Đối với dự án thành phần số 1, có tuyến đi qua mới chỉ bàn giao được khoảng 7ha trong tổng số 137ha phải giải tỏa để phục vụ dự án, đạt hơn 5% diện tích. Diện tích đất bàn giao lại nằm rải rác, không tập trung nên các nhà thầu chưa thể triển khai thi công.
Hiện công tác kiểm đếm của các địa phương cũng mới chỉ đạt 131,79ha, còn lại khoảng 5,8ha chưa xác định được chủ sử dụng đất. Đến nay cơ quan chức năng mới chỉ xác nhận nguồn gốc đất của 314 trong tổng số 998 bộ hồ sơ. Riêng TP Biên Hòa mới chỉ phê duyệt phương án bồi thường cho 34 hộ dân với tổng số tiền gần 114 tỷ đồng và diện tích thu hồi khoảng 6ha.
Tại dự án thành phần 2, địa phương nơi tuyến đường chạy qua đã bàn giao mặt bằng cho các nhà thầu được 22,8 trong tổng số 176,7ha đất, đạt 12,9% diện tích cần giải tỏa. Thời điểm này, chính quyền địa phương mới kiểm đếm được gần 92,% diện tích, còn lại khoảng 12,5ha chưa xác định được chủ sử dụng đất. Cơ quan chức năng cũng mới chỉ xác nhận nguồn gốc đất của 50,7% số hồ sơ và UBND huyện Long Thành đã phê duyệt phương án bồi thường, chi trả được 80 hộ, tổng kinh phí là 160 tỷ đồng, diện tích thu hồi đạt 17,8ha.
Ngoài ra, tại các dự án thành phần 1, 2 còn có hàng chục vị trí giao cắt với đường điện cao thế, đường ống cấp nước, hệ thống viễn thông nên hiện các cơ quan chức năng của Đồng Nai đang phải lập thủ tục thẩm định kế hoạch lựa chọn nhà thầu tư vấn lập phương án di dời. Đến ngày 12/1 vừa qua, UBND huyện Long Thành đã tổ chức chi trả tiền bồi thường, hỗ trợ cho những hộ dân đầu tiên trong diện phải giải tỏa phục vụ dự án với số tiền 89 tỷ đồng.
Lý giải về nguyên nhân chậm bàn giao mặt bằng, lãnh đạo Ban Quản lý dự án bồi thường giải phóng mặt bằng và hỗ trợ tái định cư tỉnh Đồng Nai cho rằng, công tác kiểm đếm gặp khó do nhiều thửa đất vắng chủ. Việc xác nhận nguồn gốc đất còn chậm do chưa có sự thống nhất và thiếu nhân lực thực hiện. Công tác bồi thường, thu hồi đất của người dân gặp khó do chưa xác định rõ vấn đề tái định cư... Ông Võ Văn Phi, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai thừa nhận việc giải phóng mặt bằng hai dự án thành phần của tuyến cao tốc quá chậm. UBND tỉnh đã chỉ đạo rất rõ nhưng quá trình phối hợp triển khai thiếu đồng bộ, còn bất cập.
Để đảm bảo tiến độ cùa dự án, Thứ trưởng Lê Anh Tuấn yêu cầu các cơ quan chuyên môn của Bộ GTVT và chủ đầu tư phối hợp chặt chẽ, nắm bắt và tháo gỡ ngay những khó khăn để giúp tỉnh Đồng Nai đảm bảo tiến độ giải phóng mặt bằng. Ông cũng đề nghị các đơn vị, địa phương xây dựng kế hoạch cụ thể, xác định những hạng mục ưu tiên, vị trí cấp bách cần mặt bằng sớm để các cơ quan chức năng của Đồng Nai tập trung giải phóng mặt bằng.
Những vướng mắc làm chậm giải phóng mặt bằng cao tốc Bắc - Nam 
Nhắc nhở 5 địa phương chậm giải phóng mặt bằng cao tốc Bắc – Nam 
