Về vấn đề này, Bộ GTVT thông tin rõ rằng, theo Quy chế làm việc của Bộ GTVT, Quy chế văn thư của Bộ GTVT và Quyết định của Bộ trưởng Bộ GTVT về việc phân công nhiệm vụ lãnh đạo Bộ, sau khi nhận được các công văn của các tổ chức, doanh nghiệp gửi đến, Văn phòng Bộ GTVT sẽ trình lãnh đạo Bộ xem xét, phê ý kiến giao nhiệm vụ cho cơ quan, đơn vị để tham mưu giải quyết (cơ quan, đơn vị chủ trì và các cơ quan, đơn vị phối hợp).
Trước đó, ngày 7/1/2014, Bộ trưởng Bộ GTVT cũng đã có Văn bản số 239/BGTVT-CQLXD về việc quy định xử lý văn bản đề nghị của các nhà đầu tư, doanh nghiệp. Nội dung văn bản quy định, bút phê của lãnh đạo Bộ chỉ là thông tin chuyển văn bản cho các cơ quan, đơn vị; tuyệt đối không phải là căn cứ để ưu tiên trong việc xét thầu, chỉ định thầu, lựa chọn nhà đầu tư, lựa chọn nhà thầu, đơn vị tư vấn… hoặc giải quyết các công việc liên quan khác.
Ngoài công văn trên, trước đó, Bộ trưởng Bộ GTVT Đinh La Thăng đã chỉ đạo thanh tra gói thầu RAI/CP1 thuộc dự án quản lý tài sản đường bộ (VRAMP) do Tổng cục Ðường bộ VN làm chủ đầu tư. Đoàn thanh tra sẽ do ông Lê Văn Doãn, Phó chánh Thanh tra Bộ làm Trưởng đoàn. Lý do thanh tra được nêu là nhằm "đánh giá việc tổ chức đấu thầu gói thầu RAI/CPI có công khai minh bạch đúng quy định của pháp luật hay không".
Trước đó, một số báo đăng tải việc Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Hồng Trường đã bút phê vào đơn của Công ty CP Đầu tư T.H. do một phụ nữ làm Chủ tịch Hội đồng quản trị xin tham gia thực hiện các gói thầu thuộc dự án VRAMP.
