Theo kết luận thanh tra, trong các năm 2018-2019, Đại học Đồng Nai dự toán số lượng sinh viên bình quân cao hơn thực tế tuyển sinh dẫn đến được cấp dư ngân sách gần 30 tỷ đồng. Việc hạch toán thu, chi năm 2018 đã để ngoài sổ sách kế toán doanh thu hơn 37 tỷ đồng, dẫn đến giảm số tiền thuế phải nộp gần 700 triệu đồng.
Thanh tra còn xác định hàng loạt sai phạm khác như việc nộp tiền mặt vào kho bạc không được thực hiện đúng quy định; chứng từ thu, chi chưa đảm bảo đầy đủ; sử dụng nguồn phí, lệ phí để trả tiền công, tiền bồi dưỡng cho cán bộ không đúng quy định. Đặc biệt, lãnh đạo Đại học Đồng Nai đã lập chứng từ chi quản lý cho các đối tác không có trong hợp đồng với số tiền hàng trăm triệu đồng.
Bên cạnh đó, đối với Trường phổ thông thực hành sư phạm Đồng Nai thuộc Đại học Đồng Nai, thanh tra cũng xác định nhiều sai phạm như: việc giữ tiền mặt không đúng quy định, thu các khoản bằng phiếu thu không đúng mẫu, chi hơn 548 triệu đồng cho 4 người ở trường đại học Đồng Nai không nằm trong quy chế chi tiêu nội bộ, vi phạm về nghĩa vụ thuế, mua sắm trang thiết bị.
Trước đó, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Đồng Nai đã tiến hành kiểm tra và kết luận hàng loạt vi phạm. Sau đó, ông Trần Minh Hùng, Phó Bí thư Đảng ủy, Hiệu trưởng Đại học Đồng Nai bị Ban Thường vụ Tỉnh ủy Đồng Nai thi hành kỷ luật bằng hình thức cách hết chức vụ trong Đảng đồng thời cách chức Hiệu trưởng. Một số cán bộ khác của nhà trường cũng bị thi hành kỷ luật do có liên quan đến các sai phạm nói trên.
Kiến nghị thu hồi hơn 119 tỷ đồng sau thanh tra 
