Trước đó, khi nhận kết luận điều tra bổ sung lần 2, Viện KSND TP Hồ Chí Minh đã tiếp tục trả hồ sơ, đề nghị Cơ quan An ninh điều tra bổ sung thêm 3 vấn đề liên quan đến giám định chủ sở hữu một số tài khoản ngân hàng, quy trình chuyển tiền và các hồ sơ vay ngân hàng, hồ sơ hợp tác đầu tư của 4 doanh nghiệp.
Theo hồ sơ vụ án, ngày 19/8/2016, ông Diệp Dũng không thông qua HĐQT, đã tự ý lấy 1.000 tỷ đồng (từ 3.000 tỷ đồng huy động vốn đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam) để ký hợp đồng hợp tác đầu tư, chuyển cho 2 công ty tư nhân 1.000 tỷ đồng. Thực chất là ông Diệp Dũng lấy 1.000 tỷ đồng để cho vay, với lãi suất 7%/năm.
Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với hai công ty tư nhân, Saigon Co.op được nhận tỷ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Tuy nhiên, sau đó ông Diệp Dũng cũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm, gây thiệt hại cho Saigon Co.op hơn 115 tỷ đồng (trong đó thiệt hại về thuế là gần 30 tỷ đồng).
Từ kết quả điều tra bổ sung và một số nội dung khác, cho rằng không ảnh hưởng đến việc giải quyết vụ án, nên Cơ quan An ninh điều tra tiếp tục chuyển hồ sơ sang Viện KSND thành phố, đề nghị truy tố bị can Diệp Dũng (nguyên Chủ tịch HĐQT; đang thụ lý án 2 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước”) và 8 đồng phạm (những bị can này từng giữ nhiều vị trí lãnh đạo tại Saigon Co.op) về tội “Lạm quyền trong khi thi hành công vụ” và “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Nguyên Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op Diệp Dũng gây thiệt hại hơn 115 tỷ đồng 
Khởi tố, bắt giam ông Diệp Dũng, nguyên Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op 
Xét xử kín vụ cựu Chủ tịch Saigon Co.op Diệp Dũng 
