Theo thống kê sơ bộ, cơn bão Kalmaegi gây thiệt hại nặng nề cho kết cấu hạ tầng đường sắt trên tuyến đường sắt Hà Nội – TP Hồ Chí Minh. Trong đó, tại km 1136+850 thuộc khu gian Phước Lãnh – Vân Canh gặp sự cố nghiêm trọng nhất với chiều sâu trung bình khoảng 9m. Ngoài ra, nhiều đoạn đường sắt bị trôi nền đá, cây đổ nằm chắn ngang, gãy cột tín hiệu, mất điện lưới quốc gia dẫn đến mất liên lạc điều độ, nhiều thiết bị thông tin tín hiệu tê liệt do ngập nước…
Hiện ngành Đường sắt đang khẩn trương khắc phục các vị trí sạt lở. Do đường bị trôi nền sâu và nước chảy mạnh, việc sửa chữa, khôi phục đường sắt sẽ phụ thuộc vào diễn biến thời tiết và khả năng thu nước, vì vậy chưa có thời điểm thông tuyến chính thức.
Trước sự cố trên, ngành đường sắt phải tạm dừng chạy các tàu: Đôi tàu SE7/SE8 xuất phát ga Hà Nội, ga Sài Gòn các ngày 8, 9, 10/11/2025; đôi tàu SE21/SE22 xuất phát ga Đà Nẵng, ga Sài Gòn các ngày 8, 9/11/2025; tàu SE21 xuất phát ga Đà Nẵng ngày 10/11/2025.
Cùng đó, tàu SE3 xuất phát ga Hà Nội các ngày 8, 9/11 chỉ đến ga Đà Nẵng là ga cuối, thay vì ga Sài Gòn như thường lệ. Tạm dừng chạy đoạn từ ga Đà Nẵng đến ga Sài Gòn.
Các ngày 8, 9/11/2025, bãi bỏ chạy tàu SE4 đoạn từ Sài Gòn - Đà Nẵng thay vì chạy thẳng Sài Gòn - Hà Nội như thường lệ. Chỉ chạy tàu SE4 đoạn Đà Nẵng - Hà Nội các ngày 8, 9, 10/11/2025.
Hành khách có vé các tàu dừng chạy này, có thể làm thủ tục trả vé không mất phí tại nhà ga đường sắt, thời gian trả vé không quá 30 ngày, tính từ ngày đi tàu ghi trên vé.
Hiện ngành đường sắt đang nỗ lực khắc phục hậu quả bão lũ gây ra và tổ chức chuyển tải hành khách đoạn từ ga Diêu Trì đến Tuy Hòa và ngược lại. Trong thời gian các đoàn tàu chờ dọc đường do ảnh hưởng mưa lũ, đường sắt phục vụ hành khách suất ăn, nước uống miễn phí.
Tính đến sáng ngày 8/11, ngành đường sắt đã tổ chức chuyển tải 11 đoàn tàu với 1.600 hành khách giữa Diêu Trì - Tuy Hòa.
Chuyển tải bằng ô tô cho gần 1.000 hành khách tàu Thống Nhất qua đoạn đường sắt sạt lở 
Đường sắt bị trôi nền đường do bão số 13 
