Tàu SE12 xuất phát ga Sài Gòn lúc 15h20 ngày 3/10/2021 và dự kiến về đến ga Ninh Bình vào lúc 6h30 ngày 5/10/2021. Tàu SE12 thực hiện đón hành khách lên tàu tại 3 ga: Sài Gòn, Dĩ An (Bình Dương) và ga Biên Hòa (Đồng Nai). Đặc biệt, hành khách lên tàu tại các ga này sẽ được ngành đường sắt phân biệt bằng việc phân chia vị trí tại các toa để tiện cho việc theo dõi lịch trình di chuyển của hành khách và phối hợp cung cấp cho chính quyền địa phương khi cần. Cụ thể: Toa 3,4,5,6,10,11 dành phục vụ hành khách lên tàu tại Ga Sài Gòn. Toa 7,8,9 dành phục vụ hành khách lên tàu tại Ga Dĩ An. Toa 1,2 dành phục vụ hành khách lên tàu tại Ga Biên Hòa.
Toàn bộ công tác đón, tiễn hành khách tại các ga, vận chuyển trên tàu được Tổng công ty Đường sắt Việt Nam phối hợp chặt chẽ với Sở Giao thông vận tải TP Hồ Chí Minh, Sở Lao động, Thương binh và Xã hội các tỉnh: Đồng Nai, Bình Dương, Ninh Bình và các cơ quan có thẩm quyền nhằm đảm bảo tuân thủ nghiêm các quy định về phòng, chống dịch theo quy định của Bộ Y tế, Bộ Giao thông vận tải và các địa phương.
Để tổ chức chạy tàu chuyên biệt SE12, ngành Đường sắt sử dụng các toa xe tốt nhất hiện có; tổ chức phun khử trùng tại các nhà ga và toa xe trước khi đưa ra vận dụng.
Tại ga Sài Gòn, Dĩ An và Biên Hòa ngành đường sắt tổ chức đo thân nhiệt và kiểm tra thẻ lên tàu, giấy xét nghiệm COVID-19 kết quả âm tính còn hiệu lực theo quy định của Bộ Y tế đối với hành khách. Hành khách khi xuống ga Ninh Bình sẽ được đưa đi cách ly theo quy định.
Trước đó, ngành đường sắt cũng đã tổ chức 6 đoàn tàu chuyên biệt đưa hơn 2000 hành khách là công dân các tỉnh: Hà Tĩnh, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Yên Bái về quê an toàn. Hiện ngành đường sắt đang chuẩn bị tổ chức chạy lại tàu khách trong thời gian sớm nhất.
