Khai báo tại tòa, bị cáo Trần Hùng cho rằng, thời điểm bị bắt, bị cáo đang là Tổ trưởng Tổ 304 nên có thẩm quyền tiếp nhận thông tin, chỉ đạo các cục nghiệp vụ triển khai các hoạt động kiểm tra, xử lý vi phạm hành chính.
Theo lời khai của bị cáo Hùng, sáng 8/7/2020, bị cáo trực tiếp nhận nguồn tin từ ông Nguyễn Đăng Quang (Trợ lý Tổng Giám đốc Nhà Xuất bản Giáo dục Việt Nam) đề nghị kiểm tra đột xuất một kho hàng nghi mua bán sách giáo khoa giả.
Chủ tọa phiên tòa chất vất: “Theo biên bản xác minh thì Tổng cục trưởng Tổng cục Quản lý thị trường nói, không có việc báo cáo và không biết gì liên quan đến việc ở Công ty Phú Hưng Phát. Vì sao bị cáo không báo cáo cấp trên?”.
Bị cáo Hùng trả lời không đúng trọng tâm: “Khi anh Nguyễn Đăng Quang đến báo cáo tôi và chỉ một chỗ có dấu hiệu chứa sách giáo khoa giả lớn là anh ấy rất tin tưởng tôi. Với kinh nghiệm 10 năm làm công tác chống hàng giả, tôi hiểu ngay đây là vấn đề nghiêm trọng và phải chọn người tâm huyết để chuyển tin này, vì tất cả phải làm bí mật, nếu để lộ là hỏng ”.
Theo lời khai của bị cáo Hùng, sau khi nhận được tin báo, bị cáo chỉ đạo Cục quản lý thị trường Hà Nội cùng Đội Quản lý thị trường số 17 vào cuộc xử lý. Kết quả, hơn 27.000 quyển sách giáo khoa giả được phát hiện tại Công ty Phú Hưng Phát do bị cáo Cao Thị Minh Thuận làm Giám đốc. Bị cáo Hùng khai tiếp, ngay buổi chiều hôm kiểm tra, bị cáo Thuận đã tiếp cận để “xin” nhưng bị cáo từ chối.
Sáng 13/7/2020, bị cáo Hùng được bị cáo Nguyễn Duy Hải (lao động tự do) liên hệ để xin xử lý nhẹ. “Tôi nói với Hải rằng, Thuận cũng gọi rồi, nhưng không xin được. Tôi còn bảo Hải, cứ dặn Thuận có gì khai đấy, đúng theo quy định pháp luật mà làm. Bởi thế, Hải mới là người chạy án, bao che cho Thuận”, bị cáo Hùng khai.
Chủ tọa truy: “Nếu bị cáo không đồng ý thì tại sao ngày 15/7, bị cáo Hải lại mang tiền đến?”. Bị cáo Hùng trả lời: “Hải tự đến chứ tôi không mời. Tại phòng làm việc lúc đó còn có hai người khác, Hải nói, Thuận biếu tổ công tác mấy trăm triệu. Sau khi mắng Hải và hỏi có muốn báo Công an không, thì tôi đuổi Hải ra khỏi phòng làm việc”.
Bị cáo Hùng cho rằng, suốt 10 năm công tác, không ai buôn bán hàng giả có thể mua chuộc được mình.
Đối chất tại phiên tòa, bị cáo Hải phản bác lời khai của bị cáo Hùng. Bị cáo Hải cho biết, sáng 14/7/2020, Hải gặp bị cáo Hùng cùng hai người khác ở quán cà phê trên phố Nguyễn Xí, Hà Nội. Tại đây, Hải đặt vấn đề với bị cáo Hùng: “Thuận xin bỏ qua vụ việc và sẽ gửi 400 triệu đồng cảm ơn”.
“Lúc đó, bị cáo Hùng cười rất to và vỗ mạnh vào đùi nói, chúng mày đã thấy bọn nhà sách giàu chưa”, bị cáo Hải khẳng định. Cũng theo lời khai của bị cáo Hải, vì bị cáo Hùng đồng ý và hẹn gặp thì bị cáo mới cầm tiền lên tận phòng, chứ không phải tự ý lên.
Theo cáo trạng, sau khi phát hiện 27.300 quyển sách giáo khoa giả, bị cáo Thuận và bị cáo Hải nhờ bị cáo Hùng bỏ qua với điều kiện, sẽ chi 400 triệu đồng. Sau cuộc trao đổi với bị cáo Hải, bị cáo Hùng hướng dẫn thay đổi lời khai về nguồn gốc sách từ “sách in giả” thành “sách do người khác mang đến ký gửi”. Tiếp nhận ý kiến của bị cáo Hùng, bị cáo Hải thông qua một người khác trao đổi lại với bị cáo Thuận.
Sáng 15/7/2020, bị cáo Hải cầm 300 triệu đồng của bị cáo Thuận đựng trong túi nilon màu đen đến phòng làm việc bị cáo Hùng. Tại đây, bị cáo Hải gọi điện thoại cho bị cáo Thuận để nói chuyện trực tiếp với bị cáo Hùng và nghe hướng dẫn.
Do trong phòng bị cáo Hùng còn có hai người khác nên bị cáo Hải cầm túi tiền ra về. Chiều hôm sau, bị cáo Hải cầm 300 triệu đồng quay lại phòng làm việc đưa cho bị cáo Hùng.
Ngoài việc hướng dẫn bị cáo Thuận thay đổi lời khai về nguồn gốc số sách giả, bị cáo Hùng còn gọi điện thoại chỉ đạo bị cáo Lê Việt Phương (Đội phó Quản lý thị trường 17) “tạo điều kiện giúp đỡ Thuận theo hướng xử lý hành chính”. Căn cứ kết quả thực nghiệm, nội dung dữ liệu trích xuất từ điện thoại, đủ cơ sở chứng minh bị cáo Hùng đã nhận 300 triệu đồng của bị cáo Thuận thông qua Hải.
Bị cáo Hùng bị xét xử về tội nhận hối lộ. Bị cáo Hải bị xét xử về tội môi giới hối lộ. Bị cáo Lê Việt Phương cùng hai cấp dưới Phạm Ngọc Hải và Thành Thị Đông Phương bị xét xử về tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Bị cáo Thuận cùng 30 bị cáo khác trong vụ án này bị xét xử về tội sản xuất, buôn bán hàng giả.
Bị can Trần Hùng bị truy tố về tội nhận hối lộ 
Thay đổi tội danh "Nhận hối lộ" đối với ông Trần Hùng 
