Trong phiên toà sơ thẩm xét xử cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung cùng đồng phạm vì can thiệp trúng thầu, bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ bị cáo Nguyễn Đức Chung), Giám đốc Công ty cổ phần Thương mại Minh Hoa (viết tắt là Công ty Minh Hoa), được triệu tập tới phiên toà với tư cách người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan, nhưng bà Hoa vắng mặt.
Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, thời điểm là Chủ tịch UBND TP Hà Nội, bị cáo Nguyễn Đức Chung cùng đồng phạm giúp Liên danh công ty Nhật Cường - Đông Kinh trúng thầu trái quy định. Cụ thể, hồ sơ thầu của Công ty Nhật Cường có hợp đồng được xác định ký khống giữa Công ty Nhật Cường với Công ty Minh Hoa do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa làm Giám đốc. Đây là một trong những căn cứ để Liên danh công ty Nhật Cường - Đông Kinh hoàn thiện hồ sơ năng lực để tham gia đấu thầu.
Cáo trạng xác định, sau khi Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội phát hành hồ sơ mời thầu sửa đổi ngày 2/12/2016, bị cáo Lê Duy Tuấn (Giám đốc kinh doanh Công ty Đông Kinh) thống nhất với Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường, đang bỏ trốn) và báo cáo bị cáo Võ Việt Hùng (Giám đốc Công ty Đông Kinh) về việc nhờ hồ sơ pháp nhân của một số công ty làm “quân xanh” nộp hồ sơ dự thầu cho đủ số lượng nhà thầu tham gia và bỏ giá thầu khi cần thiết nhằm tạo điều kiện cho Liên danh công ty Nhật Cường - Đông Kinh trúng thầu.
Từ chỉ đạo của Bùi Quang Huy, Lê Duy Tuấn phối hợp với các nhân viên của Công ty Nhật Cường lập khống Hợp đồng cung cấp và triển khai phần mềm ERP số 06-2015/HĐPM/NC-MH ngày 28/12/2015 giữa Công ty Nhật Cường với Công ty Minh Hoa. Trên hợp đồng, người đại diện Công ty Nhật Cường ký là Bùi Quang Huy và người đại diện Công ty Minh Hoa ký là bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa. Hợp đồng này được đưa vào hồ sơ năng lực, tham gia đấu thầu.
Ngày 23/12/2016, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội đóng thầu và tiến hành mở thầu hồ sơ đề xuất kỹ thuật. Sau đó, tổ chuyên gia xét thầu tiến hành chấm thầu hồ sơ kỹ thuật. Cùng ngày, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội có Văn bản số 7167/KH&ĐT gửi Liên danh công ty Nhật Cường - Đông Kinh về việc làm rõ nội dung công việc của Hợp đồng số 06/2016/HĐPM/NC-MH ngày 28/12/2015 giữa Công ty Nhật Cường và Công ty Minh Hoa do nhà thầu cung cấp trong hồ sơ dự thầu để làm cơ sở đánh giá sự phù hợp theo phân công trách nhiệm thực hiện công việc của từng thành viên trong Liên danh công ty Nhật Cường- Đông Kinh theo thỏa thuận liên danh hai công ty đã ký.
Ngày 24/12/2016, Công ty Nhật Cường có Văn bản số 18/2016/CV-NC gửi Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội làm rõ thông tin hồ sơ dự thầu với nội dung: Phần mềm ERP áp dụng công nghệ số hóa, bóc tách thông tin tự động của hãng ABBYY.
Cùng ngày, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội có Thông báo số 1222/TB-KH&ĐT về danh sách nhà thầu đáp ứng yêu cầu về kỹ thuật gói thầu là Liên danh công ty Nhật Cường - Đông Kinh.
Đối với gói thầu số hóa năm 2017, cơ quan tố tụng xác định, Lê Duy Tuấn, Bùi Quang Huy và Võ Việt Hùng tiếp tục sử dụng hồ sơ pháp nhân của một số công ty làm “quân xanh”. Đồng thời tiếp tục sử dụng hợp đồng được lập khống giữa Công ty Nhật Cường với Công ty Minh Hoa để đưa vào hồ sơ năng lực, tham gia đấu thầu và trúng thầu.
Quá trình điều tra, Công ty Minh Hoa cung cấp Hợp đồng cung cấp và triển khai phần mềm hoạch định tài nguyên doanh nghiệp ERP số 06-2015/HĐPM/NC-MH với Công ty Nhật Cường ngày 28/12/2015; Biên bản xác nhận công việc và kế hoạch nghiệm thu, thanh lý hợp đồng; Biên bản nghiệm thu, xác nhận hoàn thành UAT; Biên bản thanh lý hợp đồng ngày 21/12/2016 (toàn bộ tài liệu cung cấp là bản sao, đóng dấu treo của Công ty Minh Hoa).
Theo đó, Công ty Minh Hoa giải trình việc ký hợp đồng là có thật, hai bên đã thực hiện, nghiệm thu, thanh toán bằng tiền mặt, thanh lý hợp đồng nhưng không cung cấp được chứng từ chuyển tiền.
Cơ quan điều tra tiến hành xác minh tại Văn phòng công chứng Quốc Dân, Văn phòng Công chứng Nguyễn Tiến Vinh và UBND phường Dịch Vọng Hậu (quận Cầu Giấy, Hà Nội) để làm rõ việc công chứng và chứng thực các tài liệu trên.
Cơ quan điều tra xác định, các công chứng viên thực hiện việc công chứng, chứng thực theo đúng quy định của Luật Công chứng 2014 và Nghị định số 23/2015/NĐ-CP ngày 16/02/2015 của Chính phủ quy định về cấp bản sao từ sổ gốc, chứng thực bản sao từ bản chính.
Sau khi công chứng, chứng thực, công chứng viên đã trả lại bản gốc, không lưu hồ sơ công chứng đối với Hợp đồng cung cấp và triển khai phần mềm và các tài liệu kèm theo trên.
Đối với bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa, căn cứ vào kết quả điều tra và các chứng cứ, tài liệu thu thập được cũng như lời khai của bị cáo và người liên quan, cơ quan điều tra kết luận, Hợp đồng số 06-2015/HĐPM/NC-MH ngày 28/12/2015 giữa Công ty Minh Hoa và Công ty Nhật Cường được đưa vào hồ sơ dự thầu của Liên danh công ty Nhật Cường - Đông Kinh để hợp thức hóa hồ sơ năng lực, là hợp đồng… khống.
Bà Nguyễn Thị Trúc Hoa khai nhận, hợp đồng trên không phải được lập khống mà được ký kết thực tế để mua phần mềm quản lý doanh nghiệp cho Công ty Minh Hoa không phải để giúp Bùi Quang Huy hợp thức hồ sơ năng lực. Đồng thời, việc ký hợp đồng giữa Công ty Minh Hoa và Công ty Nhật Cường không liên quan đến ông Nguyễn Đức Chung.
Ngoài ra, bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa cho rằng, không biết việc Công ty Nhật Cường tham gia đấu thầu gói thầu số hóa tại Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội. Vì Bùi Quang Huy bỏ trốn nên cơ quan điều tra chưa chứng minh, kết luận được ý thức chủ quan của bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa trong việc ký hợp đồng là để giúp cho Bùi Quang Huy hợp thức hồ sơ năng lực, tham gia đấu thầu. Do vậy, cơ quan điều tra chưa đủ căn cứ xem xét, xử lý đối với hành vi của bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa.
Ông Nguyễn Đức Chung lại hầu toà trong vụ can thiệp trúng thầu 
Ông Nguyễn Đức Chung bị tuyên phạt 8 năm tù, bồi thường 25 tỷ đồng 
