Đáng chú ý, cùng bị truy tố với bị can Nguyễn Thanh Long trong vụ án còn có các bị can gồm: Chu Ngọc Anh, cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội bị truy tố tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí". Cựu bí thư Hải Dương Phạm Xuân Thăng bị truy tố tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Theo kết luận điều tra của Cơ quan CSĐT Bộ Công an, Phan Quốc Việt quen biết và duy trì mối quan hệ với Nguyễn Thanh Long, Nguyễn Huỳnh từ năm 2017.
Sau khi Công ty Việt Á tham gia Đề tài nghiên cứu, chế tạo kit xét nghiệm, Việt đã gặp và nhờ Nguyễn Thanh Long tạo điều kiện giúp đỡ để Công ty Việt Á được cấp số đăng ký lưu hành và tiêu thụ được kit xét nghiệm. Nguyễn Thanh Long đồng ý và giao cho Nguyễn Huỳnh, Phó Trưởng phòng Quản lý giá, Cục Quản lý dược, Bộ Y tế, nguyên Thư ký của Nguyễn Thanh Long là đầu mối liên hệ với Việt để giúp Công ty Việt Á; cấp số đăng ký lưu hành khẩn cấp để có căn cứ cấp số đăng ký lưu hành tạm thời cho kit xét nghiệm của Công ty Việt Á; tác động đến đoàn kiểm tra do ông Nguyễn Nam Liên làm Trưởng đoàn để trì hoãn kết luận kiểm tra giá hiệp thương kit xét nghiệm; cấp số đăng ký lưu hành.
Quá trình Công ty Việt Á sản xuất và tiêu thụ kit xét nghiệm, Việt tiếp tục nhờ và được bị can Nguyễn Thanh Long và Nguyễn Huỳnh can thiệp, tác động để Bộ Y tế phân bổ 200.000 kit xét nghiệm cho các đơn vị, địa phương trên cả nước, giới thiệu với lãnh đạo một số tỉnh, thành phố để Công ty Việt Á tiêu thụ, bán kit xét nghiệm COVID-19.
Để cảm ơn bị can Nguyễn Thanh Long và Nguyễn Huỳnh can thiệp, tác động giúp Công ty Việt Á, Phan Quốc Việt đã đưa cho Nguyễn Thanh Long tổng số tiền là 2,25 triệu USD và đưa cho riêng Nguyễn Huỳnh 2 tỷ đồng.
Lần 1, Việt chỉ đạo Vũ Đình Hiệp, Phó Tổng Giám đốc Công ty Việt Á đưa Nguyễn Huỳnh 2 tỷ đồng. Vào khoảng cuối tháng 8/2020, trong một lần Việt đến nhà Huỳnh ăn tối, Huỳnh nói với Việt việc Huỳnh mua chiếc ô tô Volvo XC90 phải vay tiền ngân hàng để mua. Việt nói với Huỳnh sẽ hỗ trợ một phần chi phí để cảm ơn vì đã giúp đỡ Công ty Việt Á. Đến ngày 22/1/2021, Việt chỉ đạo nhân viên chuyển 2 tỷ đồng cho Huỳnh để thanh toán tiền vay ngân hàng mua xe ô tô. Việc giao nhận tiền này diễn ra ở gần khách sạn Hà Nội.
Vào cuối tháng 12/2020, Việt đưa cho Huỳnh 200 nghìn USD. Nguyễn Tiến Duy, lái xe Công ty Việt Á chở Việt đến nhà Huỳnh. Khi đến nhà Huỳnh, Việt xách theo 1 túi vải màu xanh, bên ngoài có in logo của Ngân hàng TMCP Á Châu, trong túi có 200 nghìn USD. Việt đứng ngoài cửa nhà Huỳnh chờ khoảng 30 phút thì Huỳnh về mở cửa để cả hai vào nhà. Sau khi vào nhà, Huỳnh và Việt ngồi tại bàn uống nước ở phòng khách tầng 1. Nói chuyện khoảng 5 phút, Việt đứng dậy cầm túi tiền đặt lên bàn và nói “Đây là 200 nghìn USD, em nhờ anh xử lý với sếp (ông Nguyễn Thanh Long- PV) giúp em”, rồi Việt đi về.
Tiếp đó, vào khoảng giữa tháng 1/2021, Huỳnh gọi điện cho Việt trao đổi về việc ông Nguyễn Thanh Long đang cần huy động một số tiền lớn để xử lý công việc và yêu cầu Việt phải chuyển tiền. Việt hỏi Huỳnh số tiền bao nhiêu và cần vào thời gian nào để Việt sắp xếp thì Huỳnh nói tùy Việt bố trí, nếu Việt chuyển được nhiều thì Huỳnh sẽ đỡ phải huy động những chỗ khác. Sau đó, Huỳnh nói lại với Việt là cần khoảng 1 triệu USD.
Sau khi nói chuyện với Huỳnh, Việt gọi điện cho một người quen nhờ lo giúp Việt 1 triệu USD. Cuối tháng 1/2021, Việt cùng một số nhân viên Công ty Việt Á từ TP Hồ Chí Minh ra Hải Dương tham gia xét nghiệm phòng chống dịch, Việt mang theo số tiền 1 triệu USD. Đến 8/2/2021, Việt gọi điện cho Huỳnh hẹn gặp tại Hà Nội. Việt đem theo valy trong đó có 1 triệu USD. Tại nhà của Huỳnh, Việt đưa túi tiền cho Huỳnh và nói “Em gửi anh số tiền hôm trước anh dặn mang cho sếp và có chút ít chúc tết anh” (Việt đưa thêm 2 tỷ đồng cho Huỳnh chúc tết - PV). Huỳnh đồng ý và xách túi tiền lên tầng cất rồi xuống lái xe đi công việc.
Ngày 29/6/2021, Việt đến trụ sở Bộ Y tế gặp để nhờ ông Long ủng hộ chủ trương phát triển vaccine ngừa COVID-19. Khi ra về, Việt lấy bọc tiền 50 nghìn USD gói trong túi vải màu xanh loại nhỏ của Ngân hàng ACB đưa cho ông Nguyễn Thanh Long và nói: “Em lì xì mấy cháu”.
Khoảng cuối tháng 10/2021, Huỳnh nhắn tin trao đổi với Việt về việc ông Nguyễn Thanh Long lại cần huy động một số tiền lớn để xử lý công việc và đề nghị Việt hỗ trợ. Huỳnh nói Việt chuẩn bị 1 triệu USD để đưa cho Long. Khoảng đầu tháng 11/2021, Việt ra Hà Nội và hẹn gặp Huỳnh tại quán cafe gần khách sạn Hà Nội. Tại buổi gặp, Huỳnh nói sẽ dẫn Việt đến gặp trực tiếp để đưa tiền tại nhà của ông Nguyễn Thanh Long.
Đến khoảng cuối giờ chiều, Việt mang theo 1 triệu USD đựng trong 1 túi vải màu xanh loại to, bên ngoài có in logo Ngân hàng TMCP Á Châu, được Việt chuẩn bị và mang từ TP Hồ Chí Minh ra Hà Nội. Khi đến nơi, Việt chuyển cho Huỳnh 1 triệu USD để chuyển cho ông Nguyễn Thanh Long lo công việc...
Chênh lệch số tiền hưởng lợi, chi "hoa hồng" vụ Việt Á trước và sau kết luận điều tra, vì sao? 
Nhìn từ đại án Việt Á: Cái gọi là “Đề tài khoa học” và những trò đánh bóng để bán hàng 
