Theo đó, phương án 1: Ga C9 được đưa ra ngoài vùng bảo vệ II của di tích hồ Hoàn Kiếm, nằm dưới đường Đinh Tiên Hoàng, phía trước trụ sở Tổng công ty Điện lực Hà Nội và trụ UBND TP Hà Nội. Ga được được thiết kế 4 tầng, với chiều sâu 31m. Với phương án này, ước tính tổng chi phí xây dựng đoạn hầm ngầm từ ga C8 đến C10 là hơn 4.310 tỷ đồng, cao hơn phương án 2 hơn 440 tỷ đồng.
Phương án 2: Giữ nguyên như ban đầu (nằm dưới vườn hoa Bờ hồ Hoàn Hoàn Kiếm, một cửa lên xuống nằm trong vùng bảo vệ II của khu di tích hồ Hoàn Kiếm) và bị phản đối do vi phạm Luật Di sản. Với phương án này, ga có chiều sâu 20m, làm thành 3 tầng. Dự kiến tổng chi phí xây dựng đoạn từ ga C8 đến C10 là 3.870 tỷ đồng.
Phương án 3: Bỏ ga ngầm C9 được hoặc lùi thời điểm xây dựng sau khi tuyến metro Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo đi vào vận hành. Với phương án này, các đoàn tàu chạy từ ga C8 đến thẳng C10 giúp thời gian vận hành giảm một phút. Tuy vậy, theo MRB, do khoảng cách từ ga C8-C10 là 2,65km nên vẫn cần công trình sơ tán hành khách và hệ thống thông gió do khoảng cách giữa hai ga. Vì vậy, đơn vị thiết kế đề xuất xây một lối thoát hiểm đề phòng cháy nổ và một số cửa ra vào đường hầm phục vụ sửa chữa, duy tu tuyến. Kinh phí đầu tư theo phương án này còn hơn 3.320 tỷ đồng (thấp nhất trong 3 phương án), song dự án sẽ không thu hút được nhiều khách như mục tiêu ban đầu. Và trong phương án, đơn vị thiết kế không khuyến nghị tiếp tục làm ga C9 sau khi tuyến metro đi vào vận hành bởi gây nguy hiểm và vấn đề chi phí.
Theo MRB, với 3 phương án trên, MRB đề xuất cân nhắc lựa chọn phương án 2 (ban đầu) và phương án 3 (bỏ ga C9) nhằm tránh các thủ tục bổ sung phức tạp và điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án. Theo phương án đã được phê duyệt, tuyến đường sắt Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo có chiều dài 11,5 km, trong đó đoạn trên cao 2,6 km, đoạn ngầm gần 9 km. Tổng đầu tư của dự án hơn 34.670 tỷ đồng, sử dụng vốn vay ODA của Chính phủ Nhật Bản và vốn đối ứng từ ngân sách nhà nước.
Vị trí đặt ga ngầm C9- Hồ Hoàn Kiếm: Mười năm vẫn chưa thể “chốt” 
Hà Nội lên tiếng về ga ngầm C9 không vi phạm Luật Di sản văn hóa 
