháp luật, thiệt hại của pháp nhân gây ra thì pháp nhân phải bồi thường trước, sau đó pháp nhân có thể yêu cầu cá nhân gây thiệt hại phải hoàn trả số tiền trên cho Bộ Y tế.
Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long có quyền yêu cầu các bị cáo, cá nhân liên quan hoàn trả lại tiền, nếu có tranh chấp, yêu cầu giải quyết trong vụ án dân sự khác.
Không đồng tình với phán quyết nêu trên của bản án sơ thẩm, Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long kháng cáo, đề nghị Tòa án cấp phúc thẩm tuyên buộc các bị cáo và người liên quan (các thành viên HĐQT cùng các cổ đông đã hưởng thù lao, cổ tức từ nguồn tiền hạch toán giảm giá vốn trong thời gian từ năm 2006 đến 2008) liên đới bồi thường, hoàn trả toàn bộ số tiền hơn 3,8 triệu USD cho Bộ Y tế.
Sau khi xem xét, Hội đồng xét xử phúc thẩm không chấp nhận kháng cáo của Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long, dành quyền khởi kiện cho công ty này để thu hồi lại tiền.
Cựu Thứ trưởng Cao Minh Quang bị tuyên phạt 30 tháng tù treo 
Cựu Thứ trưởng Cao Minh Quang xin giảm nhẹ hình phạt 
